为了巩固和扩大泸州起义的成果，杨闇公、朱德、刘伯承于1927年1月中旬在万县开了军委会会议，分析研究了当前的局势与发展趋势，商讨了控制泸州的方案。最后决定：由刘伯承即刻到泸州，全权指挥泸州起义军。1月下旬，刘伯承赶到了泸州城。针对起义军内部涣散不统一的状况，他采取了果断有力的措施，全面进行整顿。他颁布了《国民革命军川军各路总指挥部布告》：“为布告事，照得本总指挥奉命整顿本军各路部队，现已到达泸城，从事整理一切，除分别呈令外，合行布告军民一体知照，此布。总指挥刘伯承。”印刷后广为张贴。
他在原泸县道署建立总指挥部，使泸州城的军政财务大权，高度集中，统一指挥。为融洽各路司令，定每日午后，在道署内集体办公。大批任用共产党员和左派人士，以带动和影响整个起义军。2月中旬，在校场坝举行的大会上，他到会作重要讲话，庄严宣布总指挥部成立，号召大家团结一心，彻底革命，“决不挂羊头卖狗肉”，“要搞三民主义，不能不要民生主义，而搞二民主义”。同时，陈兰亭、袁品文、皮光泽宣布就任国民革命军第四、五、六路司令。
中共中央、重庆地委先后派出的政治工作人员陆续到达泸州。刘伯承将他们分派到各起义部队。第四、五、六路设政治部、党代表，各团设政治指导员，绝大多数由共产党担任。总指挥部明确规定：部队对上对下公文，须经政工人员签署，方为有效。1927年2月25日《国民公报》报导：“刘总指挥对陈、袁、皮三部政治工作极为注意，除由政治部进行外，本人随时监督。”刘伯承深入起义军各部进行检阅，检查部队素质，督促训练等各项工作，准备迎接新的斗争。为着培训基层官佐和革命骨干，刘伯承还积极筹办军事政治学校，亲自兼任校长，由共产党员和左派人士充任教员。
泸州本是川南重要商埠，每月单盐税一项就达8万元之巨。李章甫占据泸城以后，百般搜刮，弄得民穷财尽，百业凋蔽，钱粮款项早已预征到1931年。加上泸城兵满为患，更使民众负担倍增。起义爆发，双方交战，又给财政带来新的困难。各部所需军费往往不如实上报，互相之间分派不均，义引起重重矛盾。不良分子乘机从中贪污作弊，製造混乱。为此，财政问题愈显突出，威胁着泸州军民的生计。为克服财政困难，刘伯承令县署及征收局借垫21万元以裕陈、袁、皮二部伙响。并果断运用政权力量，全面改善税收、财政机构，同时积极鼓励发展生产和贸易活动，使沪州经济渐渐復苏，市场也慢慢好转，商民称便。在起义军内部，实行财政公开，每周将收入总数（主要是护商处的收入）开会公布，然后再照各部队实有人数发响。虽然收入不多，但分配公平，各部尚称满意。
由于刘伯承号令严明，措置得当，在两个来月的时间里，就使混乱的泸城面目为之一新。革命的泸州，声威远播，引起川中各界瞩目，吸引着反帝、反军阀的各种力量。四川军政、教育、文化各界人士和人民群众，纷纷发来函电，表示对泸州义军的崇敬和支持，附近地区的许多有志青年，也纷纷前来投效。
在泸顺起义之初，刘湘就坐镇重庆，指使川军各部先镇压顺庆起义军，然后荡平泸州。1927年3月31日，重庆市民万余人，抗议英、美帝国主义炮击南京，在打枪坝举行大会。刘湘派军警特务进行镇压，当场打死打伤革命群众1000多人，随后又派遣刽子手到莲花池党部、省农会、市总工会等处进行搜捕，疯狂残杀共产党人和进步人士，杨闇公等惨遭杀害，製造了骇人听闻的“三·三一”惨案。关于这一惨案，1959年刘伯承在一次谈话中指出：“重庆‘三·三一’惨案是革命力量与反革命势力的一场尖锐剧烈的斗争。
它是蒋介石反叛革命，勾结英、美帝国主义，拉拢全国各地军阀、地主反动集团，执行屠杀政策整个计划的一部分。”
刘湘在重庆等地施行大屠杀、大搜捕之后，又派兵向泸州进逼，从4月13日起，先后占领小市、排山拗、滩尝胡市等地。贵州军阀毛光翔师早已占领泸州东侧沙湾一带。形成了对泸州的包围态势。
“三·三一”惨案以后，中共重庆地委被完全破坏，莲花池国民党左派党部被彻底摧毁，紧接着又传来上海“四·一二”大屠杀的消息，革命处在极端危急之中。4月中旬，泸州召开军民大会，愤怒声讨刘湘的反革命罪行。
刘伯承在会上讲话指出：单单悲痛是不够的，应当奋发起来，战斗下去。这时的泸州确实变成了四川革命的中流砥柱。重庆地委的领导重担自然落在刘伯承肩上，莲花池省党部的工作，实际也转到了泸州。
4月21日，刘伯承以国民革命军川军各路总指挥的名义，率先呈请讨伐与蒋介石进行勾结的四川军阀刘湘，呈文历数刘湘依附北洋军阀荼毒川境，易帜后阳奉阴违，压制爱国民主运动，尤其秉命蒋介石一手製造了“三·三一”惨案等罪行，表示：“呈请中央政府，免其军职，明令讨伐，执彼鬼蜮，交民审判，扫除革命魔障，而为死者復仇，职等秉总理之遗志，誓效忠于党国，愿率所部，报命前锋，临阵激昂，无任迫切待命之至。”
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