六十余骑突袭源义经住所，源义经仓促提刀迎战。叔父源行家及时赶来支援，土佐坊昌被俘，招供出是受源赖朝之命。源义经愤然之下决定起兵与兄长对抗，然未能取得源氏家臣的广泛支持。他自知失败不可避免，遂往西逃走，最后投奔了奥州镇守府将军藤原秀衡。藤原秀衡收留了源义经，并给予源义经父亲般的关怀，对于源赖朝要求逮捕源义经的要求，也坚决拒绝，不惜为此开战。
然天意弄人，几月后，藤原秀衡即因病逝世。儘管其人留下遗命，要求众子拼死保护源义经，但长子藤原泰衡抵不住鎌仓幕府的强大压力，派兵攻打源义经所居高馆。源氏家臣奋勇应战，宁死不屈，留下许多悲壮惨烈的故事。源义经见事不可回，遂亲手杀死妻子乡御前和四岁女儿龟鹤御前，之后引刀自裁，时年三十一岁。
源义经爱妾静御前早先被源赖朝派兵捕获，彼时已怀有身孕，后产下一子，在源赖朝“男杀女活”的指示下，出生后不久即被溺死在海滨。
藤原泰衡因违抗父亲遗命，而与弟弟藤原忠衡不和。藤原泰衡竟杀死亲弟，但他自己也没有好下场，被老jian巨猾的源赖朝果断剷除。数代雄霸一方的藤原氏家破人亡，就此灰飞烟灭。源赖朝由此独霸天下，威风凛凛，成为日本有史以来权力最大的武士。
只不过天皇并不甘心成为傀儡，鎌仓幕府末期，后醍醐天皇两次密谋倒幕，以恢復皇室权威，只是两次均遭惨败，连天皇本人也遭逮捕流放。
其后，日本倒幕运动此起彼伏。当时中国已是元朝统治。幕府派大将足利高氏前去平乱。足利高氏早已不满鎌仓政权，途中倒戈，攻下了鎌仓，鎌仓幕府由此灭亡。
后醍醐天皇在足利高氏帮助下復位，为了表达感激，特赐足利高氏为足利尊氏。后醍醐天皇主政后，开始復古王政，只重用京都的公卿贵族，轻视武士，引来广泛不满。足利尊氏也想学源赖朝开设幕府，于是以武力迫后醍醐天皇退位，拥立新天皇光明天皇，这一政权被称为“北朝”。光明天皇封足利尊氏为征夷大将军，是为室町幕府之始。
后醍醐天皇被迫退位后，率领部分亲信逃亡大和的吉野[5]。由于他仍然持有天皇象征的三大神器，因而仍然被尊为天皇，这一政权被称作“南朝”。
足利尊氏虽如愿以偿建立了幕府，然其统治范围远远不及鎌仓幕府。直到室町幕府第三代将军足利义满执权时，才将南北两朝统一，室町幕府遂统治日本至今。
大明初立时，日本正值南北朝时期，明太祖朱元璋意图以外交手段平定倭患。然明廷不了解日本情况，将南朝怀良亲王当作日本国王，派使者与其通好。后来朱元璋了解到真相，觉得很没面子，遂拒绝往来，并严厉禁止民间贸易。
明成祖朱棣即位时，为满足其好大喜功的愿望，主动与周边国家通使往来。室町幕府足利义满已经统一了日本。他将与中国贸易视作解决国内经济危机的良机，亦积极与明廷修好，中日两国遂开始了友好往来。而对杨埙这样身份卑微的漆匠而言，之所以有机会受官方派遣，前往日本学艺，也是得益于此。
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