武门东）附近一处面积宽敞的宅院，于是找来在京的一些朋友共议此事，徐光启也在其中，还帮助凑足了买房的钱。1605年（万历三十三年）8月27日，传教士们迁入新居，接着，他们修建了一间正式的礼拜堂，从此，北京有了最早的基督教的天主教堂，这就是后来着名的“南堂”。教堂中陈列有千里镜、地球仪、简平仪等天文仪器，以及龙尾车、砂漏、自鸣钟、天琴等。上至士大夫达官，下至普通穷人，各阶层不断有人登门“领教”，这一年在北京受洗的教徒超过了200人。利玛窦还专程去过北直隶保定府的乡村考察，发现在他们到北京之后的一年中，这里已经有150多名信徒加入基督教，而且人数正在增多。徐光启进一步向传教士提出，应该印行一些有关欧洲科学的书籍，万历三十五年（1607年），经利玛窦与徐光启为时一年的共同努力，欧几里德的《几何原本》前六卷被译成中文。徐光启将六卷合印成一册出版，并为其写了《译几何原本引》和《刻几何原本序》两篇序言。《译几何原本引》是以利玛窦神父的名义撰写的，该书的出版，在当时中国知识界产生了重大的影响，一种新的科学的推演方法开始被中国人所接受。同年，他们又合编《测量法义》。通过向利玛窦学习数学和天文学，李之藻编译了《浑盖通宪图说》，这是第一部由中国人写成的介绍西方天文学的着作。利玛窦又与他合译了《同文算指》併合着了《干坤体义》。 万历十一年（1583年），从利玛窦在肇庆第一次将标有经纬度的《坤舆万国全图》展示给中国人后，这幅地图在二十多年中广为流传，它使中国人第一次认识了整个世界。这次又通过太监呈献给明神宗，神宗将其看成是装饰品，十分喜爱；下令以织锦的方式复製十二幅，每幅用六扇大屏风装成，他要把它们送给他的皇子和亲属。利玛窦于1610年（万历三十八年）5月30日病卧在床，11日临近黄昏时逝世，终年五十八岁。按中国的习俗，棺材用沥青密封，停放在教堂中。丧葬费用和棺木由李之藻出资。教徒中有人建议向皇上请求赐给利玛窦神父一块墓地，这样做还可以使教会和基督教在中国更加合法化。奏疏以庞迪我神父的名义上呈，由李之藻为之润色。在都御使孙玮和翰林院官员的帮助下，奏疏很快转呈皇上。他们又请叶向高与另一位内阁官员从中疏通。叶向高认为，仅就翻译《几何原本》一书的贡献，就应该赐予墓地。神宗让礼部复议，礼部根据《大明会典》的有关规定，认为可以同意庞迪我等人的请求，赐予一处无人居住的土地以安葬利玛窦。最后选定阜成门外二里沟的“仁恩寺”。由龙华民神父设计，通过对寺庙的改造，建成了基督教在中国的第一座墓地。北京的地方长官顺天府丞黄吉士，为了表示对死者的敬意，亲书“慕义立言”匾额，放于利玛窦神父的墓上，还为此组织了一个隆重的送匾仪式。
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