;吴泽霖负责教师方面的。沈履在一次谈话中还说到过叶在校内监视进步教师的一些活动”等等。
面对这位清华中层干部的口供，专案组一次又一次地找相关人员进行调查、审问。当调查到被“揭发”的戴世光时，戴回答说：“我没有听说过清华有什么中统组织，我想，'中统'大概是指国民党反动派的特务组织，而不是国民党时代的'中国统计学会'。我参加过中国统计学会，是会员，但清华没有统计分会。叶企孙没有，也不会参加中国统计学会。”
如此往復调查、审讯，叶企孙在狱中反覆解说、回忆、争辩、检讨、坦白、认罪，在极度恐慌、无休止的坦白交待与花样百出的折磨中，身体状况急剧下降，即将毙于狱中。专案组认为“叶证据不足，不能定特务”，但又不知如何处置，遂将情况上报，在周恩来的批示下，于1969年底，叶企孙被放出监狱，但仍由北大红卫兵组织继续对其实行“隔离审查”。也就是说，中央军委专案组历时一年半未能搞清的案情，将由“神通广大”的红卫兵小将们来完成。叶企孙出了监狱又步入地狱，从此落入红卫兵的棍棒皮带之下，经受更严酷的凌辱与折磨。经过一阵审查讯问和乱拳加乱棍的摔打锤炼，叶企孙神经紊乱，“幻听症”再度復发。早在叶入狱之前，叶就在红卫兵组织无休止的揪斗批判中，神经错乱。从叶的侄子、毕业于清华的物理学家叶铭汉被迫写下的“揭发材料”中，可以看到叶企孙当时的“真实面目”。
“材料”交待说：今年(1967)11月，反革命分子叶企孙被揪出，北大贴出打倒叶企孙的大字报，我去看了一下，才知道所谓的“抗日游击”，实际上是反共反人民的特务活动。新北大公社的大字报说，校文革和新北大公社早就掌握了叶的材料，并曾上报中央文革，因案情严重，牵涉到很多人，所以没有公布。叶曾对我说过，“他的问题是历史反革命性质，要等到下次人大后才能定案”。叶又说，照案情应该坐牢，也许可以宽大处理，在监外执行，可以住在家中。今年2月初，有一次叶忽然说，井冈山开办学习班，要他和崔雄昆去，他未去。因此井冈山电台天天点名批判他。以后叶每次来我家都说一件事，并说他到王府井去，也可以听到井冈山的广播。还说“有一种小声的特殊广播，是专门为他的。有时井冈山和新北大两个电台为他的问题而辨论”。⑥对这一说法，叶铭汉开始感到不合情理，后来才意识到是叔叔的神经出了问题。3月中旬，叶铭汉专门找到物理学家、北大副校长、“文革”中出任“井冈山兵团”第一任核心组组长(亦称井冈山“寨主”)的周培源，说明来意和叶企孙的反常举动，问“井冈山兵团”有没有这种广播。周与叶企孙是几十年的老友，说没有听到这类广播，又问了对方一些叶被井冈山总部揪出批斗的情况。叶铭汉得知此情后，对周培源说：“看来叶是神经失常了，能否请你做些思想工作，跟他说井冈山电台根本没有这种广播，是他自己的神经错乱了，是幻觉。”周回答说：“你跟他说说就行了”。周也就没有和叶企孙谋面。
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