改变中央政府与地方政府的财政及税收关係。
其二，启动金融—银行体系的改革。建立在中央政府领导下独立执行货币政策的中央银行体制，推进现有国有专业银行的商业化经营和商业银行的多元化。
其三，进行外汇管理体制改革。宣布取消双重汇率制，自1994年的1月1日起，两种汇率实行并轨，实行“以市场供求为基础，单一的、有管理的浮动汇率”，人民币兑美元的汇率定为8.72:1，比之前的官方汇率5.7:1贬值33%。其四，推进国有企业的改革。建立以股份制改造为目标的现代企业制度。
其五，建立新的社会保障制度。实行社会统筹与个人帐户相结合的城镇职工养老和医疗保险制度。
这些政策中，最为引人瞩目的是分税制的提出，它对后来的中国经济格局影响最大，同时，也最具有争议性。
以分税製取代财政大包干制，目的就是改变中央政府在收入分配上的被动局面。在朱镕基和他的幕僚们看来，中央与地方政府的财权和事权必须进行重新的“合理设置”，否则，宏观调控将缺乏坚实基础。如果中央政府在改革中行动迟缓，地方则积极试点和力求扩展，那么，加快改革很容易被理解为自下而上地衝破中央的领导和管理。
1993年7月23日，朱镕基在全国财政会议上首次正式提出分税制的想法，一个多月后，分税制改革的第一个方案出台，中央将税源稳定、税基广、易征收的税种大部分上划，消费税、关税划为中央固定收入，企业所得税按纳税人隶属关係分别划归中央和地方;增值税在中央与地方之间按75:25的比例分成。为了说服各省，朱镕基在随后的两个多月里，奔波全国，一一说服，其间颇多拉锯、妥协。那段时间，朱镕基压力非常之大，到处都是反对之声，他首站去的就是在财政大包干制度下得益最大的广东省，自谓“不入虎穴，焉得虎子”。朱镕基成功地说服了广东省，作为“代价”，他同意将土地出让收入部分归于地方政府，这为日后的“土地财政”埋下伏笔。186
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