恼羞成怒加上气急败坏，孙之獬下了朝后就立马写了一道奏章，向清世祖建议在全境范围内给汉人剃髮，其中有几句话直挠清帝（也就是当时摄政的多尔衮）心窝：
“陛下平定中原，万事鼎新，而衣冠束髮之制独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国之从陛下也！”
清帝顺治当时年仅七岁，全权大事全部由摄政王多尔衮一人说了算。多尔衮等人本来就是北方武人性格，被孙之獬这一阴激，深觉其言甚是有理。而且，早在比1644年多尔衮入关之前，满人大学士希福已在盛京向朝廷进献了满文写的辽、金、元三朝史料，想使这些过往“异族”入主中原的历史经验“善足为法，恶足为戒”。其中最主要的警示，就是防止上层“汉化”。特别辽、金两朝，“汉化”最终导致了皇族的消沉和委琐懦弱。
孙之獬的进言，正好挑起多尔衮的警惕之心，他想先从形式上消除“汉化”的潜在危险——好！我先下手为强，先给全体汉人来个“满化”，强迫剃髮！
这下可好，本来渐趋平静的江南地区顿时如水入沸油般四处暴散起反抗的怒cháo。“身体髮肤，受之父母，不得毁伤”。一直以孔孟伦理为原则的中国人，无论官绅还是普通百姓，都不能接受自己在形象上变成野蛮的“夷狄”。即使是统治中国近百年、残暴横行的蒙古统治者，也从未下令要汉人改变装束。
一朝天子一朝臣。以家族宗法儒学为源的中国人，或许能把朝代兴替看成是天道循环，但如果有人要以衣冠相貌上强迫施行历史性的倒退，把几千年的汉儒髮式和盛唐袍服变成“猪尾巴”小辫，这不仅仅是一种对人格尊严的侮辱，简直就类似“阉割”之痛。而且，以“夷狄”形象活着，死后都有愧于祖先，没有面目见先人于地下。
如果从文化、财产、等级等等方面，士大夫和平常民众还存有歧异的话，在这种保卫自身精神和风俗的立场方面，所有汉人几乎都表现出惊人的一致性。
原本已经降附的地区纷纷反抗，整个中国大地陷入血雨腥风之中。连真心归附清朝的汉人学者也在笔记中愤愤不平地记述道：“我朝（清）之初入中国也，衣冠一仍汉制（其实朱元璋下令是遵依唐制）。凡中朝臣子皆束髮顶进贤冠，为长服大袖，分为满汉两班。有山东进士孙之獬，阴为计，首剃髮迎降，以冀独得欢心。乃归满班则满以其为汉人也，不受。归汉班则汉以其为满饰也，不容。于是（孙之獬）羞愤上书……于是削髮令下，而中国之民无不人人思螳臂拒车斗，处处蜂起，江南百万生灵尽膏野糙，皆（孙）之獬一言激之也。原其心，止起于贪慕富贵，一念无耻，遂酿荼毒无穷之祸！”（《研堂见闻杂记》）。
不过报应真迅速。三年多以后，因为受人钱财卖官，孙之獬受弹劾，被夺职遣还老家淄川。这老贼恰好赶上山东谢迁等人起义。义军攻入淄川城，孙之獬一家上下男女老幼百口被愤怒的民众一併杀死，备极毒惨。
孙之獬本人被五花大绑达十多天，被押期间五毒备下，义军百姓在他头皮上被戳满细洞，人们争相用猪毛给他重新“植髮”，最后，还把他的一张臭嘴用大针密密fèng起，然后把他肢解碎割而死。
“嗟呼，小人亦枉作小人尔。当其举家同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也！”此种下场，连仕清的汉人士大夫也不免幸灾乐祸。
剃髮令下后，太仓、秀水、昆山、苏州、常熟、吴江、嘉定等广大地区义民纷起，纷纷杀死清军安排的地方官吏，开始了反清復明的抵抗运功。其中有嘉兴徐石麒、松江沈犹龙、常熟何沂、太湖徐云龙、昆山朱集璜等等。
清朝的王爷多铎忙派八万清军回师江南，并以李成栋这样的明朝降将为主力，进攻义军占领的城市。仅在昆山和江阴两地，清军就杀害了十多万起义的居民。
昆山本来局势平静，剃髮令下，“人心方骇”，民众争起，杀掉清军委任的阁丞茂才，烧掉县衙，并把巡抚官署也一把大火烧为平地。
清军李延龄受李成栋指派，以铁骑围城，先杀义民数千，而后，清军入城，开始屠城，大杀三天，方下令“封刀”。
“是两日天气晴明，而风色惨澹，空中无一飞鸟，暮皆大雨，震雷轰烈……初八日，王师（清军）拘掠千艘，载虏获西去。约计城中男妇逾垣得出者，十无一二。巧掩得全者，百无一二。骤遇炎雨，尸皆变色……其死亡状，有倚门、卧床、投阁、扳槛、反缚、攒捆、压木柱、斩首、斫颈、裂肩、断腰、剜肠、陷胸、肢解、才磔种种之异，以至悬樑挂树，到处皆是；井坎池潭，所在皆满，呜呼惨矣！”（吴伟业《鹿樵纪闻》）
李成栋明将出身，善用大炮攻城。屠略昆山后，他又率清军拥数十门巨炮，进攻江阴城。一时间炮声震天，江阴城墙塌落多处。在此之前，江阴军民先上演一出真假“空城计”，大开城门，诱清军入城，夜中时分伏兵四起，斩清军大将一名并杀掉早已叛清的明将许定国（杀高杰那位）。
李成栋军猛攻六天，才把江阴城攻克。
江阴城虽不大，抵抗最力，最城阖城遇屠，情状惨烈！
1645年7月底，李成栋率所部五千多人向嘉定进逼，在路上就开始jianyín杀烧。嘉定居民在明朝进士黄淳耀等人带领下，用大木、巨石填塞城门，誓死拒守。
8月中旬，李成栋猛攻嘉定城
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