称教堂挖眼剖心，或称教堂诱污妇女。厥后各处案虽议结，总未将檄文提贴虚实辨明白。此次应查挖眼剖心，竟无确据，外间纷纷言有眼盈坛，亦无其事。盖杀孩坏尸，采生配药，野番凶恶之族尚不肯为，英、法各国岂肯为此残忍之行？以理决之，必无其事。
除此之外，曾国藩还分析了天津士民积愤的原因，即所谓“五疑”，即：一、教堂大门终年关闭，神秘莫测，房屋皆建地下室，疑为囚禁幼孩之用；二、中国人民至仁慈堂治病，恒久留不出；三、教士为濒死者行洗礼，被疑为送入堂内皆见入而不见出；四、母子同在堂内，经年不得相见；五、堂中死人过多，掩埋多在夜间，又有二三尸一棺者，胸腹先腐，于是浮言大起。鉴于此，曾国藩请求朝廷明降谕旨，宣布从前反教檄文揭帖所称“教民挖眼剖心戕害生民之说多属虚诬”，“一以雪洋人之冤，一以解士民之惑。”
让曾国藩没有想到的是，内阁在发抄请各位大臣议事时，将“五疑”的关键内容删掉了许多，这样看起来曾国藩的态度完全是一边倒。因此，大臣们在读到曾国藩的奏折后，群情激愤，朝野大哗，那些遗老遗少们一个个号天叫地。7月23日是一个无比炎热的日子，慈禧、慈安与同治在乾清宫召集御前会议，商议曾国藩的意见。参加会议的有惇亲王奕琮，大学士官文、瑞常、朱凤标、倭仁，军机大臣奕䜣、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻，御前大臣奕 、景寿、伯彦讷谟祜，总理衙门大臣董恂、毛昶熙，弘德殿行走徐恫、翁同龢、桂清、广寿等——看看这些人的名字，就会知道讨论的结果了。会议的气氛紧张异常，原本慈禧和慈安一直是“垂帘”听政的，但这一次，不知是天气炎热还是一时忘了，两太后的帘幕都没有放下。众多的朝廷大臣，除了认为曾国藩办事不妥之外，几乎没有什么实质性的建议，只是在那里空谈要对得起民众。商议的结果，还是没有什么办法，只好默认了曾国藩的处理意见。会议开了一个多小时，因为天气炎热，每一个与会者都汗流浃背。而且，他们的心情变得更糟，一个个长吁短叹。
总理衙门大臣（左起）：沈桂芬、董恂、毛昶熙
很快，在天津的曾国藩接到了上谕，对于此项结果，朝廷没有明确表示同意，也没有表示反对，只是堂而皇之认为处理事宜，一定要使老百姓心服，“始能中外相安也”。朝廷在巨大的压力之下，对于曾国藩办事不力，进行了严厉的批评。奇怪的是，关于天津教案的处理意见尚没有公布，就透露出去了。舆论大哗，无论是朝廷还是民间，已是一片反对声。尤其是民间，人们奔走相告，群情激愤。情形对曾国藩越来越不利了。在京的一些湘籍官员联名致书曾国藩，对其大加抨击，更有激进者，还跑到北京的湖南会馆，将所有书写曾氏科第官阶的匾额一并拆除，并要求开除曾国藩的会籍。与曾氏交往多年的倭仁，也送书给曾国藩，要跟他绝交。
面对此突如其来的变化，曾国藩如坠烟云。他先是悲伤，随后，就是失望。曾国藩没有想到他的决策会引起如此激烈的反应，更何况，意见还处于向朝廷请示阶段，并没有真正地付诸实施。现在，曾国藩觉得此事的复杂性远远超过他的预料。那些朝廷的遗老遗少们，可以毫不吃力地表达自己的立场，可以堂而皇之地说着大话以及缝隙很大的官话，但结果呢，所有的责任都不在他们身上，背负这一切的，只有自己濒临腐朽的身躯。作为当事者，曾国藩当然力求一个结果，这个结果，不仅仅是本方能够接受，对方同样也要接受。但在如此国力之下，奢望根本无法得到保证。如果事情不能得到解决，吃亏的只能是自己的国家和人民。曾国藩决定豁出去了，不管怎样，尽人事，听天命，他要全力避免这场战争的爆发，哪怕是委曲求全，也不能让这场战争打起来。
值得一提的是，曾国藩在处理天津教案的过程中，一直与李鸿章保持着热线联系。在曾国藩看来，李鸿章对于外事相对熟悉，有经验；而且胆大心细，有谋略，有手段。曾国藩多次去信给李鸿章，向他咨询处理的方法。李鸿章告诉曾国藩，“洋人论势不论理”，对于法国人，退让得缓慢进行，不能退得太快。再一点就是，如果法国人铁心要打仗的话，也不要怕，法国毕竟是欧洲列强当中比较弱的，而且欧洲各国矛盾众多，可以有效地利用他们之间的矛盾。针对罗淑亚所提的要单方面惩治“天津教案主犯”的问题，李鸿章的意见是，不妨由中外大员一起审讯那些“罪犯”，如罗淑亚交不出证据，自然不太好定罪。然后，就可以将法国人拖住。李鸿章的意见，让困境中的曾国藩如获至宝。这时候的曾国藩也想不出什么好计策了，他没有照会法国人，只是尽量地等待观望，他开始考虑拖延的办法了。
在处理天津教案的那一段时间里，曾国藩很多天都无法合眼。压力的倍增，使晚年的曾国藩明显感到力不从心。并且，由于连日的操劳，曾国藩的高血压病又犯了，呕吐不止，茶饭不进。更可怕的是，因为长时间休息不好，曾国藩又患上了严重的忧郁症，经常神经过敏，想得太多。赵烈文说他是用心太多招致心力不够，所以无法入眠。曾国藩故作轻松地说：
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