1869年1月12日（农历1868年十一月三十日），章太炎出生于浙江省余杭县仓前镇。章太炎初名学乘，后改名为炳麟，字枚叔（一称“梅叔”）。后因仰慕顾炎武之为人，遂改名绛，别号太炎。世人常以其别号“太炎”来称呼他。此外，他还用过许多别名和笔名，比如章燐、章缁、绛叔、西狩、日本西狩祝予、末底、戴角、独角、菿汉阁主、台湾旅客、知拙夫、陆沉居士、支拉夫、支那夫、刘子政私淑弟子、刘子骏之绍述者、萧海琳等。
章太炎出生之时，正值太平天国起义被清政府镇压下去不久。这场轰轰烈烈的农民运动对浙江的经济生产与社会结构产生了极大影响。随着太平天国军队进入浙江，许多地主逃亡，土地被当地农民与外来人口占据开垦。虽然太平天国政权在浙江的主要精力都放在与清军作战上面，并没有太多时机与空间施行其定都南京之时所宣传的土地制度，因此依然按照清廷对基层的统治方式来征收赋税，同时经常聘用地方士绅与富户为“乡官”，但农民起义毕竟一定程度上撼动了地主士绅对基层社会的支配，其结果之一就是农村当中的自耕农数量增多。据研究者20世纪60年代在余杭县调研时发现，当地不少农户都是太平天国运动之后从外地迁居过来的，属于由清政府招垦而来的自耕农，并且趁着地主阶级势力日趋衰落，这些自耕农低价买入不少土地，使当地的地权分布得更为平均。
此外，太平天国运动之后，浙江农村盛行永佃制。其主要原因在于当地农民借着太平天国的影响，开始与地主阶级进行斗争，要求后者承认农民对土地的永佃权，防止地主采取新的手段来剥削农民。而在一些地区，永佃权的性质逐渐发生变化，即农民从拥有土地使用权发展为对土地拥有部分所有权。凡此种种，加上近代资本主义商品经济在当地的普及与洋货逐步深入农村市场，不断冲击着传统的地主经济，浙江农村的社会结构发生了颇为深刻的变化，这对包括章太炎家族在内的本地士绅阶层产生了不小的影响。章太炎后来长期关注中国的土地问题与农民问题，思考如何通过合理的土地制度来保证经济生产的活力，从渊源上来看，似与他所成长的地方经历过的社会经济变迁颇有关系。
关于清代以来的浙江，史家贺昌群曾说：“两浙为鱼米之乡，人口繁殖之地。因近古以来，地理环境之变迁，其人士最能得风气之先，接受时代思潮。明末遗贤之所以倡于彼者，而其影响则在于此。其人物殷阜，明清以来藏书之家甚多，乾隆朝修四库全书，以浙江采进之书最多，号称人文渊薮。”具体到余杭县隶属的杭州府，清代以来，随着经济生产力的提高，物质财富、人才与文化资源不断输入当地，使杭州府成为浙江省乃至全国重要的文化中心，科举中举人数在全国名列前茅。章太炎家族便是当地颇有名望的耕读之家。他的曾祖名叫章均，字安圃，生于乾隆中叶，通过家族的几代积蓄，家资充盈。据章太炎说，章均家“赀产至百万”。章均曾经在当地县学做增广生，后担任训导，教于海盐儒学。后来他用自己的钱财创办苕南书院，又购置田产设立章氏义庄和家塾，养育族中子弟。当时章氏宗族人数多达三百余人，其中的贫寒子弟也可至家塾中学习受业。
章太炎的祖父名叫章鉴，字聿昭，自署晓湖，是章均最小的儿子。曾入县学为附学生，援例为国子监生，但不愿出仕为官。借助师承关系，他较为广泛地了解了古今学术梗概。章鉴非常喜好藏书，积累了许多宋、元、明旧版书，并用此来教授子弟。中年以后，由于妻子之病为医所误，他开始钻研医学，购买了大量医学典籍，对历代名方甚为熟悉。章鉴经常为亲族治病，还为周围的穷人免费治疗。太平天国军队占领余杭期间，苕南书院毁于战火，义庄券册也遭焚毁。章鉴为了躲避战乱，开始以行医为生。他一度担任太平天国的乡官，但却不想久任此职，在为一位太平天国将领治好病后，他就辞官返乡，无意仕途，专门为穷人看病。
章太炎之父章濬（字轮香）是章鉴的长子。廪生出身，成绩优异，但屡次应试而未能中举。左宗棠率军来浙江与太平天国作战时，章濬曾向其献地图，并进言善后之策，左宗棠对其颇为欣赏。1867年，新任杭州知府的谭钟麟聘请章濬为幕僚。之后谭钟麟迁任河南按察使，承担起镇压捻军起义的任务，但章濬却不想长期离开家乡，遂以母亲年高需要照料为名，辞职返回故乡。在余杭，他担任县学训导，成为当地知名士绅。晚年热心于家乡水利建设，同时与其父一样，经常给穷人看病。章太炎是章濬的第四个儿子。
从表面上看，章太炎的家族虽然在当地属于精英阶层，但对仕宦却并不怎么热衷，而是将更多的时间放在教育本族子弟、致力地方公益上。从社会心态史的角度来看，这样一种“人生规划”在当时的士绅阶层中也颇为常见。至于为何做此抉择，或因自感升迁无望，或因厌倦庶务缠身，或因看透官场陋习，或因不愿辞家远行，各种缘由，不一而足。
不过即便如此，也不能忽视士绅阶层在当地社会的影响力。晚清下层士绅群体虽然未必会对朝廷大政方针产生影响，但在地方
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