进一步公开化，造成十分严重的政治后果。孙中山等人自然不会坐视自己被攻击，他们联合黄兴，制造出一起声势更为浩大的批判章太炎风潮。而在黄兴眼里，章太炎竟敢质疑孙中山，此举属于“神经病之人，疯人呓语”，理应被批判。更有甚者，他还以章太炎有“破坏团体”之罪为借口，派人前去恐吓章太炎。
在当时的革命阵营里，如果说有人在学术上能和章太炎比肩，那么非刘师培莫属。他出身经学世家，同样继承清代汉学传统，对《左传》也深有研究，时人甚至认为他在学术功力上更胜章太炎一筹。刘师培也在庚子事变之后不久开始宣传革命，其政论文章有不小的影响。章太炎视这位比自己年轻15岁的革命同志为学术上的知己，经常与他讨论经学和小学。不过刘师培在政治立场上变动极快。他先是宣传反清革命，到了日本之后受到无政府主义影响，迅速成为其服膺者，创办报刊，宣传无政府主义理念。当1907年革命形势陷入低潮时，刘师培又试图重新与清政府建立联系。在妻子何震与姻弟汪公权的怂恿下（何震与汪公权有私通行为），刘师培秘密投靠清廷大员端方。为赢得端方信任，刘师培夫妇向其策划，由端方给章太炎一笔钱款，让当时因革命党内部纠纷而倍感忧愤的章太炎退出革命阵营，出家为僧。而在与章太炎说明此事时，刘师培夫妇却故意含糊其词。对友人无防范之心的章太炎以为其中没有陷阱，加之当时情绪比较低落，于是就含糊答应刘师培，让他先向张之洞与端方要来钱款，自己再去潜心佛学。不久之后，章太炎从苏曼殊处听闻刘师培与端方关系不正常，遂心生疑念。同时他还发现何震与汪公权的私通行为，出于好心，将其告知刘师培。孰料早已对章太炎有提防之心的刘师培听到这个消息后勃然大怒，宣称章太炎在破坏他和何震的夫妇关系，于是寻找机会报复他。
因此，在得知孙中山与黄兴准备反击章太炎和陶成章对自己的攻击后，刘师培夫妇主动将章太炎写给端方的信拍成照片寄给黄兴，谎称章太炎已背叛革命，投靠清政府。这批材料让黄兴等人如获至宝，立即吩咐与自己走得比较近的报刊铆足马力广为宣传，刻意制造章太炎革命叛徒的形象。其中，曾被章太炎指控在苏报案中出卖同志的吴稚晖尤为卖力，不断在《新世纪》上刊登批判章太炎的文章。或许是意识到吴稚晖与章太炎之间矛盾很深，孙中山就给吴稚晖写信，声称“陶（陶成章）乃以同盟会为中国，而章（章太炎）则以民报社为中国，以《民报》之编辑为彼一人万世一系之帝统”，暗示吴稚晖应加大批判章太炎的力度。
这场愈演愈烈的内讧，造成革命阵营巨大内耗。许多革命党人一方面被迫选择站队，另一方面也开始重新思考革命策略与行动方案。1910年，光复会在东京成立总部，章太炎任正会长，陶成章任副会长。不久之后，章太炎与陶成章等人创办《教育今语杂志》，希望用讨论学术的形式宣传革命理念。章太炎的弟子钱玄同为该刊撰写发刊词，章太炎本人也用白话文在该刊发表多篇文章，比较系统地论述了对于教育与学术的看法。与此同时，全程目睹章太炎与孙中山之间纠纷的宋教仁、谭人凤等人，对孙中山总是热衷于在边境地区策划起义的做法表示异议，开始筹划在长江流域组织力量进行活动。据日本特务记录，宋教仁在当时曾认为孙中山“已是落后于时代的人物，不足以指导革命的趋势”。1911年7月，宋教仁、谭人凤等人在上海成立酝酿已久的同盟会中部总会，这对武昌起义的爆发起到不小的推动作用。章太炎后来也直言：“始，同盟会兴，从事者贸贸然未有所适，或据岭海偏隅以相震耀，卒无所就其谋。自长江中流起者，则渔父（宋教仁）与谭石屏策为多。”
如何评价这场内讧？不可否认，章太炎虽然学识丰富、思想活跃，但却长于思而短于行，不善于在错综复杂的革命形势下做出理智而冷静的判断。就连陶成章也觉得“章君太炎，其人并非无才之人，不过仅能画策，不能实行”。因此，当他觉得孙中山有冷落《民报》的倾向后，就立即还以颜色，显示自己坚持原则不妥协。而对于刘师培，则又中了“君子可欺以方”的陷阱。说到底，擅长治学的人不一定擅长治世，有革命思想的人不一定擅长从事革命工作。
再看孙中山。他对于革命的贡献自然不待多言。可是作为领导者，他似乎比较缺乏团结同志、包容不同意见的风范。宋教仁在1907年2月的日记里记载：
七时至民报社与黄庆午（黄兴）言余辞职事，庆午不应。良久，庆午忽言，欲退会，断绝关系，其原因则以□□□以己意制一新国旗，而庆午以为不善，请其改之。逸仙（孙中山）固执不改，并出不逊之言，故庆午怒而退会。时诸人均在，皆劝之。余则细思庆午不快之原因，其远者当另有一种不可推测之恶感情渐积于心，以致借是而发，实则此犹小问题。盖□□（按：此为“逸仙”）素日不能开诚布公、虚心坦怀以待人，做事近于专制跋扈，有令人难堪处故也。今既如是，则两者感情万难调和，且无益耳，遂不劝止之。
黄兴在革命党内素以忠厚宽仁著称，而且多次出面维护
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