明，即以革命明之；旧俗之俱在，即以革命去之”。复次，革命也不会引来列强瓜分中国，因为中国的情形和印度不一样，印度长期处于封建割据状态，所以英国殖民者可以分而治之，而中国“地势人情，少流散而多执著”，一旦通过革命运动唤起广大民众的救亡热情，会让整个国家更为团结，人人都能意识到国家兴亡与自己休戚相关。最后，章太炎认为康有为之所以反复宣扬君主立宪，是因为不能忘却功名利禄，希望光绪掌权之后自己能受到封赏。自此，章太炎彻底与康有为断绝交谊，后者成为他的长期批判对象。
章太炎的这两篇文章，加上邹容的《革命军》，迅速引起清政府的注意。1903年5、6月间，清廷商约大臣吕海寰致函江苏巡抚恩寿，建议他逮捕在上海宣传革命之人。恩寿命上海道台袁树勋照会各国领事，指明要逮捕章太炎、蔡元培、陈范等人。不久之后，恩寿又命袁树勋要求上海租界工部局会同查封苏报馆，逮捕章太炎、邹容等人，同时派候补道俞明震赴沪协同袁树勋办理此事。由于俞明震思想开明，同情革命，且其子俞大纯是章士钊的好友，因此他对于办理此案并不积极，反而多方庇护爱国学社与苏报馆成员，吴稚晖能躲避追捕，就和俞明震有直接关系。而袁树勋则由于该案发生在租界，出于过往经验，不愿与租界的帝国主义者过多交涉，以免旁生枝节，起初也不是特别卖力。袁树勋的上司，时任两江总督的魏光焘态度也和俞、袁二人差不多。真正主张严办章太炎等人的是两位地方大员端方和张之洞，尤其是张之洞，为了显示自己对清政府的忠心，以及与戊戌年间主张变法的人坚决划清界限，极力建议清政府严惩苏报案中人。
1903年6月29日，工部局派警探去苏报馆搜捕，带走报社账房程吉甫。本来章太炎是有机会躲避追捕的，但由于他疏于警戒，加之有比较强烈的志士心态，因此并未在工部局来寻找自己前进行躲避，而是依然留在爱国学社中，遂被工部局逮捕。而邹容本已迁居至虹口，且与苏报馆并无很深的往来，但由于收到章太炎让自己与他共赴难的来信，为了彰显自己恪守有难同当的兄弟义气与不惧危险的英雄气概，邹容选择主动投案。当然，也正因为邹容因年轻而在性格与思想上都不太成熟，导致后来被判监禁之后，他情绪激动，精神反常，最终惨死狱中。
1903年7月15日，租界会审公廨组织额外公堂对章太炎和邹容进行审讯，清政府特意委托律师来提出控诉，控辩双方及其律师在庭上展开辩论。在时人眼中，过去一直至高无上的朝廷此刻竟然和两位“要犯”同台辩论，这本身就是一件闻所未闻之事，这既扩大了章太炎等人的知名度，使他们的观点更广为人知，又加强了时人对清政府的不屑之感。在某种程度上说，这场审讯已经是在变相传播革命思想。
在苏报案的处理问题上，清政府要求租界当局将章太炎与邹容转交给自己，然后重判其罪状。可租界当局为了突显治外法权的重要性，反对清政府的诉求，主张要在租界内审理此案。当然，对于租界当局来说，拒绝将章太炎和邹容交给清政府，还是一个很好的彰显其管理体制如何“文明”的机会，因为他们很清楚，一旦章太炎和邹容落入清政府之手，下场一定很悲惨。因此，他们不会直接以治外法权为借口来拒绝交出章太炎和邹容，而是借“法治”与“言论自由”之名来表达立场。此外，由于该案发生在租界内，不仅租界当局有自己的考量，列强之间也充满着盘算。其中，由于在长江流域有巨大经济利益，所以英国政府出于维护租界地位的考虑，坚决反对将章太炎和邹容移交给清政府，同时深度介入该案的审判过程。法国与俄国则支持清政府的诉求，希望以此换取后者对自己的依赖，但后来在英国的游说之下，法国政府逐渐改变了政策。日本政府鉴于与英国的同盟关系，因此表面上和后者保持一致，但在与清政府的单独交涉中，则透露出不会庇护苏报案犯人的态度。最终，1904年5月，租界会审公堂判决章太炎监禁三年，邹容监禁两年，《苏报》被永久停刊。
作为苏报案的亲历者，对于该案的影响，章士钊说：
前清末造，士夫提倡革命，其言词之间，略无忌讳，斥载湉为小丑，比亲贵于贼徒者，惟香港、东京之刊物能为之，在内地则不敢，抑亦不肯。洵如是者，词锋朝发，缇骑夕至，行见朋徒骇散，机关捣毁，所期者必不达，而目前动乱之局亦难于收摄也。此其机缄启闭，当时明智之士固熟思而审处之。然若言论长此奄奄无生气，将见人心无从振发，凡一运动之所谓高潮无从企及。于是少数激烈奋迅者流，审时度势，谋定后动，往往不惜以身家性命与其所得发踪指示之传达机构，并为爆炸性之一击，期于挽狂澜而东之，合心力于一响，从而收得风起云涌，促成革命之效。苏报案之所由出现，正此物此志也。
正如其言，苏报案审判期间，不少报刊进行了详尽报道，并发表相关评论，让该案成为具有强烈社会反响的事件，不少青年人也因此得闻章太炎与邹容之名，主动去阅读他们的论著。例如当时身处湖南省溆浦县的舒新城后来这样回忆：
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