e L.Harrison)从华盛顿发来的一份电报交给杜鲁门。电文如下：
今早已做完手术。诊断尚未完成，但结果似乎令人满意，已超出预期。消息传得很远，当地媒体需要发布新闻。格罗夫斯医生很高兴。他明天返回。有新消息我会另行通知。
杜鲁门和伯恩斯喜出望外。他们终于等到期待已久的好消息：原子弹试爆取得成功。史汀生还汇报了另一条好消息：日本似乎向苏联发出求和试探，但消息的可靠性还有待证实。无论消息真伪，时机已然成熟，可以按照他们在杜鲁门临行前讨论的结果，向日本政府发出最后通牒。如果日本置之不理，那么美国政府就可以让日本人领教他们新式武器的“全部威力”了。
7月17日，杜鲁门首次见到斯大林。他对这位苏联领导人矮小的身材感到惊讶——“斯大林的身高在165到168厘米之间，但他对会谈结果总体上还算满意”。杜鲁门写道：“斯大林似乎心情很好，他彬彬有礼，在准备离开时对我说，他很高兴能登门拜访。”当天晚些时候，杜鲁门与斯大林在波茨坦会议第一次会议的会场塞西林宫(Cecilienh of Palace)再次会面。这是一座四个侧厅环绕着一处庭院的两层褐石建筑。然而，直到7月24日，他才“轻描淡写地”对斯大林说，美国拥有一种“破坏力非同寻常的新式武器”。斯大林似乎并不是很感兴趣，只是这样回应：他很高兴得知美国拥有这种新式武器，并希望美国“能在对日作战中把它派上大用场”。
丘吉尔从一开始时就知道“曼哈顿计划”。7月17日，他从史汀生口中得知原子弹试爆成功的消息。他毫不怀疑，只要有助于结束战争，原子弹就必须使用。他后来写道：
到目前为止，我们已经形成了通过大规模轰炸、大规模部队登陆作战进攻日本本土的想法。我们已经考虑到，崇尚武士道的日本人必将在激烈的战场上乃至每个山洞和防空洞里拼死抵抗。冲绳岛战役的景象在我头脑中历历在目：数以千计的日本士兵宁死不降，在指挥官切腹自尽后，排成一排用手榴弹自杀。想要粉碎日本人的抵抗，也许要付出阵亡100万美军、50万英军的代价；如果我们能走到那一步，伤亡肯定会更多，因为我们已经下定决心分担这痛苦的代价。现如今，所有一切噩梦般的景象都烟消云散了。取而代之的是，只需一两次剧烈的爆炸，就可以结束整场战争。这似乎十分合理，让人眼前一亮。
现在，摆在杜鲁门及其顾问面前的只有两个问题：最后通牒应当如何警告日本政府？如果日本政府不予理睬，那么日本的哪些城市该成为目标？关于第二个问题，杜鲁门同意过渡委员会的意见，也认为周围全都是工人宿舍的兵工厂是最理想的目标。他对史汀生说，把原子弹投向“具有重要军事意义的军工中心”符合“战争法则”。许多城市都被纳入考虑范围，包括日本的旧都京都。然而，由于史汀生指出，京都对于日本人来说是地位十分重要的“文化和宗教圣地”，所以它被剔出名单。在征求史汀生、乔治·马歇尔、“哈普”·阿诺德的意见后，杜鲁门批准了最终被选作目标的4座城市：广岛、小仓、新潟、长崎。杜鲁门写道：“选择的顺序是依据这些城市的军事重要性，但轰炸机在执行投弹任务时也应当考虑实际的天气状况。”他在日记中还写道：“我对史汀生说……使用原子弹，要把军事目标、士兵、水兵当作攻击对象，不要伤害老幼妇孺。就算日本全都是野蛮、无情、冷血的狂徒，我们也绝不能对日本的旧都和新都（东京）使用这种可怕的炸弹。”
7月24日，美国陆军战略航空兵司令官卡尔·斯帕茨(Carl Spaatz)上将接到命令：“8月3日之后，只要天气情况允许，就尽快”投掷第一颗原子弹。杜鲁门告知史汀生，除非史汀生通知他说，日本政府对最后通牒给出“令人满意的”答复，否则投掷原子弹的命令就一直有效。根据白宫地图室的值班军官乔治·埃尔西中校的记述，杜鲁门之所以会把时间定在8月初，是因为到那时他就已经离开德国。埃尔西回忆道：“他想远离俄国人，赶在第一枚原子弹真正落下以前回家。”埃尔西中校当时也在波茨坦。
7月26日晚，杜鲁门签发了要求日本投降的最后通牒，即《波茨坦公告》。公告开篇的文字是：“余等：美国总统、中国国民政府主席及英国首相代表余等亿万国民，业经会商，并同意对日本应予以一机会，以结束此次战事。”兵力数倍于对德作战的庞大部队“即将予日本以最后之打击”。所以，“现时业已到来，日本必须决定一途，其将继续受其一意孤行计算错误，使日本帝国已陷于完全毁灭之境之军人之统制，抑或走向理智之路”。
尽管史汀生存有保留意见，但公告还是要求“日本政府立即宣布所有日本武装部队无条件投降”，否则日本“即将迅速完全毁灭”。尽管公告全文没有特别地指出原子弹的存在，但公告的威胁意味不言自明。此外，公告也没有表示允许日本保留天皇。相反，公告警告道，“欺骗及错误领导日本人民使其妄欲征服世界者之威权及势力，必须永久剔除”。此外，日
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