紧张不安地与纳尔逊讨论可能对美国战时盟友有帮助的项目细节。纳尔逊低声问，这种武器什么时候能问世。乔猜测至少需要一年时间才能生产出足够的原料进行试爆。乔还主动透露：“比如奥比就认为这可能需要一年半的时间。”纳尔逊说：“关于原料交付的问题，我还不知道他能否搞定，但我猜这事每天都在推进。”在录音文稿的这一部分，一位分析谈话记录的联邦调查局或陆军反情报官员写道：“此处的表述方式说明奥本海默谨小慎微地对纳尔逊隐瞒了信息。”
如果说这份文字记录表明乔向纳尔逊透露了情报，那么它也体现出奥本海默有了保密意识，纳尔逊认定奥本海默变得不再配合，而且过于小心。
联邦调查局的这份纳尔逊与身份不明的乔的对话记录被交到了陆军中校鲍里斯·T.帕什手中，他惊呆了。帕什任职于旧金山G-2陆军情报部，是驻守西海岸的第九集团军反间谍处主任，其职业生涯的大部分时间都在追捕共产党人。帕什出生于旧金山，年轻时曾在第一次世界大战期间陪同身为俄罗斯东正教主教的父亲前往莫斯科。布尔什维克夺取政权后，帕什加入了反革命的白卫军，参加了1918—1920年的苏俄内战。他与一位俄国贵族结婚后回到了美国。20世纪二三十年代，帕什被聘为一所高中的橄榄球教练，他在暑期是美国陆军预备役情报官员。美国参加第二次世界大战后，他曾协助在西海岸拘捕日裔美国人，后来被任命为曼哈顿计划的首席反间谍官员。帕什无法忍受官僚主义，他认为自己是个实干家。虽然他的崇拜者形容他“机灵又高明”，但是其他人认为他是一个“疯狂的俄国人”。帕什认为苏联不仅是战时美国的临时盟友，更是美国的死敌。
帕什轻率地得出结论：纳尔逊和乔的谈话记录不仅是间谍活动的证据，而且证实了他对奥本海默的怀疑并非捕风捉影。第二天，他就飞到华盛顿向格罗夫斯将军汇报了这份记录。因为对纳尔逊的监听是非法的，所以当局无法对他或身份不明的乔提出指控。但是他们可以利用这些信息追查纳尔逊在辐射实验室的全部活动和联系人。帕什中校很快被授权调查伯克利的实验室是否为间谍活动的目标。
帕什后来作证说，他和他的同事“知道”那个叫“乔”的人向史蒂夫·纳尔逊提供了有关核弹项目的技术信息和“时间表”。最初，帕什的调查集中在洛马尼茨身上，只是因为帕什获悉洛马尼茨是共产党员。1943年6月的一天，负责跟踪洛马尼茨的人看到他和几个朋友站在加州大学伯克利分校的正门外，勾肩搭背地摆出照相的姿势，给他们照相的人是经常在校园里揽客的摄影师。照片拍好后，洛马尼茨和他的朋友们就离开了，一名政府特工走到摄影师跟前，跟他买下了底片。与洛马尼茨拍照的几位朋友的身份很快被确认，他们是约瑟夫·温伯格、戴维·玻姆和马克斯·弗里德曼，他们都是奥本海默的学生。从那时起，这些年轻人就被贴上了颠覆分子的标签。
帕什中校还说，他的调查人员“首先确定了这四个人经常在一起”。帕什没有透露他们的“调查方法或行动步骤”，他说：“有一个人，我们需要确认他的身份，现在我们手上有了这张照片。通过研究，我们确定乔就是约瑟夫·温伯格。”帕什还声称自己掌握了“足够的信息”，可以确定温伯格和玻姆都是共产党员。
帕什确信他偶然发现了一个老练的特工团伙，其成员都是狡猾的苏联特工，他认为应该采取一切必要手段予以打击。1943年7月，联邦调查局旧金山分局报告说，帕什想绑架洛马尼茨、温伯格、玻姆和弗里德曼，再用船把他们带到海上，然后“用俄国人的方式”审讯。联邦调查局指出，法庭不会接受以这种方式收集的任何信息，“但是帕什显然没打算让他们在审讯后还能活着出庭受审”。联邦调查局认为这么做太过分了，“为了阻止这一行动，他们给他施加了压力”。
尽管如此，帕什还是加强了对史蒂夫·纳尔逊的监视。在给纳尔逊家里安装监听器之前，联邦调查局就在他的办公室里安装了一个监听器。他们在无意中听到的谈话表明，纳尔逊正有条不紊地从一些年轻的物理学家那里收集关于伯克利的辐射实验室的信息，他知道这些物理学家同情正与德国鏖战的苏联。早在1942年10月，联邦调查局就监听到了纳尔逊与劳埃德·莱曼之间的对话，莱曼是共青团的组织者，也在辐射实验室工作。“莱曼告诉纳尔逊，实验室正在研制一种极为重要的武器，他参与的是研究方面的工作。纳尔逊接着问莱曼，奥本海默是否知道他是‘共青团员’，还说奥本海默‘太神经过敏了’。纳尔逊接着说，奥本海默在党内曾经很活跃，但后来沉寂了。他还进一步表示，政府之所以会放奥本海默一马，是因为他在科学领域的才能。”纳尔逊提到奥本海默曾在“教师委员会”（代指教师工会）和援助西班牙委员会工作，他带着讽刺的口吻说：“他无法掩盖自己的过去。”
1943年春，正当戴维·玻姆要撰写关于质子和氘核碰撞的学位论文时，他突然被告知该研究属于机密。由于他缺乏所需的安全许可，他计算撞击散射的笔记也被
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