数学家约翰·冯·诺依曼带到了洛斯阿拉莫斯。经过计算，冯·诺依曼认为至少从理论上说内爆设计是可行的。奥本海默愿意赌上一把。
第二天，7月18日，奥本海默向格罗夫斯总结了他的结论：“我们已经简要调研了电磁分离的可能性……我们认为，这一方法在原则上是可行的，但它所需的生产周期与目前的时间表完全不符……鉴于上述事实，似乎有理由停止继续花大力气提纯钚同位素，而将注意力集中在无须低中子背景就能取得成功的组装方法。目前，必须优先考虑的方法是内爆法。”
奥本海默的助手戴维·霍金斯后来解释说：“内爆是（钚弹）唯一的希望，而从目前的证据看连这也显得希望渺茫。”尼德迈耶和他在军械部门的手下在内爆设计上进展甚微。尼德迈耶生性腼腆，不爱交际，喜欢一个人有条不紊地工作。他后来承认，奥本海默“在1944年春对我变得极不耐烦……我想他一定非常不满，因为我没有像战时项目那样推进工作，我表现得就像这只是一项日常研究”。台地上只有少数几个人对奥本海默的魅力无动于衷，尼德迈耶就是其中之一。感到失望的奥本海默一反常态地开始发脾气。“奥本海默臭骂了我一顿，”尼德迈耶回忆说，“很多人把他视为智慧和灵感的源泉。作为一个科学家，我对他表示尊敬，但我只是没有把他看得那么高大……他可以对你视而不见，让你颜面尽失，而我也可能会让他很不痛快。”他们两人的个性冲突给内爆设计的危机火上浇油，这场危机在那年夏末达到了顶峰，奥本海默宣布要对实验室进行重大重组。
1944年年初，奥本海默说服了哈佛大学的炸药专家、人称“基斯迪”的乔治·基斯佳科夫斯基搬到洛斯阿拉莫斯。基斯佳科夫斯基是个固执己见、意志坚定的人，他不可避免地与自己名义上的上级德凯·帕森斯上将有过多次争执。基斯佳科夫斯基和尼德迈耶也相处不来，在他看来，尼德迈耶的作风太过懒散。1944年6月初，基斯佳科夫斯基给奥本海默写了一份备忘录，威胁要辞职。作为回应，奥本海默马上把尼德迈耶叫来，告诉他基斯佳科夫斯基将取代他的位置。悲愤交加的尼德迈耶扬长而去。尽管“久久无法释怀”，但他还是被说服留在洛斯阿拉莫斯担任高级技术顾问。奥本海默没有事先征求帕森斯上将的意见就果断地宣布了这个人事变动。“帕森斯气坏了，”基斯佳科夫斯基回忆说，“他觉得我绕过了他，简直是肆意妄为。我完全能理解他的感受，但我是平民百姓，奥比也是，我不需要经过他。”
失去对军械部门的控制让帕森斯异常恼火，9月，他给奥本海默写一份备忘录，提议在内爆式核弹项目中赋予他全面的决策权。奥本海默温和但坚决地拒绝了：“我无法给予你你想从我这里得到的权力，因为我也没有这样的权力。无论协议上如何规定，事实上，我无权自己做出决定，所有决策均需得到实验室那些资深科学家的理解和批准，他们是决策的执行者。”作为一名军人，海军上将帕森斯之所以想获得这一权力，是因为他希望用权力压制科学家们的学术讨论。“如你指出的那样，”奥本海默写道，“你担心自己在实验室的职务可能使你陷入漫长的争论和讨论，但是这一过程中达成的共识是开展后续工作的基础。无论怎么说，我都无法将这些讨论视为可有可无。”科学家们必须有争论的自由，而奥本海默之所以会在这些争论中出面调停，只是为了协助达成共识。他告诉帕森斯：“我并不是说实验室应该如此组成，而是事实如此。”
定期到访洛斯阿拉莫斯伊西多·拉比也赶上了钚弹的设计危机，他还记得当时与该项目的一些顶尖科学家开过一次会，在这次情绪消沉的会议中，这些科学家说他们迫切地想要找到一种造出钚弹的方法。没过多久，他们的谈话就转到了敌人身上，拉比回忆道：“比如，那群德国科学家都有谁，那些人我们其实都认识，还有他们都在做什么。我们进行了整体回顾，审视了我们自己的发展历程，并试图找出他们在哪方面可能做得更高明、在什么地方可能比我们的判断更明智，从而避免了这样或那样的错误……我们最终的结论是，他们可能与我们不相上下，或者领先一些。我们都变得很严肃，我们不知道敌人手里有什么，我们不想浪费任何一天或任何一周。当然，如果浪费了一个月的时间，那可就是场灾难。”正如菲利普·莫里森总结的那样，1944年年中，他们的看法是“如果我们输掉这场战争，那么唯一的原因就是我们没能完成自己的工作”。
尽管进行了改组，1944年年底，基斯佳科夫斯基的团队仍然没有成功制造出形状合适的爆炸物（被称为炸药透镜），这种爆炸物可以精确地将一个没有压实的、柚子大小的钚球对称地挤压成一个高尔夫球大小的球体。没有这样的炸药透镜，内爆式炸弹似乎无法实现。帕森斯上将对此非常悲观，他甚至去找奥本海默建议他们放弃炸药透镜，设计另外的内爆方式。1945年1月，当着格罗夫斯和奥本海默的面，帕森斯和基斯佳科夫斯基就这个问题展开了激烈的辩论。基斯佳科夫斯基坚持认为，没有炸药透镜就不可能实现内爆，他还承诺他的
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