手下很快就能将其制造出来。奥本海默支持他的决定，而这个决定对钚原子弹的成功至关重要。在接下来的几个月里，基斯佳科夫斯基和他的团队设法完善了内爆式设计。到1945年5月，奥本海默已经对能够成功制造钚弹信心十足。
制造炸弹更像是工程学，而不是理论物理学。但是，在带领科学家们攻克技术和工程难关时，奥本海默表现得就像在伯克利激发学生们产生新见解一样得心应手。“如果没有他，洛斯阿拉莫斯的人们也可能取得成功，”汉斯·贝特后来说，“但肯定会压力更大，一定不会有这么高涨的热情和这么快的速度。事实上，对实验室的所有成员来说，这都是一次难忘的经历。战时还有其他成就卓著的实验室……但是我从没在那些团队中见过如此强烈的归属感，以及如此强烈的对实验室岁月的缅怀之情，也未见过有人如此真切地感到这是他们一生中的美好时光。洛斯阿拉莫斯就是这样，这主要归功于奥本海默，他是一个领袖人物。”
1944年2月，由德裔物理学家鲁道夫·佩尔斯带领的英国科学家团队抵达洛斯阿拉莫斯。1929年，奥本海默第一次见到这位才华横溢又谦逊的理论物理学家，当时两人都在沃尔夫冈·泡利门下学习。20世纪30年代初，佩尔斯从德国移民到英国，1940年，他和奥托·弗里施写了一篇开创性的论文《论制造超级炸弹》，正是这篇论文让英国和美国政府相信核武器是可行的。在接下来的几年里，佩尔斯全面参与了英国的核弹计划“合金管工程”。1942年和1943年9月，英国首相温斯顿·丘吉尔派遣佩尔斯前往美国，帮助加快原子弹的研制工作。佩尔斯在伯克利拜访了奥本海默，奥本海默说：“他的博学给人留下了深刻的印象……在那次行程中，他是我遇到的第一个对武器本身及其物理学意义有所思考的人。”
佩尔斯博士第一次访问洛斯阿拉莫斯时只待了两天半。但奥本海默向格罗夫斯报告说，他们一致认为，英国团队可以为研究内爆设计中的流体动力学做出重大贡献。1个月后，佩尔斯搬到了洛斯阿拉莫斯，在二战期间他都待在那里。他欣赏奥本海默能言善辩又善解人意，不过最让他钦佩的是“他敢于与格罗夫斯将军对峙”。
1944年春，当佩尔斯和他的团队在洛斯阿拉莫斯安顿下来时，奥本海默决定把表面上由爱德华·泰勒负责的工作交给佩尔斯。泰勒本应为内爆式炸弹设计完成一套复杂的计算，但是这位善变的匈牙利裔物理学家并没有这么做，他痴迷于“超级”热核炸弹的理论难题，对核裂变炸弹毫无兴趣。1943年6月，奥本海默决定在战时的紧急情况下不考虑优先发展“超级炸弹”，于是泰勒变得越来越不配合。他似乎已经忘记了自己为战争效力的责任，总是在喋喋不休地谈论氢弹。对于自己不得不在贝特手下工作，泰勒的怨恨之情溢于言表。“他当我的上司，让我很不高兴。”泰勒回忆说。贝特的批评无疑加深了他的怨恨。每天早上，泰勒都会有一个关于如何制造氢弹的绝妙的新点子，而一夜之间，贝特就能证明这个想法不切实际。在一次与泰勒的艰难交锋后，奥本海默跟查尔斯·克里奇菲尔德打趣道：“愿上帝保佑我们免受外部敌人和内部匈牙利人的伤害。”
可想而知，奥本海默对泰勒的行为越来越恼火。那年春天，泰勒有一次在一个部门领导的会议上扬长而去，他拒绝为贝特的内爆项目做一些计算。贝特非常生气并向奥本海默抱怨。“泰勒实际上是在罢工。”贝特回忆说。当奥本海默就此事质问泰勒时，泰勒终于提出免去自己在核裂变炸弹研究方面的所有职责。奥本海默同意了，他写信给格罗夫斯将军，说他希望由佩尔斯取代泰勒：“这些计算最初是在泰勒的领导下进行的，但在我和贝特看来，他完全不适合承担这一职责。贝特觉得他需要一个下属来负责内爆项目。”
泰勒觉得受到了冷落，于是他向外界透露自己正考虑离开洛斯阿拉莫斯。如果奥本海默就此放他走，也没人会感到惊讶。所有人都认为泰勒属于“恃才放旷”，罗伯特·瑟伯尔称他为“所有组织的灾难”。但是奥本海默没有解雇他，而是满足了泰勒的愿望，给了他探索热核弹可行性的自由。奥本海默甚至同意每周给泰勒1小时的宝贵时间谈谈他的想法。
即使这个非同寻常的举动也不能让泰勒满意，他认为自己的朋友现在已经成了一个“政治家”。奥本海默的同事不明白他为什么要为泰勒费心。佩尔斯认为泰勒“有点儿疯狂，他会执着于一个想法一段时间，而那不久就会被证明是无稽之谈”。奥本海默也许对傻瓜不耐烦，但他知道泰勒不是傻瓜。奥本海默容忍他的原因是，最终他可能还会对这个项目有所贡献。那年夏天晚些时候，奥本海默为丘吉尔的特别代表彻韦尔男爵举办了一场招待会。后来奥本海默才意识到，他的邀请名单里不小心漏掉了鲁道夫·佩尔斯。第二天，他向佩尔斯道歉后开玩笑说：“如果漏掉的人是泰勒，那麻烦可就大了。”
1944年12月，奥本海默促请拉比再次到访洛斯阿拉莫斯。“亲爱的拉比，”他写道，“我们一直想知道你什么时候能再来。这里各种
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