于“希瓦利埃事件”，奥本海默承认希瓦利埃曾跟他谈过埃尔滕顿的提议：“我当时措辞很强硬，大意是说我觉得这样做大错特错。我们的讨论就此结束。据我对他多年的了解，我不相信希瓦利埃真是在搜集情报。我敢肯定，他对我所从事的工作一无所知。”对于他没有及时报告这次谈话的指控，奥本海默承认他当时应该立即上报，但他指出最终是他主动向一名安全官员透露了有关埃尔滕顿的消息，他还说如果“我没有报告”的话，此事将永远不为人知。
总体而言，奥本海默的回复算得上令人信服。如果纵观他的一生，对一位20世纪30年代支持新政的自由主义者来说，指控中涉及的很多举动算不上非同寻常，很多像他这样的人都会投身于支持和争取种族平等、消费者权益、工会权利和言论自由的活动。但是，原子能委员会的起诉信中还有一项与“希瓦利埃事件”一样棘手的指控：“1942—1945年，据称共产党的多位官员，包括加州阿拉梅达县共产党专业人士分部的组织者汉娜·彼得斯、阿拉梅达县共产党书记贝尔纳黛特·多伊尔，还有史蒂夫·纳尔逊、戴维·阿德尔森、保罗·平斯基、杰克·曼利和卡特里纳·桑多，都曾声明你当时是共产党员，而且那时你不能在党内公开活动；共产党不仅从通讯录中删除了你的名字，而且不会以任何形式提及你的名字；在此期间，你同共产党员讨论过原子弹问题；1945年之前的几年，你就曾告诉史蒂夫·纳尔逊，陆军正在研制原子弹。”
这些指控的细节究竟是谁提供的呢？这些人并没有和当局交谈过。在被非美活动调查委员会传唤时，纳尔逊等人一直拒绝透露别人的身份。很明显，这些指控都来自联邦调查局的非法监听录音，这些录音的内容就在听证会委员桌上的黑色文件夹里。法庭不会允许采信这样的证据，但是在格雷领导的听证会“调查”中，这些未经核实的录音内容被堂而皇之地作为呈堂证供。3位听证会委员都看过联邦调查局对10年前这些对话的摘要，但是奥本海默的律师无权查看这些资料，因此也无法质疑其内容。
加里森和马克斯应该已经意识到，就目前的情况来看，他们很难反驳起诉书中关于秘密加入共产党的指控。奥本海默否认了这些指控，他写道：“你们在信中说，1942—1945年，那些据称是共产党官员的人说我是秘密共产党员。我不知道这些人到底说了些什么。我能确定的是，我从来都没加入过共产党，无论是秘密地还是公开地。甚至连信中提到的一些人的名字对我来说都很陌生，比如杰克·曼利和卡特里纳·桑多。虽然我听说过贝尔纳黛特·多伊尔这个名字，但是我好像没有见过她本人。平斯基和阿德尔森，我最多也只是偶尔见过……”在正式的法庭上，原子能委员会提出的这种证据都会不予采纳，它们会被驳斥为多重传闻——第三方复述从别人那里听到的有关被告的情况。但在这次所谓的“调查”中，听证会的审查人员始终认为联邦调查局监听的都是消息灵通的共产党员，所以他们称奥本海默是自己人的说法应该可信。
为了对奥本海默更加不利，这些文件夹里的一些信息甚至被篡改过。一项关键指控来自联邦调查局的两名线人——迪克森和西尔维娅·希尔，他们打入了共产党在加州蒙特克莱的党支部。1945年11月，希尔夫妇走进了联邦调查局旧金山办公室，举报他们在广岛原子弹爆炸后不久参加的一次共产党会议。西尔维娅·希尔说，她听到共产党官员杰克·曼利称奥本海默是“自己人”。然而，希尔太太接着说，在她看来，曼利关于奥本海默的说法不一定意味着此人是正式的共产党员。她回想她当时的印象是，此人可能不是一个真正的共产党员，他只是赞同共产党的理念。根据这一说法，西尔维娅·希尔的消息并不支持原子能委员会的指控，即有人无意中听到别的共产党员称奥本海默是共产党员。但当联邦调查局在奥本海默的档案摘要中选取西尔维娅·希尔的消息时，这种细微的差异被隐去了。于是，道听途说被升级为切实的“污点”信息。
在宣读了指控信和奥本海默的答复后，听证委员会主席格雷问奥本海默是否愿意“在本次听证中宣誓作证”，奥本海默表示愿意后，格雷执行了标准的宣誓程序，奥本海默宣誓遵守法庭要求，只陈述事实，绝无虚言。随后调查正式开始，奥本海默坐到了证人席，当天下午他的辩护律师对他进行了温和的询问。
第二天早上，也就是1954年4月13日周二，《纽约时报》在头版刊登了詹姆斯·赖斯顿撰写的独家报道。标题是：
奥本海默博士未通过安全审查被原子能委员会停职；科学家为不良记录辩护；核专家被禁止接触机密数据——据称与共产党有牵连
该报全文刊登了尼科尔斯的指控信和奥本海默的回复。国内外的报纸都登载了赖斯顿的报道，数以百万计的读者第一次了解到奥本海默的政治和个人生活中不为人知的细节。
人们对这则新闻的反应两极分化，自由主义者对这样一位杰出人物会受到这种攻击感到震惊。自由派专栏作家德鲁·皮尔逊在日记中写道：“斯特劳斯和艾森豪
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