都拥有与乔布斯的整合战略相匹敌的资本。可是，索尼为什么失败了呢？其中一个原因在于，像美国在线时代华纳一样，索尼的组织架构也将公司分割成许多不同的分支（这个词本身就带有不祥的暗示），这些分支各自为政，努力实现内部的业绩要求。在这样的公司里，想要推动各分支之间通力合作，实现协同增效的目标，往往难度极大。
乔布斯却没有把苹果分割成多个半自治的机构。相反，他严密管控所有团队，要求他们共同合作，打造一个具有凝聚力和灵活性的公司，整个公司只有一条盈亏底线。蒂姆·库克说：“我们没有划分损益表独立核算的‘分支’，相反，整个公司是统一核算的。”
此外，像许多公司一样，索尼担心内部会出现“自相残杀”的问题。如果公司推出音乐播放器和线上音乐商店，方便消费者分享数字歌曲，则可能会影响唱片部门的业务。而乔布斯的企业经营原则之一是，永远不要害怕吞食自己的既有业务。他说：“即使你自己不吃，别人也会去吃。”因此，即使iPhone可能会影响iPod的市场，或iPad可能会蚕食苹果笔记本电脑的销售，乔布斯依然坚持推陈出新。
2003年7月，索尼任命资深音乐人杰·萨米特（Jay Samit）为公司打造类似iTunes的音乐服务网站，网站取名为“索尼连接”（Sony Connect）。“索尼连接”的模式是在线上销售歌曲，这些歌曲可以在索尼的便携式音乐设备上播放。《纽约时报》报道称：“此举明显是为了整合索尼的内部资源，把电子产品和影音内容部门联合起来，但这并没有终结各分支之间的相互倾轧。许多人认为，作为随身听的发明者和便携式音频市场的最大玩家，索尼之所以被苹果打得溃不成军，就是因为存在内部斗争。”“索尼连接”于2004年5月上市，但只存活了3年。
微软愿意将Windows Media软件和数字版权格式授权给其他公司，就像他们在20世纪80年代将Windows操作系统对外授权一样。而乔布斯却没有把苹果的FairPlay授权给其他设备制造商，FairPlay只能在iPod上运行。他也不允许iPod播放其他在线商店销售的歌曲。多位专家认为，正如20世纪80年代的电脑大战一样，这将最终导致苹果的市场份额不断流失。哈佛商学院教授克莱顿·克里斯坦森（Clayton Christensen）告诉《连线》杂志：“如果苹果继续坚持这种专属架构，iPod很可能将成为一个小众产品。”克里斯坦森是世界上最有洞察力的商业分析家之一，乔布斯深受他《创新者的窘境》一书的影响，只是克里斯坦森的这一预言并未应验。比尔·盖茨也持同样的观点，他说：“音乐没什么特别的，同样的故事已经在电脑操作系统领域上演了。”
2004年7月，RealNetworks创始人罗伯·格拉瑟（Rob Glaser）试图规避苹果的限制，推出了一项名为Harmony的服务。他曾试图说服乔布斯将苹果的FairPlay格式授权给Harmony，但无功而返。于是，格拉瑟为适应FairPlay进行逆向操作，让iPod可以播放Harmony上售出的歌曲。格拉瑟的策略是让Harmony销售的歌曲可以在任何设备上播放，包括iPod、Zune和Rio。他还发起了一个营销活动，口号就是“选择的自由”。乔布斯勃然大怒，他发了一篇新闻稿，称苹果“对RealNetworks采用黑客行动，违反职业道德入侵iPod深感震惊”。RealNetworks回应的方式是在互联网上发起请愿，呼吁道“嘿，苹果！不要破坏我的iPod”。在接下来的几个月，乔布斯没有再发声。但在10月，他发布了新版的iPod软件，不再支持通过Harmony购买的歌曲。格拉瑟说：“史蒂夫是个独一无二的狠人，你跟他做生意就会知道这一点。”
与此同时，乔布斯及其团队（鲁宾斯坦、法德尔、罗宾、艾夫）不断推出各种新款的iPod，持续扩大苹果的市场领先地位。2004年1月，苹果发布了第一款经过重大改进的新版iPod，叫作iPod Mini。iPod Mini比原来的iPod小了很多，大约只有一张名片大小，容量也变小了，但价格却基本不变。乔布斯曾一度决定叫停这个产品，因为他不明白为什么有人愿意花同样的钱买更少的东西。法德尔说：“他平时不怎么运动，所以他不知道在跑步或健身的时候使用iPod Mini有多方便。事实上，iPod Mini是真正将iPod推向市场主导地位的产品。这款产品一举消灭了来自小型闪存驱动器播放器的竞争。在iPod Mini推出后一年半的时间里，苹果在便携式音乐播放器市场的占有率从31%猛增到74%。”
2005年1月推出的iPod Shuffle甚至更具革命性。乔布斯了解到，iPod上的“随机播放”（Shuffle）功能非常受欢迎——用户喜欢意外之喜，而且懒得不断设置和修改播放列表。一些用户甚至开始着迷于研
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