司起死回生，几乎分文未取，而现在却被刻画成贪婪的首席执行官的代表人物。这篇报道让他看起来像个伪君子，严重伤害了他的形象。他给《财富》杂志的编辑写了一封言辞尖锐的信，强调他的期权实际上“形同废纸”，并提出，既然《财富》杂志说他的期权价值8.72亿美元，他愿意打五折把期权卖给杂志。
与此同时，因为现在持有的期权已经价值全无，乔布斯希望董事会再给他一大笔期权。他坚称，他之所以想要期权，并不是为了发财，而是为了让自己的贡献得到应有的认可——他对董事会是这么说的，可能也是这么告诉自己的。后来，美国证券交易委员会（SEC）对苹果期权问题展开调查，乔布斯在证言中说道：“这跟钱没有太大关系，每个人都想要得到同僚的认可……我当时觉得董事会并没有真正认可我做出的贡献。”他认为，既然苹果的股价已经大大低于他的期权价格，董事会不应该等他自己开口，而应该主动向他提供新的期权。“我认为我的工作做得很好。如果当时董事会主动给我期权，我心里会舒服很多。”
乔布斯钦点的董事会成员自然对乔布斯宠爱有加。2001年8月，董事会决定再给他一笔巨额期权。当时，苹果的股价刚跌破18美元。但问题是，乔布斯很担心自己的形象会因此受损，尤其是在《财富》杂志刊登了那篇报道之后。他表示，除非董事会同时取消他的旧期权，否则他不会接受新期权。但这一做法会在财务上产生不利影响，因为这等于是对旧期权进行重新定价，会影响当期盈利。避免这种“会计变动”问题的唯一方法，就是在新期权被授予后，至少等6个月再取消旧期权。此外，乔布斯也开始就自己能多快拿到新的期权，跟董事会讨价还价。
一直到2001年12月中旬，乔布斯才终于同意接受新的期权，并勇敢等待了6个月才取消了旧期权。但苹果当时的股价（计算了分股影响后）已经上涨了3美元，达到21美元左右。如果新期权的执行价格被设定在21美元的新水平上，每股期权的价值就会减少3美元。因此，苹果的法律顾问南希·海宁（Nancy Heinen）查看了最近的股票价格，帮忙选定了10月某一天18.3美元的股价为基准。她还批准了一套会议记录，据称该记录显示董事会是在10月的这一天批准了期权。而对乔布斯而言，仅期权日期回溯操作的价值就可能高达2000万美元。
乔布斯又一次在分文未赚的情况下遭到了媒体的恶评。苹果的股价不断下跌，到2003年3月，连新期权也都泡汤了，乔布斯索性把期权直接换成了价值7500万美元的股票，这相当于他从1997年回归苹果到2006年持有期结束，每年从苹果获得了830万美元左右的报酬。
这一切本来不会产生太大影响，但在2006年，《华尔街日报》推出了关于期权回溯的系列报道，引发了巨大争议。虽然该报道中并未提及苹果，但苹果董事会还是专门组建了一个三人委员会来开展内部调查，这三个人分别是美国前副总统阿尔·戈尔、谷歌首席执行官埃里克·施密特、曾在IBM和克莱斯勒担任首席财务官的杰里·约克。戈尔回忆说：“我们一开始就决定，如果史蒂夫有错，我们一定会秉公处理。”委员会发现乔布斯和其他高管存在一些违规行为，并立即将调查结果提交给了美国证券交易委员会。报告称，乔布斯对期权回溯行为是知情的，但他自始至终未从中获得经济利益。（迪士尼的一个董事委员会也发现，在乔布斯管理下的皮克斯公司也发生过类似的期权回溯行为。）
回溯操作的相关法规相当模糊，而且苹果的确没有人从这些可疑的授予日期中获益。美国证券交易委员会花了8个月调查此事，于2007年4月宣布不对苹果提起诉讼，“部分原因是苹果在本委员会的调查过程中，提供了迅速、全面、出色的合作，进行了及时快速的自我报告”。尽管美国证券交易委员会发现乔布斯事先知道回溯操作的情况，但最终认定他并无任何不当行为，因为他“并不了解此事会造成的会计影响”。
不过，美国证券交易委员会对当时担任董事的苹果前首席财务官弗雷德·安德森和法律顾问南希·海宁提起了投诉。安德森是一名退役的空军上尉，下巴方方正正，为人极度正直，他在苹果有一种睿智而沉稳的影响力，以能控制住乔布斯的脾气而闻名。他因另一批期权的文书工作（与乔布斯的期权无关）被美国证券交易委员会认定为负有所谓的“失职”责任，但证券交易委员会仍然允许他继续在苹果公司董事会任职。不过，他最终还是从苹果董事会辞职了。
安德森认为自己被当成了替罪羊。在与美国证券交易委员会达成和解时，他的律师发表了一份声明，将部分责任归咎于乔布斯。声明中说，安德森曾“提醒乔布斯先生，高管团队的期权必须以董事会实际批准当日的价格为执行价格，否则可能会带来会计费用”，而乔布斯却回答说“董事会事先批准了”。
海宁最初对于针对她的指控予以反驳，但最终也以和解收场。她支付了220万美元的罚款，而没有承认或否认任何不当行为。同样，
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