之专业，殊不足以尽太炎”。“或又以经学称之，太炎论经学，仅谓六经皆史，说经所以存古，非所以适今。”因此，“今论太炎学之精神，其在史学乎”。
钱穆认为，章太炎的史学主要有“民族主义之史学”“平民主义之史学”“文化主义之史学”三层意涵。而这三层意涵加在一起，则是对于民族文化的热爱。在这个意义上，章太炎的史学既非简单延续清代汉学的路数，又与晚清以来占主流地位的史学思潮迥然有别。此外，钱穆指出，章太炎的史学之所以呈现出这样的特征，是缘于他的史论与政论紧密相连，“论史亦每与世事相发，而论政俗尤深切”。而章太炎之于政治，并不仅从政治制度与政治思想方面展开思考，他尤为重视社会文化对政治的影响，所以十分关注社会道德与民间风俗，期待学术不仅能传承文化，还能化民成俗。因此，他对于五朝学术与程朱理学都有不同于时流的评价。可以说，钱穆对章太炎学术思想的总结是颇为到位的。
最后，评价章太炎，不能不涉及他长期的论敌康有为。钱穆这样评价康章：
当其时，与为论敌相抗衡者，有南海康氏。康极恢奇，而太炎则守平实。故康欲上攀孔子为教主，称长素；而太炎所慕则在晚明遗老，有意乎亭林之为人，而号太炎。然康主保王，太炎则力呼革命。康唱为变法，太炎又谆谆期循俗焉。太炎之于政治，其论常夷常退；其于民族文化，师教身修，则其论常峻常激。然亦不偏尊一家，轻立门户，盖平实而能博大，不为放言高论，而能真为民族文化爱好者，诚近世一人而已矣。
很明显，对于章太炎与康有为，钱穆是偏向于章太炎的，给予他比较高的评价，称他为“近世一人而已”。而对康有为则颇有指摘，这也与他在《中国近三百年学术史》中用不少篇幅批评以康有为为代表的晚清今文经学相一致。不过钱穆到了晚年，出于对中国近代史上反传统之风的反感，认为章太炎实乃开启洪水闸门的代表，遂对他进行新的批评，声称章太炎“为祸之烈，恐当尤驾乎其所深恶的后起新文化运动之上”。对于章太炎的学术代表作《国故论衡》，钱穆认为：“太炎此书，实即是一种新文化运动，惟与此下之新文化运动之一意西化有不同而已。”而关于章太炎的历史定位，钱穆说：“当清末民初之际，学者菲薄传统，竞求一变以为快，太炎与南海康氏，其表率也。”这一观点，与他在《余杭章氏学别记》中所言截然相反。
如果说钱穆是作为“旁观者”来评价章太炎的话，那么在章太炎诸多弟子当中，对于师说有较为深刻评价者，当属先问学于廖平，后赴苏州拜章太炎为师的蜀学后劲李源澄。章太炎去世后，李源澄应《中央评论》之邀，发表了《章太炎先生学术述要》一文，较为全面地评价师说。他自言：“澄尝读其书而问业其人，谨愿以管窥蠡测之见，供之读者，或于认识先生，不无涓埃之助欤。”这一方面显示出因为他对章太炎比较了解，所以可以深入分析后者的学术；另一方面其实也在表明这篇文章中的章太炎学术形象，很大程度上是从自己的学术立场出发所进行的评述。例如他如是刻画章太炎晚年的形象：“涵养益深，终日不见喜怒。接其人如汪洋浩海，不测其畔岸。如霁月光风，使人陶醉而不觉其所以然，浑然与万物同体。心量之广大如是。与壮年富贵不淫，贫贱不移，威武不屈，视死生如昼夜之先生，不知者几疑其为二人。”毋庸多言，这种关于其待人接物细节的叙述，非时常接近章太炎者所不能为。
在李源澄看来，章太炎治学最为明显的特征便是所涉及面非常之广。“先生一身，可化若干学者。先生实合若干学者为一身，而又能血脉贯通，如手足头目之息息相关。”之所以有这般成就，是因为章太炎的学术与他的个人经历融为一体，即“先生之学与人，不能离开，学问心境，互为增益。”因此，体现出“独往独来，绝所依傍”的学术气象。因此，将章太炎的治学主旨和他强烈的现实关怀合而观之，是李源澄评价其学术的基本视角。也正因为如此，李源澄认为章太炎的学术已与清代汉学有不小的差异。他指出：“先生治学与清儒异者，厥为时代所造成。因念念不忘光复，于是旁求政术，而遍览群史。绎颂玄言，以增其理趣。故读书不忘经国。纯守清儒矩度者，仅少年时期。晚年虽不与闻政事，而对于民族兴亡，政治得失之际，未尝去怀。所谓烈士暮年，壮心未已者也。”可见，在李源澄看来，想要理解章太炎的学术，不能脱离对近代中国政治变革的考察。或者说，正是由于终其一生都未能忘情于政治，章太炎的学术才体现出所涉范围极广、观点洞见颇多的特征。因此，对于太炎之学，固然可以放到清代以来的学术流变中去理解，但更需要关注到清末以降的政治形势对他的巨大影响。
基于此，出于亲炙教诲之便，李源澄特别着重分析章太炎晚年的学术特点：
先生每分学问为二节。一曰，修己治人之学，二曰，超人之学。先生平日教人者，则修己治人之学也。此二者本难融合，先生晚年一切放下，其执著而不舍者，厥惟三事。一曰，关系民族之存亡者。二曰，关系世道之隆污者。三曰
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