据刘文典回忆，武昌起义爆发后，“记得有一天下午，章先生正在拿佛学印证《庄子》，忽然听见巷子里卖号外，有一位同学买来一看，正是武昌起义的消息，大家喜欢得直跳起来。从那天起，先生学生天天聚会，但是不再谈《说文》《庄子》，只谈怎样革命了”。面对革命之后变幻莫测的时局，章太炎难以再静下心来著书讲学，而是积极参与到建设新政权的一系列活动之中。1911年底，章太炎从日本启程回国。据日本密探报道，章太炎于回国前夕曾积极从事购买步枪五万支、子弹数百万发的活动。在回国途中，章太炎与日本人谈及革命之后中国的政治局面，提到“同志中颇有洋洋自得者，以为今日天下尽在吾党掌控之中，实则大谬也。今日吾党人惟有惕励加勉，不可再存侥幸投机之心。宜众志成城，全力以赴国事。如其不然，恐万劫不复。今日者，正是吾人发愤之秋也”。可见，他已经意识到在复杂而严峻的内外形势下，新政权的建设不会一帆风顺。
章太炎回到国内不久，革命党的喉舌之一《民立报》发表社论：“章太炎，中国近代之大文豪，而亦革命家之巨子也。正气不灭，发为国光，文字成功日，全球革命潮，呜呼盛已。一国之亡，不亡于爱国男儿，文人学士之心，以发挥大义，存系统于书简，则其国必有光复之一日，故英雄可间世而有，文豪不可间世而无，留残碑于荒野，存正朔于空山，祖国得有今日，文豪之力也。今章太炎已回国返沪矣，记者谨述数语以表欢迎之忱，惟望我同胞奉之为新中国之卢骚。”章太炎自1906年以后反对简单地用西方政治思想解释中国问题，所以称他为中国的卢梭，很可能并不会让他觉得多么自豪。但也由此可见，人们给予章太炎极高赞誉，并希望他对新政权建设提出真知灼见。而据嵇文甫回忆，辛亥革命爆发时，他正在河南上学，当时就听闻有人认为“章炳麟才比周公”。从这一比喻也可窥见章太炎在时人眼中的地位。
武昌起义之后，除了中国南北双方展开或明或暗的政治博弈，东西列强也在注视着中国政局的变化，或是希望保证在华利益不受损害，或是企图趁火打劫，扩大在华势力范围。在北方手握重兵的袁世凯固然在不停地通过各种渠道向列强寻求支持，孙中山在从美国回国途中也进行了许多外交活动，希望西方列强能够承认新政权，并给予新政权经济上的支持。1912年1月，孙中山发表《对外宣言书》，其中提到：“凡革命以前所有满政府与各国缔结之条约，民国均认为有效。”“革命以前，满政府所借之外债及所承认之赔款，民国亦承认偿还之责，不变更其条件。”这种妥协的态度不但使革命党长期宣传的三民主义中的民族主义大打折扣，而且让新政权刚建立就面临遭受列强操控的危险，因为签订贷款、索取赔款、利用不平等条约，正是列强控制清政府的常用手段。英国汇丰银行的负责人希利尔就明确告诉时任财政总长的周学熙：“我欧洲各国之外交政策之对于中国，有二种意思：既不愿中国为野心之国所吞并，亦不愿中国有异常之发达，以二者皆足以破列强之均势也。自中国共和告成，我欧洲各国未尝不有戒心，深恐中国能力发展，扩充国权。”
在此背景下，对于新政权的建设问题，章太炎着重思考的是如何能在列强环伺的危局之下维护中国主权与领土完整，让中国具有名副其实的独立地位。因此，在刚回到国内时，他将自己定位为“调人”，致力于“联合之谋”，即协调各派政治力量之间的关系，尽可能地让他们都能以国事为重，团结共事。基于这样的立场，他认为革命党，特别是同盟会，应消除革命时期较为封闭的、圈子化的小团体特征，开诚布公地接纳其他政治力量，共同建设新政权。所以他公开主张“革命军起，革命党消，天下为公，乃克有济”。
同样是基于这样的考虑，1911年11月，章太炎与程德全发起成立“中华民国联合会”，其主旨即为联络各方，共谋统一、巩固新政权之道：
然当困居专制政体之下，其功在于破坏；而在今日已脱离旧政府之羁绊，所重尤在建设。虽起义之初，事变仓卒（仓促），但能各自为计，粗维秩序，省、府、州、县不尽联合，势固其所。一旦大局粗定，即不可不速谋建设统一之机关。倘或划分界限，各竞权利，纷扰错杂，无有纪极，不独内政、外交无统一之办法，势必分崩离析，一变而为东周、晋、唐之末造，重醸割据之乱，致招瓜分之惨，此后危险将有不可胜言者。
在他看来，中国疆域广阔，人口众多，各地之间交通很不便利，这极易造成不同地域之间的隔阂。加之辛亥革命本由各省独立而成，如无促进统一与联合的政策，势必加重已现苗头的割据之势，不利于集中力量巩固政权、抵御外侮。在此情形下，他建议武昌起义后被推举为领袖的黎元洪注意到列强之间“处分支那，已在商议”，在施政方针上应以“国土之保全为重，民权之发达为轻”。
1912年初，章太炎又参与了将中华民国联合会改组为统一党。之所以用“统一”为名，章太炎解释：“‘统一’二字，若当国势巩固之后，本无庸说，现在则不得不有所需求。以
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