中国此时南北尚未和合，外藩尚未亲附，政权兵权尚未集中，故宜标示此义。”关于统一党的政治纲领，他强调：“伸张国权为吾党唯一之政见。吾党之监督政府者，监督其丧失国家权利耳。辅助政府者，辅助其勿再丧失权利耳。已丧失之权利，吾党希望其恢复而已。恢复权利，全赖有强有力之政府，吾党亦但尽其辅助之力而已。”也正因为这样，当他听闻孙中山等人打算以汉冶萍公司改为中日合办为条件，向日本政府借款来解决临时政府财政危机的消息时，就致信孙中山，批评他不应该无视汉冶萍公司对于中国工业发展的重要性，也不应该不经集体讨论，仅凭与一二亲信商于密室，就决定将公司卖给日本人。他指出：“斯乃秘密结社时之所行，而不可用之于抚世长民之日也。”此外，他还反对革命党人将新政权首都定在南京，因为这不利于稳定北方边疆。
章太炎批评孙中山、主张“革命党消”，一方面和他对1909年前后革命党那场内讧记忆犹新，看不惯孙中山等人将与自己意见不一样的革命同志视若仇敌有关；另一方面与他目睹辛亥革命之后革命党新的自相残杀有关。在上海光复的过程中，光复会组织的光复军起到不小的作用。但沪军政府成立后，却由陈其美担任都督，陈氏颇为忌惮陶成章，欲除之而后快。作为前者的小跟班，蒋介石明白陈其美的盘算，于是亲自去刺杀陶成章。陶氏之死让章太炎对同盟会越发失望。他给孙中山写信，劝他不应搞小团体主义，要摒除秘密会党习气，以仁恕之心对待革命同志。他劝告后者，同盟会与光复会之间“纵令一二首领，政见稍殊，胥附群伦，岂应自相残贼”。这只会让“挟私复怨者，得借是以为名”。当然，章太炎的这番言说，自然很难得到孙中山周围人的理解。戴季陶斥责章太炎“牺牲中华民国全国之国民，甘心为袁世凯作走狗”。其言论“变本加厉，竟不惜以向日民党之主张，置诸脑后，另换一副面具，主张专制，排斥民党”。他甚至声称：“直可认为著《訄书》之章炳麟，已与邹味丹同死，其至于今日存在者，并非章炳麟，特禽兽而冠人名者耳。”
在政治主张上，不少革命党人标榜自己致力于“民权”，以此区别于其他强调“国权”的政治派别。其实章太炎并不反对民权，他在清末的一系列政论里就反复探索如何在中国建立名副其实的民权。在他那里，民权与国权并非截然对立之物，国权巩固了，民权才有实践的可能。若中国亡于列强，民众沦为亡国奴，民权又从何谈起。因此，在施政方针上，章太炎有自己的思考。在《大共和日报》的“发刊辞”中，他建议：
民主立宪、君主立宪、君主专制，此为政体高下之分，而非政事美恶之别。专制非无良规，共和非无秕政。我中华国民所望于共和者，在元首不世及，人民无贵贱，然后陈大汉之豈弟（凯弟），荡亡清之毒蜇，因地制宜，不尚虚美，非欲尽效法兰西、美利加之治也。
辛亥革命之后，不少政治与文化精英都很关心如何建设共和政府，但关于中国未来的诸多重要问题，大多数参与者却没有一个十分清晰的答案。总体来看，在许多关键问题上，大多数政治人物不是从中国社会的基本现实与基本矛盾出发，而是向各种域外学说讨求答案，比如总统制、共和制、联邦制、邦联制之争。许多人对于中国问题的意见分歧除了现实的利益诉求各异，很大程度上还因为他们各自汲取了不同的西学资源，并且这种汲取在深度、广度与准确度上都十分有限。而在章太炎看来，新政权的政治合法性除了建立在革命党一直以来强调的推翻“异族”统治上，还建立在“元首不世及”与“人民无贵贱”二者之上，前者体现对帝制的扬弃，后者则体现民众地位因新政权而改变，过去由职业身份、政治特权与民族差异造成的不平等将不复存在。他希望新政权能“因地制宜，不尚虚美”，聚焦于“政事”之美恶，而非抽象地追寻“政体”之高下。章太炎回溯历史，认为一种政治制度起源于特定的历史环境之下。君主立宪肇始于英国，然后其他国家起而效仿，但“形式虽同，中坚自异”。近代的民主政体为美国、法国所首创，中国虽然师法其基本形式，废除帝制，但在具体建制方面，“当继起为第三种，宁能一意刻画，施不可行之术于域中”。因此他声称：“政治、法律，皆依习惯而成，是以圣人辅万物之自然而不敢为，其要在去甚、去奢、去泰。若横取他国已行之法，强施此土，斯非大愚不灵者弗为。”总之，必须从中国自身的现状出发思考政权建设问题，这是做到“巩固国权”的重要前提。
进一步而言，依章太炎之见，欲收“巩固国权”之效，在具体政策的制定与实施方面更应立足于充分了解中国的现状，然后在此基础上进行政治治理。在发表于1912年1月的《先综核后统一论》里，章太炎指出新政权是建立在武昌起义之后各省通电宣告独立，然后再推举代表商议建国事项之上的，所以统一的基础并不稳固。他警告新政府：
以电报统一易能也，惟实际统一为难。不先检方域之殊，习惯之异，而豫拟一法以为型模，浮文犷令，于以传电有余；强而遵之，则龃龉不适；不幸不遵，则号令
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