究，这才引起张之洞的注意。可见，张之洞之所以招揽章太炎入幕，很可能是想让章太炎发挥其在经学上的才华。在赴武昌之前，章太炎一度还想结识另一位清廷要员李鸿章。他给李鸿章写了一封长信，大谈自己的外交主张，可当时李鸿章因甲午之战失利而受冷落，不会有什么兴趣与这位天真而执着的青年儒生讨论如何办外交，因此章太炎的这封信也就没了下文。
章太炎来到武昌之后，为由张之洞幕僚们创办的《正学报》撰写了一篇“缘起”。不过他很快就与以梁鼎芬为代表的张之洞幕府中人产生不和，其原因还是在于如何评价康梁师徒的变法运动。章太炎坚持认为应将学术分歧与变法运动分开对待，关于前者，他确实与康有为等人极不相契，但在后一个问题上，他们之间是有共识的，因此章太炎反对梁鼎芬等人诋毁变法运动。这一段武昌之行让章太炎十分失望，以至于在后来的岁月里，每当他回忆起与张之洞等人的交往，常从各方面给予后者不高的评价，例如认为张之洞学术水平极为有限，仅能做一些普及性质的工作；张之洞办洋务喜欢弄华而不实的表面文章，湖北创办的新式学校很容易让学子养成浮华嗜利之风。
离开张之洞幕府后，章太炎重回上海，任职于《昌言报》。其间他主要从事的工作是与曾国藩的孙子曾广铨合译了近代英国学者斯宾塞的文集，具体分工是曾广铨摘编并译成初稿，章太炎笔述润色。作为主张社会演化论、社会有机体论与社会达尔文主义的代表人物，斯宾塞认为在社会演化过程中应奉行“最适者生存”原则，反对国家采取政治与经济政策救济穷人、遏制贫富差距。相似地，他还反对通过国家力量来推行国民教育，反对限制个人私有财产的膨胀。在政治生活中，国家只能作为类似“守夜人”的角色而存在。所谓“社会有机体”，主要指的是社会各个组成部分之间要有良好分工，某一部分不能干预另一部分，当每个组成部分都能有效运转时，整个社会自然就能维持正常秩序，其直接诉求依然是借此来强调国家职能的限度。
在19世纪的美国，斯宾塞的学说深受坐拥巨富的资本家喜爱。他们认为斯宾塞主张的社会达尔文主义正好印证了他们为何能获取巨额财富，百万富翁正是优胜劣汰的产物，彼辈理所应当成为人生赢家，那些不适合在社会上生存的穷人则需接受被淘汰的命运。就此而言，想要运用国家力量来限制财产、周济穷人，是违反社会演化规律的，有的人之所以贫困，是因为他不具备在社会上生存的能力，那么就应该让其被自然淘汰掉。在此情形下，美国版的斯宾塞学说沾满了大资产阶级的铜臭气。
而章太炎等人之所以要翻译斯宾塞的著作，自然不是为了让中国也出现类似美国大资本家式的人物，而是因为他们受到严复影响。严复在发表于1895年的《原强》一文里介绍过斯宾塞的学说，使后者初次在近代中国历史舞台亮相就和救亡图存、自立自强等观念结合在一起。斯宾塞的社会有机体论经常被中国士人拿来论证“合群保种”的重要性。与之相应，不少中国士人认为斯宾塞的学说有助于唤醒国人的救亡之念，有助于让人们明晰社会演进规律，认识中国所处的时代环境。
当然，章太炎在戊戌年间的“合群保种”之梦，随着1898年政变的发生而彻底破灭。1898年下半年，为了躲避清政府对维新人士的追捕，在《亚东时报》的负责人山根立庵、安藤阳州等人协助下，章太炎东渡台湾，首次体验身为政治流亡者的滋味。