1898年12月,章太炎抵达台北。1894年甲午战争中国战败,台湾被割让给日本。1896年,时任台湾总督的桦山资纪将“六三法”作为很长一段时间里日本侵占台湾的“基本法”。该法律依据委任立法制度,将管理台湾的大权交予总督,总督可以不受日本法律的限制,不受日本帝国议会的监督,除了军政与军令,还掌握行政、立法、司法、财政等权力,并可根据台湾的特殊情况颁布各种严刑峻法,镇压台湾民众的抵抗运动。1898年,身为日本陆军中将的儿玉源太郎出任台湾总督,后藤新平任民政长官。后藤根据所谓“生物学”理论,认为需要细化日本对台湾的侵占。他不求迅速改变台湾民众的风俗习惯,而是主张要利用台湾民众的“劣根性”来进行有针对性的统治,特别是在高压统治之余,还需施以小惠,造成台湾民众内部的分裂。与此同时,儿玉源太郎与后藤新平加强台湾的警察力量,增添警察人数,让警察直接参与行政管理,将警察与保甲制度相结合,密切监视台湾社会,捕杀抗日人士,造成台湾近代史上十分恶劣的“警察政治”时代。
虽然日本侵略者此时在台湾推行高压统治,但对于章太炎这样来自大陆的青年名士,他们还是打算笼络的,希图借此彰显日本侵略者对中国传统文化的重视,可以在台湾本地读书人群体中收买人心。章太炎抵台后不久就被聘至《台湾日日新报》,为该报撰写文章。对于日本侵略台湾的政策与意图,章太炎一时间似乎还不能详细辨明。或许是出于对清政府镇压变法运动的不满,他一度对日本的侵略统治产生某种幻觉。他还设想中国能与日本结为同盟,然后大力经营长江流域,抵御沙皇俄国侵略中国北方的野心。1899年1月,儿玉源太郎赠送给章太炎一幅《帝国名胜图》,章太炎特意赋诗一首来答谢。同样在该年1月,章太炎致信汪康年,谈及自己的在台见闻,认为在这里有几位日本学者与自己相谈甚欢,其中以馆森鸿最为相契。
馆森鸿对中国儒家典籍颇为熟悉,并且推崇清代汉学,尤为敬重被视为清代汉学开山之一的顾炎武,同时还很钦佩戴震,这与章太炎的学术立场十分相似。在文教水平还不是很高的台湾能遇见与自己畅谈学问之人,章太炎自然深感快意,于是与馆森鸿订交,在一起讨论中国传统学术。由于馆森鸿曾编撰日本明治维新时期著名人物的传记,而章太炎则刚刚经历一场以失败告终的“革政”,因此他感到与馆森鸿有不少共同语言。也正是通过馆森鸿,章太炎开始对日本近代汉学有了初步认识。后来馆森鸿整理日本汉学家照井泉都遗著,章太炎特意为其撰写序文。在章太炎看来,照井氏“礼乐、汤武、封建诸论,矩则荀子,最为闳深,以是洞通古义,而挹注九家,以说《庄子》,以训《四书》,不易其轨。盖自嬴吕以至于今,有照井全都,然后荀子由孽于东海”。“当西汉之朔,传荀学者,独伏、贾、董、韩诸明哲耳。其后若没若灭,陵夷至于宋明耗矣。日本之有文字,昉于应神,而当晋太康,是时荀学则已失其纲纪。全都生千四百纪以后,独能高厉长驾,引其微论,钓既沉之九鼎,而出之绝渊,其学术虽在伏、贾、董、韩间,其功则隃远矣。”因此称赞照井泉都“抗希大儒,仔肩绝学,信秦汉后一人哉”。在与俞樾的信中,他亦言:“麟宗旨所在,以荀代孟,震旦儒人,鲜合兹契。惟日本照井全都箸汤武、礼乐诸论,独楬橥荀学,尊以继孔,玄照神契,独符鄙怀。”由于学术旨趣相近,章太炎一度认为照井氏与自己颇似异代知音。
章太炎虽然身在台湾,但依然心系大陆,尤其是对戊戌变法的失败难以释怀。他撰文追思被清政府杀害的六君子;抨击慈禧为了一己之私利而断送改革前途;嘲讽张之洞政变前极力拉拢维新派,政变后却公开主张要对维新派“除恶务尽”;辨析康有为并非不忠之人,他公布光绪皇帝的所谓“密诏”,无悖于为臣之道。他还给康有为写了一封信,并分别写诗寄予流亡海外的康梁师徒,向他们表达自己的关心之意,希望他们能够继续有所作为。对于章太炎的来函,康有为给他写了回信,感谢后者能在此刻坚持正义,支持变法运动,同时希望他不要常居台湾,而应同赴海外,共图良策。在信中,康有为甚至称章太炎为“豪杰”“同志”。章太炎收到信后专门撰文一篇,强调自己与康有为“论学虽殊,而行谊政术自合也”。还十分客气地说自己“与工部(康有为)论辩者,特《左氏》《公羊》门户师法之间耳,至于黜周王鲁,改制革命,则亦未尝少异也”。
虽说如此,但章太炎在其他文章里却不愿如此含混地看待自己与康有为之间的学术分歧。1899年,他发表了《今古文辨义》一文,较为系统地回应与批评了康有为的经学主张。或许是为了给康有为留些余地,他在文中并未点出康有为的名字,而是将批评对象换成了四川大儒廖平,因为在当时的士人圈里,时常盛传康有为的学术观点是因袭廖平而来,而且从表面上看,康有为与廖平之间确有不少相似之处。在这篇文章里,章太炎从经学家法、学术流变、古史记载等角度出发,批评廖平(其实是康有为)的经学观点,认为其中有不少穿凿附会之
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