1890年，章太炎23岁。这一年年初，章濬去世。章濬在生前曾立过家训，其中提到：“妄自卑贱，足恭谄笑，为人类中最庸下者。吾自受业亲教师外，未尝拜谒他人门墙。”其意就是告诫后代不要成为热衷于钻营奔竞之徒。此外，他还说：“精研经训，博通史书，学有成就，乃称名士。徒工词章，尚不足数，况书画之末乎？”认为只有致力于经史之学才能称得上学有所成，而不能仅以善于写诗文顾盼自雄。最后，他提及自己曾在当时由著名学者俞樾担任山长的杭州诂经精舍当“监院”。所谓“监院”，其工作主要为负责书院日常庶务，协调书院主政官、山长和生徒之间的关系。在整个书院的运作体系里，这一职位颇为重要。某种程度上，章濬就是在提醒章太炎要去向俞樾拜师求学。
也正是在这一年，章太炎入诂经精舍学习。他的入学过程其实颇有一番曲折。在晚年向弟子诸祖耿口述治学经历时，他提到自己“入诂经精舍，陈说者再，先生（俞樾）率未许”。后来俞樾提了几个关于古代典籍名物制度的问题测试章太炎，后者应答如流，俞樾感到很满意，才答应章太炎入学受教。之所以会有这样一个过程，是因为诂经精舍对于学子学术积累的水平要求极高，因此常从在学之廪生、增生、附生，或者具有正途出身的人当中选拔。而章太炎很早就无意于科举，没有任何功名，因此在报名入学时就会遭到一些质疑，这才需要俞樾来亲自面试考核，决定是否允许他成为书院生徒。
1800年，时任浙江巡抚的清代汉学名家阮元在杭州设立诂经精舍。他创办书院的宗旨是表彰正学，示范门径，重视经解训诂，引导士人从事与乾嘉汉学传统不背离的经学研究，以此端正学风，树立典范。及至晚清，诂经精舍名扬学林，离不开俞樾的主持。自从咸丰年间被从河南学政任上罢免之后，俞樾就绝意仕途，一心治学。他宗尚高邮王氏父子之学，强调：“本朝经学之盛，自汉以来未之有也。余幸生诸老先生之后，与闻绪论，粗识门户，尝试以为，治经之道大要有三：正句读、审字义、通古文假借。得此三者以治经，则思过半矣。”他所撰写的《群经平议》《诸子平议》《古书疑义举例》等著作，发扬乾嘉汉学的治学之道，在训诂文字、考证典制、辨析古义等方面创获尤多，在当时的学术界影响甚广，奠定了其学术名家的地位。特别是《古书疑义举例》，被誉为“融贯群籍，发蒙百代，足以梯梁来学，悬之日月而不刊”。
1867年，俞樾开始主诂经精舍讲席。关于诂经精舍的治学主旨，他这样说道：
昔阮文达公之抚浙也，悯俗学之苟且，慨古训之失传，爰于西湖孤山之麓，创建诂经精舍，俾两浙之士，挟册负素，讽诵其中。沿流以溯源，因文以见道。而又惧流传既久，失其初意，或且以世俗之学，羼并拾驱，特奉许郑两先生栗主于精舍之堂，用示凯式。使学者知为学之要，在乎研求经义，而不在乎明心见性之空谈，月露风云之浮藻，斯精舍之旧章，文达之雅意也。
他又说：
我浙素称人文渊薮，而书院之设，亦视他省为多。其以场屋应举诗文课士者，则有敷文、崇文、紫阳三书院在。至诂经精舍，则专课经义，即旁及词赋，亦多收古体，不涉时趋。
可见，俞樾强调诂经精舍应致力于继承发扬乾嘉汉学传统，从事实事求是的考据训诂之学，以此发明经义。他提醒生徒，要主动与那些以追求世俗功名为目的的学问保持距离，此外，还要力戒浮华空泛的学风。这一治学旨趣，对章太炎影响极大。
需要注意的是，在刚入诂经精舍学习的几年里，章太炎其实并未常驻书院，而是处于一边应课，一边自修的状态，他主要还是居住在余杭，来杭州仅为暂居。而且俞樾在当时也并不经常在杭州，有的时候甚至数月或数年不至书院，每次来杭居住的时间也不长，所以与书院生徒接触的机会并不是很多。1893年，章太炎致信俞樾，称自己“自逮门下，星历三移，猥以蟠木恒材，得蒙雕饰。而僻居下邑，拥蔽朴愚，未得一侍董帷，亲奉几杖，岂直怅惘，负咎实深”。从中可知，章太炎虽然已经来到诂经精舍三年了，可是却并没有机会亲自拜谒俞樾，这说明章太炎此时与俞樾之间的关系还并不是特别紧密。
但是，虽然章太炎在初入诂经精舍之时还未能和俞樾建立密切的师生关系，但他在诂经精舍学习期间，却得到了其他老师宿儒的指教，比如高学治、黄以周、谭献。在为高学治写的传记里，章太炎回忆自己向他请教治经之道，后者建议章太炎去读陈乔枞的著作，并认为长洲陈奂治学过于“拘牵”。此外，高学治还对章太炎说：“惠、戴以降，朴学之士，炳炳有行列矣。然行义无卓绝可称者，方以程、朱，侻也。视两汉诸经师，坚苦忍形，遁世而不闷者，终莫能逮。夫处陵夷之世，刻志典籍，而操行不衰，常为法式，斯所谓易直弸中，君子也。小子志之！”在为黄以周所撰的传记里，章太炎重点表彰了他对古代礼制的考订与阐述，同时强调黄以周认为礼学不但可以挽救汉学与宋学末流之失，还有助于培植良好的民风政风。在章太炎看来：“清世大人称程
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