、朱者，多曲学结主知，士民弗触，则专重汉师，抑洛、闽。其贤者诚弘毅，知质文之变，而末流依以游声技，愈小苛，违道益远，夷为食客而不知耻。先生博文约礼，躬行君子，独泊然如不与世俗成污者。”可见，高学治和黄以周不仅在治学门径方面给予章太炎极大的启发，更为重要的是，他们二人强调修身的重要性，重视礼制与道德的作用，这深刻影响着章太炎日后的思想主张。比如他十分重视立身行事的诚伪之辨、强调礼制对规范社会伦常的不可替代作用、在进行革命运动之时尤为重视革命者的革命道德，以及在梳理中国历代学术流变时细致辨析理学传统，挖掘其中可被继承之处。当然，黄以周精于史学，其史论于历代典章制度多有发明，这一点也为章太炎所继承。
梁启超说，在清代汉学家的圈子里，“后辈之谒先辈，率以问学书为贽，有著述者则媵以著述。先辈视其可教者，必报书，释其疑滞而奖进之”。谭献在1892年5月与1895年9月的日记里记载收到章太炎寄来的文章，可见章太炎曾主动向谭献请教学问。在《自述学术次第》一文里，章太炎回忆他与谭献的交往：“时乡先生有谭君者，颇从问业。谭君为文，宗法容甫、申耆，虽体势有殊，论则大同。”在《自订年谱》中，章太炎也自言在诂经精舍期间曾向“谭仲仪先生问文辞法度”。除了辞章之学，谭献推崇颜元与章学诚，这或许也对章太炎有所影响，因为章太炎后来在提倡“新史学”时就改造了章学诚的“六经皆史”之论，而他认为颜元谨守礼教、重视实践，堪称荀子之后的又一位大儒。
在诂经精舍学习期间，章太炎撰写了大量的治学札记，比如著名的《膏兰室札记》和《春秋左传读》。前者是他研究先秦典籍（还包括一些后代史书）的笔记汇编，后者收录了他在诂经精舍时期钻研《左传》的笔记。关于清儒重视治学札记的原因，梁启超有过颇为精当的分析：
大抵当时好学之士，每人必置一“札记册子”，每读书有心得则记焉。盖清学祖顾炎武，而炎武精神传于后者在其《日知录》……推原札记之性质，本非著书，不过储著书之资料，然清儒最戒轻率著书，非得有极满意之资料，不肯泐为定本，故往往有终其身在预备资料中者。又当时第一流学者所著书，恒不欲有一字余于己所心得之外。著专书或专篇，其范围必较广泛，则不免于所心得外摭拾冗词以相凑附，此非诸师所乐，故宁以札记体存之而已……训诂学之模范的名著，共推王引之《经传释词》，俞樾《古书疑义举例》。苟一察其内容，即可知其实先有数千条之札记，后乃组织而成书。又不惟专书为然耳，即在札记本身中，其精到者，亦必先之以初稿之札记，例如钱大昕发明古书轻唇音，试读《十驾斋养新录》本条，即知其必先有百数十条之初稿札记，乃能产出。
就此而言，从勤于写札记这一点来看，章太炎在研究方法上充分继承了乾嘉汉学的传统。
从内容上看，《膏兰室札记》主要以考订字义为主，兼及研究古代制度、评价历代史事与学风。从这些札记所涉及的内容上看，除了《诗经》《礼记》《周礼》《仪礼》等儒家典籍，还有先秦诸子的著作，这为章太炎后来重新阐释诸子各派的思想、形成许多前人所未发的观点奠定了扎实的基础。
此外，1896年章太炎致信俞樾：“举世皆谈西学者，无阮仪征、魏邵阳之识，吾道孤矣。漆室悲时，端忧多暇，复取周秦诸子，笼罩西书，除张力臣《瀛海篇》所疏，又得二十许条，匏瓜徒悬，无裨宙合，聊以张汉赤帜，亦俟秋日呈之。”正如其言，在收录在《膏兰室札记》卷三的札记里，章太炎经常援引一些西学著作来作为考订旧籍的参考。虽然在研究方法上，这些内容也正如他所提及的张力臣的《瀛海篇》那样，经常简单地将中国古书里的内容比附西学，以此彰显所谓西学中源，但可见他当时已经有意识地去阅读西学著作，使自己的知识范围不再局限于中国经史典籍。对此，姜义华老师统计：“手稿（《膏兰室札记》的稿本）最后一册，有三四十条之多，引用赫士《天文揭要》、雷侠尔《地学浅释》、韦廉臣《格物探原》等书，借助于它们所介绍进来的天体运动学说、星球演化学说、生物进化学说、分子原子与物质结构学说、光的运动学说、化合与分解学说、地层与考古学说等，否定上帝的存在，否定冥冥在上的天的存在，将人类的形成确定为自然发展的结果。”而可作为这一时期章太炎重视汲取新知之佐证的，就是章太炎在1896年曾经三次参加以重视新学为特点的上海格致书院举办的课艺征文，虽未获奖，但都名列一等。他所参加的这三次课艺征文，主题涉及中外条约、万国公法、西书翻译、修筑东三省铁路、数学、物理学、海关税则等众多方面，他能够应试，说明一直很关心这些新知识、新热点，特别是涉及数学与物理学的问题，他能撰文抒发己见，说明已具备了一定的基础。
据沈瓞民回忆，1895年他与章太炎见面闲谈，发现“太炎言吏治，至三时许，滔滔不绝，真雄才大略也”。可见，章太炎在诂经精舍期间并未因钻研故纸而忽视现实问题。在《膏兰室札
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