岁计），此时他开始较为系统地研读经学与小学。这一年他阅读了唐人的《九经义疏》，顾炎武的《音学五书》，王引之的《经义述闻》，郝懿行的《尔雅义疏》，第二年他又读了《学海堂经解》。可以说，在弱冠之年，他已经开始立志于继承清代乾嘉汉学的传统，力图在考订经籍文字、音韵、制度方面有所建树。而从他能够独自研究清儒论学之作这一点来看，他必然已经对中国主要传统典籍十分熟悉。所以到了1888年，21岁的章太炎已经一面继续阅读经籍，同时旁涉诸子学与史学，一面开始有“著述之志”。此刻，他似乎已是一位初出茅庐的青年汉学家了。
或许是为了凸显自己颇有家学，章太炎在人生不同阶段里几次追忆自己青少年时期的学习经历。除了在撰写于1928年的《自订年谱》中较为详细地梳理自己的学术成长过程，在1898年与李鸿章的信中，他自言：“幼诵六籍，训诂通而已。然于举业，则固绝意不为。年十七，浏览周、秦、汉氏之书，于深山乔木间，冥志覃思，然后学有途径，一以荀子、太史公、刘子政为权度。”1933年，在向弟子诸祖耿自述治学经历时，章太炎说：
余家无多书，年十四五，循俗为场屋之文，非所好也。喜为高论，谓《史》《汉》易及，揣摩入八比，终不似。年十六，当应县试。病未往。任意浏览《史》《汉》，既卒业，知不明训诂，不能治《史》《汉》，乃取《说文解字》段氏注读之。适《尔雅》郝氏义疏初刊成，求得之。二书既遍，已十八岁。读《十三经注疏》，暗记尚不觉苦。毕，读《经义述闻》，始知运用《尔雅》《说文》以说经，时时改文立训，自觉非当。复读学海堂、南菁书院两《经解》皆遍。
在这里，章太炎说自己家里“无多书”，显然是谦辞。和江浙一带的著名藏书家比，章太炎家中的藏书或许并不算多，但要和一般民众相比，甚至和偏远地区的士绅家庭相比，章太炎家已经算是藏书颇丰了。也正因为有这样的藏书基础，他才有可能在读书之初就涉猎清代汉学论著。而在当时那些文教不怎么兴盛的地区，读书人所能见到的书籍种类其实是比较有限的，甚至有时只能读到一些和科举考试相关的书。比如在湖南地区，在曾国藩、左宗棠等人因事功而名扬四海之前，当地的学问主流依然是与科举考试密切相关的性理之学。而在四川，张之洞在1873年担任四川学政之初，发现当地的读书人见识极为有限，有的人终身只会诵读一种经典，并且还没什么心得。更有甚者，当地还流行用道教的内容去解读《大学》《中庸》这两种被列入“四书”之中的经典。而张之洞所设想的改造当地学风方案，就是将章太炎自少年时代起就已经比较熟悉的江浙学术（主要是汉学）引入四川，使那里的士子有机会一窥学术门径。总之，章太炎后来能在思想与学术领域有这样大的成就，一方面固然离不开他从小养成的勤奋治学的习惯，另一方面也和他的家庭背景，包括江浙地区文教兴盛的大环境有关系。
在结束本章叙述之前，还需辨析一个问题。在章太炎对自己早年读书治学活动的追忆中，他经常强调自己从小就受到周围长辈的影响，具有了朴素的基于古典“夷夏之辨”的反清之志。他在《自订年谱》里说朱有虔经常向他讲授明清之际的历史，以及王夫之、顾炎武的学术思想。章太炎当时虽不能完全领会其要旨，但却深受启发。此外，在自己13岁那年，他看到家中书架上有蒋良骐的《东华录》，就取来观看。读到戴名世案与吕留良案的时候，深感不平，于是想起了《春秋》的“尊诸夏，贱夷狄”之旨。他还声称自己无意于举业，也与这样的思想意识有关系。在为章濬所写的传记里，章太炎叙述自己早年就有“夷夏之辨”的观念，章濬对此并不在意。后者还对章太炎等人谈道：“吾家入清已七八世，殁皆用深衣敛。吾虽得职事官，未尝诣吏部。吾即死，不敢违家教，无加清时章服。”这段话的意思就是说，章濬强调自己虽然曾经担任清廷的下层官吏，但章家一直都有不承认清朝合法性的传统，所谓“用深衣敛”，就是显示不忘“故国衣冠”，以此来表达自己坚守“夷夏之辨”。因为在清初，就有不少以明遗民自任的士人坚持拒绝下葬之时穿清朝服饰。相似地，吕思勉回忆，他的家乡常州有一位老人，声称其远祖于明亡时，留下一套明代衣冠，命子孙后代珍藏，待“光复”后再穿出祭拜祖先。
关于这个问题，章太炎在向弟子朱希祖口述少年事迹时有更为翔实的描述：
本师云：余十一二岁时，外祖朱左卿（名有虔，海盐人）授余读经，偶讲蒋氏《东华录》曾静案，外祖谓夷夏之防同于君臣之义。余问前人有谈此语否，外祖曰：“王船山、顾亭林已言之，尤以王氏之言为甚。谓历代亡国，无足轻重；惟南宋之亡，则衣冠文物亦与之俱亡。”余曰：“明亡于清，反不如亡于李闯。”外祖曰：“今不必作此论。若果李闯得明天下，闯虽不善，其子孙未必皆不善。惟今不必作此论耳。”余之革命思想即伏根于此。依外祖之言观之，可见种族革命思想原在汉人心中，惟隐而不显耳。
在这里需要注意的是，朱希祖既是章
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