“二次革命”失败后，孙中山、黄兴等国民党领袖再次流亡海外，而章太炎则选择留在国内，继续和他眼中的恶势力做斗争。此时袁世凯虽然不断巩固权势，但仍需国会作为门面。1913年6月，共和党内部一批少壮派与原民社成员反对共和党加入由梁启超等人主导的、在政治立场上亲近袁世凯的进步党，发表宣言要求保留共和党，并主张与国民党联合，共同在国会里与袁世凯周旋。在此背景下，共和党总部给上海发电报，希望章太炎前往北京主持工作。表面上对章太炎颇为器重的黎元洪也力劝他到北京去观察一下政治风向。章太炎自己则希望那些对袁世凯不满的政治力量能够集中起来，有所作为。他在与李伯中的信中说道：
今欲纠合党会以谋进取，惟取各党中革命人材纠合为一，辅以学士清流，介以良吏善贾，则上不失奋厉之精神，下不失健全之体格，而国事庶有瘳矣。
可见，他虽然目睹了民初政党政治的诸多乱象，但依然希望在各政党与国内精英阶层中找到有道德、有能力、有魄力的人，形成一股政治清流。他之所以有这样的想法，背后的一个重要预设就是不太相信袁世凯敢于冒天下之大不韪，重新恢复帝制。在他看来，袁世凯“帝王思想是其所无，终身总统之念是其所有”。因为自古以来能成为开国帝王的，大多要干出一番丰功伟业，赢得万民拥戴。袁世凯对内排斥异己，对外大肆借款，明显不能满足时人对于中国实现独立富强的热盼，因此，章太炎估计袁世凯不会贸然帝制自为，否则很难获得足够支持。当然，章太炎也意识到不能仅凭宪法条文或政党政治来约束袁世凯，这是宋教仁之死留给人们的深刻教训。他指出：“若不务改选，而沾沾于宪法之改良，彼宪法者，亦适为所利用。至于政党内阁，则无不堕其毂中。”但问题是，在袁世凯手握重兵的情形下，即便在内阁成员与国会名额上有所改变，又能奈袁世凯与北洋系何？这似乎是章太炎并未加以熟虑的。
因此，章太炎此番进京，更多的是用实际行动来表达自己不与袁世凯妥协的态度。他自言：
闻共和党势亦孤穷，然吾人以为中正稳健者，惟此一发，不可不为张目。顷已买航直赴京、津，要与诸志士同处患难，为中夏留一线光明。项城甚欲购拿革命旧人，电已通布，吾辈亦不畏也。
1913年8月，章太炎抵达北京，住在化石桥共和党本部。袁世凯一面派遣巡警严密监视章太炎的举动，一面极力拉拢章太炎，先是让他出任国史馆总裁，后又建议他重新担任总统府顾问，见他都不接受，复请他出面组建意在彰显袁世凯右文尊学的“考文苑”。章太炎出于弘扬中国传统学术的目的，倒是想把“考文苑”建成一个可与世界著名学术机构比肩的地方。但袁世凯之所以提此意见，是因为想借机笼络章太炎，但发现章太炎终究不肯在政治上与自己妥协，他也就不愿意专门拨款，让章太炎主持一个独立于自己的“考文苑”了。
章太炎在北京期间，不但目睹袁世凯为控制中央政府而使尽手段，自己也遭到袁世凯的监控。他感到在政治上恐怕已难有作为，甚至自己的安全也可能受到威胁。他对汤国梨说：“不佞留滞燕都，心如鼎沸，虽杜门寡交，而守视者犹如故，且欲以蜚语中伤。行则速祸，处亦待毙。”他还说：“北方政党情形，气已萧索，国会徒存形式，莫能自主，盖迫于军警之威，救死不暇，何论国事？前所逮捕议员，近闻已枪毙五人，神龙作醢，灵龟刳肠。吁！实吾生所未见也。”这回章太炎彻底明白了，在没有雄厚实力的条件下，无论各个政党之间如何重组联合，都很难与袁世凯及北洋系抗衡。国会里的口舌之争，既不能改变中央政局，也不能唤醒多数民众。他对李伯中坦陈：“若为久远计，凡一政党，非有实业为中坚，即有侠士为后应，无此即不足以自树。非实业则费用不给，而政府得以利用之矣；非侠士则气势不壮，而政府得以威喝之矣。”
面对袁世凯爪牙的监控，章太炎想方设法脱身。他尝试过秘密出走，但在袁世凯的布置下，根本没有逃脱的机会。于是他给军政执法处处长陆建章写信，要求他撤走军警，让自己离开北京。他甚至给陆建章许诺，说自己对于政治已“倦于从事”，决定“与都人士断绝往来”。但深谙政治斗争的袁世凯看到章太炎并没有公开表态支持自己，而且经常在各类场合表达对北洋集团的不满，因此不会轻易让他脱离自己的控制。眼见无法通过正常交涉使自己离开，章太炎决定不顾军警阻拦，强行硬闯。可是袁世凯派去监控章太炎的军警似乎早已料到章太炎会这样做，于是当章太炎想出门时，他们便跪下叩头，软磨硬泡，就是不让章太炎离开。
1914年初，章太炎决定去总统府当面和袁世凯摊牌。这就是鲁迅所说的“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯的包藏祸心者，并世无第二人。”袁世凯自然不愿见章太炎，听他痛骂自己，于是让梁士诒来与章太炎周旋。章太炎怒从中来，把招待室的器物击毁殆尽。到了下午，陆建章伪称要带章太炎去见袁世凯，当章太炎坐上马车后，陆建章遂命军警将章太炎押往石虎胡同军事教
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