练处继续监禁。此消息一经传出，引起众多关注，不少媒体报道此事，并为章太炎的安全担忧。可是经历过一系列政治事件的章太炎明白袁世凯并不想杀害自己，而是希望自己能折服于他，显示自己爱贤惜才。他对汤国梨说：“人生至此，亦焉得不求死地，使彼能以白刃相加，所欣慕也。彼意乃欲絷维之，挫折之，而不令一死，以召谤议，此其可恨者耳。”
为了让章太炎的近况不再被外界关注，袁世凯又命令将他秘密转至龙泉寺监禁。在那里，章太炎开始绝食抗议，并立好遗嘱，以示其志。这一消息不久之后又在北京政学两界传开，章太炎的门生与友人多方奔走，或是劝袁世凯对章太炎略加优容，或是请章太炎颇为信任的黎元洪去缓和章、袁之间的关系，或是劝章太炎不要出此下策。在多人劝慰之下，章太炎开始进食，并住院调养身体。随后，他被迁入钱粮胡同一户民宅里继续监禁。直至袁世凯因称帝失败而丧命，他才重获自由。
在被袁世凯监禁于北京期间，章太炎应门生之邀，给在京的青年学子讲授国学。这是继1908年东京讲学之后，章太炎再一次公开授课。关于这次讲学的缘起与自己的心境，他对汤国梨说：“同人劝以讲学自娱，聊复听之，然亦未尝不招当涂之忌也。”1913年12月第一次开讲后，“到者约百人”。据当时去听讲的金毓黻在日记里的记载，章太炎讲学的内容涉及小学、文学、史学、诸子学，基本是将他在清末的一系列学术观点用比较通俗的方式讲授了一遍。此外，当时同样多次去听讲的顾颉刚在《古史辨》第一册自序里详细记述了自己听章太炎讲学的感受：
民国二年的冬天，太炎先生在化石桥共和党本部开国学会讲学。子水（毛子水）邀我同往报名听讲。我领受了他的好意，与他同冒了雪夜的寒风去。讲学次序，星期一至三讲文科的小学，星期四讲文科的文学，星期五讲史科，星期六讲玄科。我从蒙学到大学，一向是把教师瞧不上眼的，所以上了一二百个教师的课，总没有一个能够完全摄住我的心神。到这时听了太炎先生的演讲，觉得他的话既是渊博，又有系统，又有宗旨和批评，我从来没有碰见过这样的教师，我佩服极了。子水对我说：“他这种话只是给初学的人说的，是最浅近的一个门径呢”，这便使我更醉心了。我自愿实心实意地做他的学徒，从他的言论中认识学问的伟大。
在章太炎讲学期间，康有为、陈汉章等人正在广为宣传孔教思想与孔教会组织。康有为认为要想在西风日炽的时代里保持中国文化的特性，就需要效仿西方近代的宗教改革，将儒家思想宗教化，使中国人像西方人信奉基督教那样信奉儒家思想。当然，孔教会绝非仅致力于文化与学术，它有鲜明的政治诉求。1912年10月，康有为弟子陈焕章在上海成立孔教会，延揽沈增植、朱祖谋、梁鼎芬等带有遗老色彩的士人加入，并不断寻找渠道与袁世凯政府建立联系。一时间孔教会在士林掀起不小的回响。1913年下半年，陈焕章到北京活动，希望进一步扩大孔教会影响力，并力求在即将颁布的新宪法中加进立孔教为国教的内容。陈焕章为孔教会的具体事务四处奔走，而这一组织背后的精神领袖则是其师康有为。
自从发表《驳康有为论革命书》以来，章太炎一直视康有为的思想主张为荒谬不经，并认为康有为利欲熏心，总想借学术来实现政治盘算。因此，目睹孔教会的活动越来越有声势，章太炎觉得有必要公开回击这一思潮。他撰写《驳建立孔教议》，系统批判了康有为与陈焕章等人的孔教思想。他指出，中国文化里向来缺少迷信鬼神的传统，更不主张将自己的命运寄托于外在的、无所不知的神灵。中国人对于宗教与神灵的态度是高度实用主义的，不会像欧洲与近东那样在历史上多次发生宗教战争与教派冲突。章太炎认为，这是中国文化的优秀之处，要想弘扬中国文化，应多从这方面来着手：
国民常性，所察在政事日用，所务在工商耕稼。志尽于有生，语绝于无验。人思自尊，而不欲守死事神，以为真宰，此华夏之民，所以为达。视彼佞谀上帝，拜谒法皇，举全国而宗事一尊，且著之典常者，其智愚相去远矣。
中国文化能有这样的特质，自然离不开孔子的影响。章太炎认为孔子是值得阐扬的，但不应该将其教主化，而是应从中国历史自身的脉络里理解孔子对于中国文化的巨大贡献。在他看来，“孔子所以为中国斗杓者，在制历史，布文籍，振学术，平阶级而已”。这几个方面，使中国具有重视历史、重视总结社会经验、重视人的实践的思维特征，让中国形成了尊文重教的传统，把普及教化、传播知识视为非常重要的社会活动，致力于实现“人知典常，家识图史”。在此基础上，除了少数历史时期，中国社会呈现出比较明显的流动性，“民苟怀术，皆有卿相之资”。把儒家宗教化，把孔子教主化，非但不能弘扬中国文化，反而让这些优良品质黯而不彰。据顾颉刚回忆，章太炎在讲学时，专门贴出一份公告，让那些已加入孔教会的人不要来听讲，因为自己的讲学主旨是“开通智识”“昌大国性”，与宗教无涉。
在被监禁期间，章
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