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在《大过》中，章太炎记载已经投靠袁世凯的原光复会领袖李燮和与自己的一次谈话。李燮和此行主要是替袁世凯当说客，想让章太炎不再反对后者。作为曾经的革命者，李燮和对章太炎说，辛亥革命之后，无论是政治秩序还是社会秩序都未见好转的迹象，甚至不及清末之时，这与革命党当初的设想大相径庭。或许是为了奉劝章太炎改变立场，李燮和极力渲染新政权建立后中国所面临的危机，甚至怀疑“中国其遂亡邪？”章太炎并不否认李燮和描述的这些现象。但他坚持认为，这并非革命本身的过错，而是革命之后未能明晰建设之道。特别是在政治领域，新政权并未清除清政府的贪官污吏，使清末官场中的不良风气被那批人延续到民国，甚至有变本加厉之嫌。此非由革命所致，而是革命不彻底的表现。因此，他劝李燮和不要忘记参加革命的初衷，要对得起历次起义中死去的同志。很自然，这次谈话不欢而散。章太炎继续被袁世凯监禁，李燮和则成为筹安会“六君子”之一。
在《检论》一书的末尾，章太炎有感于袁世凯政权“外侮于强敌，而内犹劫持其民，多为牙以自保固”，颇为悲观地感叹，“呜呼！斯土也，凝之甚难，而判之甚易”。在被监禁的环境里，他似乎已经找不到什么扭转时局的方法了。因此，他经常和人谈起自己比较满意的著作，希望即便自己遭遇不测，这些著作还能流传下去。他在1914年写给龚宝铨的信里说：“夫成功者去，事所当然，今亦瞑目，无所吝恨；但以怀抱学术，教思无穷，其志不尽。所著数种，独《齐物论释》《文始》，千六百年未有等匹。《国故论衡》《新方言》《小学答问》三种，先正复生，非不能为也。”在《自述学术次第》里，他又言：“余所撰著，若《文始》《新方言》《齐物论释》及《国故论衡》中《明见》《原名》《辨性》诸篇，皆积年讨论以补前人所未举。”
除了将《訄书》增删为《检论》，章太炎在此期间还经常和一些门生讨论学问，其中与吴承仕的交谈尤为频繁。吴承仕，字检斋，安徽歙县人。他出生于缙绅之家，其同族堂叔伯中多有从政之人，其父曾长期担任经师歙县会馆馆长。1907年，废除科举之后的清政府在紫禁城保和殿举行举贡会考，先前已经应试中举的吴承仕在此次会考中被取为一等第一名，授予大理院主事之职。这让他有机会近距离观察清末的政治与学术动态，从而探索中国历代典制与学术的得失，为之后的学术研究奠定基础。辛亥革命之后，原清政府的大小官吏多继续在民国政府中任职。吴承仕也不例外，他在司法部担任佥事。可是目睹民初混乱不堪的政局，他对现实政治感到越来越失望，于是开始将更多的精力投入学术研究当中。他主动求教于正被袁世凯囚禁在北京钱粮胡同的章太炎，多次登门拜访，与章太炎讨论经学、小学与哲学问题，吴承仕把章太炎的讲述内容加以笔录整理，形成《菿汉微言》一书。这本书的意义与《检论》相似，都是章太炎对自己学术思想的总结。
在这本书里，章太炎总结并补充在《齐物论释》等哲学论著里提出的观点，尤其是进一步完善齐物哲学的内容。他认为：
《齐物》一篇，内以疏观万物，持阅众甫，破名相之封执，等酸咸于一味；外以治国保民，不立中德，论有正负，无异门之釁，人无愚智，尽一曲之用，所谓衣养万物，而不为主者也。远西工宰亦粗，明其一指彼是之论，异同之党，正乏为用，撄宁而相成，云行雨施而天下平。故《齐物论》者，内外之鸿宝也。
齐物之旨，应用甚广。章太炎主张在学术研究上也需秉持齐物之道看待各类学派，即“学术无大小，所贵在成条贯制割”。无论是旨在求是之学，还是旨在致用之学，只要能言之成理，有所见地，都应以平等的眼光对待，不必强分彼此，妄判高下。因此，章太炎在书中经常批判一些专以己意衡量裁断一切的做法，比如朱熹虽学术成就极大，但弊端在于“以天理人欲为不并立，内以持躬，固足寡过，外以莅政，即不能以百姓心为心”。总之，“以道莅天下者，贵乎微眇玄深，不排异己。不知其说而提倡一类之学，鼓舞泰甚，虽善道亦以滋败”。而齐物哲学在政治上的表现则是以百姓心为心。章太炎指出：“王夷甫（王衍）重老子，知其无为，不知其无不为。王介甫（王安石）重老子，并知申韩之法，亦出于是矣。殊途同归，俱用败亡者，何哉？不知以百姓心为心也。”忘记了这一点，一念之差，反而会误用所学。当然，面对现实的中国，他颇为悲观地说道：“中国民志之弱，民德之衰久矣，欲令富强如汉唐，文明如欧美者，此正夸父逐日之见，吾辈处之正，能上如北宋，次如东晋耳。”因此，为政之道当“以循常守法为先”。
在《菿汉微言》的结尾，章太炎较为详细地回顾了自己的学术经历。他说自己青年时代谨守清代汉学家法，服膺荀子与韩非的经世致用之道。在因苏报案而坐牢期间，为了排遣烦恼，广泛阅读佛学著作。1906年东渡日本，论政之余，常取西方哲学著作观之。在向留日青年学生讲学时，又系统温习了一遍历代小学著作。最终他意识到庄子的齐物思想是沟通、升
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