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顺着对进化论展开的剖析，章太炎进一步揭示那些与进化论紧密相连的其他概念。1908年，他发表《四惑论》，除了依然提及进化概念，还将批判的焦点置于“公理”“唯物”“自然”这些同样在世界近代史上产生巨大影响的概念。
从篇幅来看，章太炎此文的主要内容集中于揭示“公理”的意识形态本质与表现形式。所谓公理，指的是那些不证自明的事实、不可逆转的趋势、不可违背的规律、毋庸置疑的命题。在世界近代史上，公理与进化论一样，在启蒙运动时期被解释为一种具有普遍性的东西，并将解释范围从科学理论扩展至所有人类活动。到了19世纪，虽然知识界对于公理的内核与外延有不同论述，但在政治与社会层面，如何掌握对公理的解释权更受西方资本主义国家统治阶级的重视。只要拥有了对公理的解释权，就可以对内以公理的名义让民众成为统治阶级希望成为的样子，使民众的活动不能越出打着遵循公理旗号设置的各种界限，公理成为绝佳的动员、整合国内各阶层的意识形态话语，让人们忽视这背后的压迫与剥削现象；对外则将自己的扩张活动解释为实践公理，特别是将殖民统治装扮成依据公理而承担的“义务”，并让被殖民国家或地区的民众接受并认同这样的统治与被统治关系。同时给后者一种幻想，即只要按照自称秉承公理而行事的殖民国家的要求来实现自我改变，那么就有可能让本国实现进步。除此之外，别无他法。不消说，这样的意识形态说辞，让近代许多殖民地与半殖民地精英深信不疑。
章太炎指出：“（公理）非有自性，非宇宙间独存之物，待人之原型观念应于事物而成。”公理并非自然界本来存在之物，是人们根据社会经验总结而成。它并不具备不证自明的特性，而是带着极强的主观色彩。所以“其所谓公，非以众所同认为公，而以己之学说所趋为公”。但是由于强大的话语压迫，以及论证过程中掺入科学名词，并带有极强的历史必然性色彩，使公理比宋明理学喜谈的天理对普通人更具支配力。“天理之束缚人，甚于法律；而公理之束缚人，又几甚于天理。”
通过揭示公理本来并不“公”的本质，章太炎意在批判那些打着公理旗号对个体进行统治与支配的行为。他指出，人在世上本有独立性，并非天然受到各种外在因素的支配。人之所以意识到对他人有义务，是因为个体道德意识使然；之所以会受到法律制裁，是因为侵害他人，而这些都与公理无关。以公理的名义来支配人，本质上就是那些掌握着对公理解释权的个人或组织在支配别的个体，并试图将这种支配固定化、永久化，让人在时刻得接受公理裁判的压力下生活，产生无所逃于天地之间的压抑感。就此而言，“公理者，以社会常存之力抑制个人，则束缚无时而断”。“公理之惨刻少恩，尤有过于天理。”
章太炎的这番批判有助于揭示近代资本主义体制对个体的规训方式，即不仅使用硬性的法律规章，而且善于运用意识形态话语，让人们将这种意识形态话语视为一种无形监督，主动服膺这套意识形态话语对个体的要求，将个人价值和人生意义与这套意识形态话语挂钩，战战兢兢地唯恐有悖于后者的要求，从而丧失个人的主体性，使个人成为资本主义国家机器中的零部件。相似地，章太炎对“自然”的剖析，并非否定自然界的各种现象，而是批判将自然现象改造为“自然法则”，并以此来统治人、命令人。对于“唯物”，他针对的对象其实并非马克思主义，而是像英国哲学家休谟那样的经验论者。在他看来，休谟的特点是只强调现象，不探寻本质，由此而得的感性经验并不能描述世间万物的真实逻辑，也与科学方法不相符。一旦涉及事物之间的因果关系与事物自身的本质属性，就需要进行主观思考。休谟式的“唯物论”（其实是经验论）并不能涵盖这个过程。章太炎对“唯物”的批评是为了张扬个体的能动性，突显个体在思维活动中不可替代的作用。
章太炎所批评的这些概念之所以能成为流行之物，离不开近代资本主义国家的对内与对外活动。因此，要想彻底揭示这些概念所产生的政治与社会效果，需要将批判的视野转移至近代国家的形态与性质上面。1907年，章太炎发表《国家论》。他指出，首先，近代国家主义将国家视为超越时间的存在，在民众与国家关系上，宣称国家是主体，民众是客体。这样的观点是站不住脚的。因为国家是历史与时势的产物，如果没有民众，也就没有国家，因此民众是主体，国家是客体。认识到了这一点，就能发现19世纪以降国家主义理论的破绽。其次，国家的性质是为了防御外敌，是不得已才出现的，它身上并不带有特别神秘的要素，也不像国家主义所论述的那样神圣。如果超出防御外敌的任务，变为侵略他国的先锋，那么这样的国家就没有存在的正当性了。最后，与国家有关的政治事务往往需要多人协作才能完成，特别是离不开民众的支持，但近代国家主义的论述却常将其归功于某一人，让其余的大多数人默默无闻，通过突出政治领导者的功绩来激发人们的爱国之念，这其实也属于颠倒是非之举。
联系19世纪以
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