人之唾余也”。在近代以来各类新知纷纷传至中国的时代里，如果再率由旧章，已经不能使中国学术有所进步。而那种借一二新知来对传统学术做一番“概论”或“通论”式的论著，看似内容广博，实则甚为空疏，远非实事求是、独具创获之学。
1910年，章太炎出版《国故论衡》，此书基本为章太炎在东京国学讲习会上的讲义汇编，但在结集过程中，章太炎对内容加以整理和润色，使之更具体系性。全书分为小学（语言文字学）、文学与诸子学三个部分，每个部分有若干文章。本书的《原学》篇虽未被置于篇首，但堪称全书导论。章太炎在其中指出：
通达之国，中国、印度、希腊，皆能自恢彉者也。其余因旧而益短拙，故走他国以求仪刑。仪刑之与之为进，罗甸、日耳曼是矣；仪刑之不能与之为进，大食、日本是矣；仪刑之犹半不成，吐蕃、东胡是矣。夫为学者，非徒博识成法，挟前人所故有也。有所自得，古先正之所覭髳，贤圣所以发愤忘食，员舆之上，诸老先生所不能理，往释其惑，若端拜而议，是之谓学。亡自得者，足以为师保，不与之显学之名。视中国、印度、日本，则可知已。日本者，故无文字，杂取晋世隶书、章草为之，又稍省为假名，言与文缪，无文而言学，已恧矣，今庶艺皆刻画远西，什得三四。然博士终身为写官，更五六岁，其方尽，复往转贩。一事一义，无匈中之造，徒习口说而传师业者，王充拟之，犹邮人之过书，门者之传教。
这篇《原学》和重订本《訄书》里的《原学》虽然题目一样，可主旨却显然有别。《国故论衡》里的《原学》强调中国传统自有其根底与流变，与那些长期受外来影响而缺少本土特性的国家与地区截然不同，因此在研究中应坚持中国历史自身的特性，以独立思考来扬榷旧学，臻于精深之境，形成自己的心得，而不是粗通大义，浅尝辄止，如此方能光大固有学问。
此外，甲午战争之后，清政府内部出现不少主张改革或停废科举制度，代之以新式学堂的声音。为了在新学制下保持与中国传统学术相关的内容，张之洞等手握实权的大臣开始主持设计各种方案，并借助其权力地位引来不少响应者，逐渐形成一股学术风气。与之相似，为了改善清政府越来越负面化的形象，一些人士希望增加孔庙从祀儒者，主张将章太炎等革命党人极力表彰的顾炎武、黄宗羲、王夫之入祀孔庙，推崇三人“立身行己，皆于艰苦卓绝之中具忠贞笃诚之操，毅然以扶世翼教，守先待后为己任”，希望借此举来“敦崇正学，维系世变”。针对这些现象，章太炎强调提倡中国学问应极力区分“官学”与“民间学”。他以廖平因经学主张而在成都遭遇清廷学官冷遇之事为例，指出：“主学者，直雅俗文吏之徒，令作述者为之屈，此为以学术效奔走，又以绝学洪业，而令俗儒定其是非，考其殿最，何其倒也！”官方提倡学术，难以辨别其中良莠，常以不当标准打压独具卓识之作。对于清政府抬出明清之际儒者，他更是指陈此举非但不能收拾人心，反倒会造成“驳议嚣然”，更彰显其身处危机、进退失据的窘态。
基于此，章太炎指出：
中国学术，自下倡之则益善，自上建之则日衰。凡朝廷所闿置，足以干禄，学之则皮傅而止。不研精穷根本者，人之情也。会有贤良乐胥之士，则直去不顾，自穷其学。故科举行千年，中间典章盛于唐，理学起于宋，天元、四元与宋、元间，小学经训，昉于清世。此皆轶出科举，能自名家，宁有官吏奖督之哉？恶朝廷所建益深，故其自为益进也。
在这里，他梳理中国历代学术流变，认为一个时代凡是能称为上品的学问，多源于草野，而非依靠官方提倡。在1908年为《国粹学报》撰写的祝辞中，章太炎直言自己心中块垒，担心同侪阐扬国学，易被清政府收编利用，甚至有人因醉心利禄而“以其合者取宠”，这不但厚诬古人，而且为虎作伥。所以他强调“学以求是，不以致用，用以亲民，不以干禄”。在革命阵营里，有心阐扬中国传统者应甘于自处民间，白首学问，拒绝借学问来干谒权贵，曲学阿世。此外，他还提醒应警惕在论述中国传统之时，因为“视新学与之合”，于是简单比附，“内契于愚心，外合于殊国”，为带有近代资本主义色彩的“豪强自治”“工商兼并”“喻利轻义”等有利于富豪权贵的政治宣传张目辩护，反而忽视为平民伸张权益，致使“世受其弊”。其作俑者，“非独新学，亦国粹之咎已”。
在1906年东京留学生欢迎会上的演讲中，章太炎提出要“用国粹激动种性，增进爱国的热肠”。而所谓“国粹”，主要就是中国的历史，其中包括语言文字、典章制度与人物事迹。1909年，他在与国粹学报社的信中谈道：“弟近所与学子讨论者，以音韵训诂为基，以周、秦诸子为极，外亦兼讲释典。盖学问以语言为本质，故音韵训诂，其管龠也；以真理为归宿，故周、秦诸子，其堂奥也。”以上这些，加上在重订本《訄书》中占据了相当篇幅的中国历代学术流变的论述，构成了世所称道的“章氏国学”的主要内容。
在清代汉学的传统里，小学（语言文字之学）
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