级与军阀武装进行谈判与交易，但为了显示自己的革命色彩，他决定拿那些与孙传芳等军阀有过往来的人开刀。1927年5月4日，在国民党操纵下，上海各团体举行集会纪念五四运动，其中通过一项名为“请国民政府通缉学阀”的决议，将章太炎、张君劢、黄炎培、沈信卿、蒋维乔、郭任远、殷芝龄、刘海粟、阮尚介、凌鸿勋、张东荪、袁希涛等人列为“著名学阀”。除了这项决议，此次集会还有“肃清上海各学校之共产党分子”的决议。一个多月以后，国民党上海市特别党部临时执行委员会再次提及“通缉学阀”，并将章太炎列为学阀之首，声称他“不仅不知敛迹，且活动甚力，显系意图乘机反动，殊属藐视法纪”，建议国民政府“迅以实行通缉”。章太炎或许怎么也没料到，自己虽然极力鼓吹“反赤”，到头来却与中国共产党人一样，成为以蒋介石为代表的国民党新贵眼中必欲除之而后快的人。
章太炎不但在政治上成为国民政府的对立面，在学术上也成为新文化运动中崛起的新势力的眼中钉。中央研究院是南京国民政府旗下的主要学术研究机构。1928年10月，中研院设立历史语言研究所，由傅斯年担任所长。傅斯年是一位极有学术雄心的人，他希望以史语所为阵地，在中国形成符合自己思想主张的学术风气。而要想形成新的学术风气，则需要批判过去具有影响力的学者与学风。在这一点上，傅斯年将矛头对准了章太炎。在具有开宗立派之宣言性质的《历史语言研究所工作之旨趣》里，傅斯年批评当时学术界的流弊之一就是“坐看章炳麟君一流人尸学问上的大权威”。他声称：“章氏在文字学以外是个文人，在文字学以内做了一部《文始》。一步倒退过孙诒让，再步倒退过吴大澂，三步倒退过阮元，不特自己不能用新材料，即是别人已经开头用了的新材料，他还抹杀着。至于那部《新方言》，东西南北的猜去，何尝寻扬雄就一字因地变异作观察？这么竟倒退过二千多年了。”
面对成为“革命新贵”的国民党政权，1927年11月，章太炎在给李根源的信中强调：“蔡孑民辈近欲我往金陵参预教育，张静江求为其父作墓表，皆拒绝之。非尚意气，盖以为拔五色国旗，立青天白日旗，即是背叛中华民国。此而可与，当时何必反抗袁氏帝制耶？”他声称自己“宁作民国遗老耳”。不久之后，他为冯自由撰写的《中华民国开国前革命史》作序，强调革命“非一手一足之所胜任”，革命党早期仅有的几次武装起义“皆袭其边陲，事不久长”。很明显，在这里他是批评孙中山当时热衷于在边境地区发动武装起义的做法的。随后，他这样论述：
光复会比于同盟会，其名则隐，然安庆一击，震动全国。立懦夫之志，而启义军之心，则徐锡麟为之也。孙、黄在同盟会，所见颇异，时多谓黄迂阔不足应变。然广州之役，震动侔于安庆，而为武昌事先驱，则黄兴、赵声为之也。谭人凤、宋教仁素亲黄兴，广州之役，则二子以为轻举，黄兴亦不肯听其言。然还入中原，引江上之势，而合武昌之群党，未半岁遂以集事，则谭人凤、宋教仁为之也。共进会出同盟会后，黄兴在日本东京，闻之不怡，与其首领焦达峰争辩，焦亦抗论不肯屈。然武昌之起，黄兴所不与知也。谭、宋虽和会其人，乃谓举兵当俟三年后，及决策奋起，后引湘中，而前举汉上，豪帅制兵，齐势并举，则焦达峰为之。而自孙武以下，率兼入共进会者也。自徐锡麟死，光复会未有达者。李夑和乃流寓爪哇一教员耳，而能复振其业，返归沪海，与湘军东伐者相结。江南制造局之役，事败气熸，乃以数百人宵突其门而举之，上海一下，江浙次第反正，则李夑和为之也。
他在这里想表达的是，辛亥革命的成功绝非某种单一力量之功，而是由来自四面八方的革命党人前仆后继、不畏牺牲换来的。如果忘记了这些艰辛历程，将革命归结于某一派或某一人身上，是对那些牺牲的革命者的不尊重。蒋介石掌握南京国民政府大权后，为了凸显自己作为孙中山革命传人的身份，为了在意识形态上与中国共产党撇清关系，极力鼓吹、放大孙中山的历史，将后者置于至高无上的地位。章太炎在这里虽未明言，但针对的就是蒋介石与国民党的造神运动。所以他说，需要将“前之艰难晓示后进，使无敢侮耆旧，擅兴作也”。就此而言，章太炎在国民革命运动时期的政见虽不无可商榷之处，但对比他的两位浙江同乡——昔日光复会同志蔡元培与清末就参加反清革命的张静江，积极为蒋介石上台出谋划策，甚至在“四一二”屠杀革命者的行动中担任重要角色，章太炎的这番态度，显示了他一以贯之的、不为利禄所动的“疯子”精神。