已”。中国历史上之所以有一些良法美制，法家的因素至为重要。历代行政之衰不在于严刑峻法，而由于后世背离法家循名责实之宗旨，致使法律条文烦琐矛盾，进而形成了上下相蒙、政务废弛的局面。同时他在《商鞅》篇中强调，“法者，制度之大名”，“法家者流，则犹西方所谓政治家也，非胶于刑律而已”。法家强调循名责实、整齐官制，有助于让国家实现富强。因此，法家绝非君主的帮凶，而是自有一套为政之道。而除去“毁孝悌，败天性”乃其瑕疵外，宗尚法家如商鞅者，面对秦国权贵决不退缩姑息，较之汉代借经术干人主的儒生，其人格高下至为明显。
当然，该书更值得注意的，是章太炎对于清政府的态度。经历了戊戌变法的失败，章太炎其实已经开始怀疑清政府究竟能否让中国摆脱危机，实现富强。在该书的《原人》篇里，他借鉴近代西方民族主义思想，认为“人之始，皆一尺之鳞也，化有蚤晚而部族殊，性有文犷而戎夏殊”。在历史变迁中，不同群体逐渐形成了民族意识。这种民族意识到了近代就成为抵抗侵略、建立民族国家的重要精神支撑。章太炎指出：
希腊之臣服土耳其也，数百岁矣，一昔溃去，而四邻辅之以自立，莫敢加之叛乱之名者，无他，种族殊也。意大利初并于日耳曼，逾年百五十，而米兰与伦巴多人始立民主。斯其为殊类也，间不容翲忽耳，然犹不欲以畀他人。由是观之，兴复旧物，虽耕夫红女将与有责焉。异国之不忍，安忍异种？
这段话，其实已经在很含蓄地借用近代西方民族主义思想质疑清朝统治合法性了。相似地，他借评论蒙元历史，认为：“以臣夺君者，曰篡一姓之神器；以异类夺中夏者，曰篡万亿人之分地。”
但是，在整理《訄书》的阶段，章太炎并未表达彻底的反清革命思想，而是依然对清政府抱以些许期望。1899年夏，他在与日本人的谈话中曾说：“今满虏虽可恶也，光绪帝者，聪明英主。苟得其相，则亦足以辅而为善者也。”可见，他之所以对清廷抱有期望，是因为对光绪有着些许幻想，认为如果他能亲政，将对时局有所改观。极有可能的是，康有为等人在海外宣扬的光绪勤政爱民、立志改革的形象，多多少少影响了章太炎的判断。
因此，在初刻本《訄书》里，章太炎收录了《客帝》与《分镇》两篇文章。《客帝》的最初版本是1899年3月发表于《台湾日日新报》上的《客帝论》，收入初刻本《訄书》时章太炎有所修改。章太炎认为如果清帝能励精图治，就应该让其继续统治下去，成为类似“客卿”的“客帝”，对内“使吏精廉强力”，对外“以御白人之侮”。当中国走出内忧外患时，清帝应该主动让出帝位，退居诸侯之位，让孔子的后代成为新的统治者。
在《分镇》一文里，章太炎认为自从咸丰年间以降，地方督抚的势力不断坐大，内轻外重之局已成。如此倒不如让地方督抚拥有独立的行政权与用人权，使之成为一方藩镇，让他们来对抗列强的侵略。在章太炎看来，这样可以避免中央政府一被列强威胁，就急忙签订卖国条约的情形出现。至于这样是否有可能会形成地方割据局面，章太炎说：“瓜分而授之外人，孰与瓜分而授之方镇？”从渊源上看，章太炎的这个想法很可能是对老师俞樾观点的改造。俞樾写过一篇《封建郡县说》，认为应该在施行郡县制的背景下恢复一些封建制的遗意，即“内地郡县而边地封建”，这样就能较好地抵御外患，避免强干弱枝之局势。正如俞樾此论有向清廷当政者建言的意味，章太炎的“分镇”论，也是在保留清帝位置的前提下所设想的政治方案。
这里就带来了一个疑问，为何章太炎已经透露出对清政府不满，但仍然不直接主张革命，却希望清政府能自我改变？除了幻想光绪有成为明君的潜质，另一个不容忽视的原因就是他在当时对以孙中山为代表的革命力量缺乏足够的了解。在时务报馆时，章太炎看到报载孙中山在伦敦遭清政府驻英使馆逮捕，遂向梁启超询问其详情，后者对他说：“孙氏主张革命，陈胜、吴广流也”。1899年2月，刚抵台湾不久的章太炎写信给汪康年，提到：“东人（日本人）言及公名，肃然起敬，而谬者或以逸仙（孙中山）并称，则妄矣。”认为孙中山不能和戊戌年间办报纸、开民智的汪康年相比。他的这个想法其实在某种程度上也代表着当时大多数江浙士绅对孙中山的看法。孙中山一非世家子弟，二无科举功名，三无肄业著名书院经历，这在当时社会背景下，本来就很难入长期作为社会精英阶层的士绅群体法眼。孙中山1895年策划的广州起义，主要参与者为会党、民团、营勇、绿林等，他们基本属于社会底层边缘群体。这也让孙中山在不少对他缺乏足够了解的士阶层眼里，不外乎一位江湖游侠式的人物，而这种不由士绅阶层领导的政治运动，在当时更是很难获得他们认可的。这种情况，直到1900年以后他与留日中国学生广泛接触后才有明显改变。
1899年6月，章太炎离开中国台湾赴日本。到日本后不久，在梁启超引荐下，章太炎在横滨与孙中山会面。不过这次会晤，显然没有让章太炎对孙中山
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