划编撰一部具有新体例与新内容的《中国通史》。在附于《哀清史》之后的《中国通史略例》里，章太炎认为中国传统史籍中的典制之书有助于“知古今进化之轨”，使得“一事之文野，一物之进退，皆可以比较得之”。因此在他设想撰写的《中国通史》中，“典”这一体裁占据了很大一部分内容。他强调：“诸典所述，多近制度。及夫人事纷纭，非制度所能限，然其系于社会兴废，国力强弱，非眇末矣。”通过论述古今制度的建立与流变，章太炎希望能呈现中国立国根基之所在与得以维系至今的经验教训。此外，在《中国通史略例》中，他还计划撰写数篇属于传记性质的《考纪》与《别录》，以此“振厉士气，令人观感”。
关于自己的修史计划，章太炎在1902年给梁启超的一封信里做了详细陈述：
窃以今日作史，若专为一代，非独难发新理，而事实亦无由详细调查。惟通史上下千古，不必以褒贬人物、胪叙事状为贵，所重专在典志，则心理、社会、宗教诸学，一切可以熔铸入之。典志有新理新说，自与《通考》《会要》等书，徒为八面锋策论者异趣，亦不至如渔仲《通志》蹈专己武断之弊。然所贵乎通史者，固有二方面：一方以发明社会政治进化衰微之原理为主，则于典志见之；一方以鼓舞民气、启导方来为主，则亦必于纪传见之。
可见，章太炎眼中符合时代需求的《中国通史》，应做到贯通古今，能成为具有国民教育性质的“国史”。在内容上，须侧重于“典志”，将晚近的新学理熔铸其中，区别于往日沾染科举策论之风的史论，借此来“发明社会政治进化衰微之原理”。章太炎在当时为了获取更多的新知识，阅读了许多涉及进化论与社会有机体论的日本学者的论著与译著。他指出：“物茍有志，强力以与天地竞，此古今万物之所以变。”与之相反，则是许多生物因不明合群竞争之道，以致日渐退化。正是在这样的思虑之下，他认为需要在历史著作中加入能促进“合群明分”的内容。
虽然此时章太炎乐于和梁启超讨论通史编撰这样的学术问题，但在政治主张上，由于立志走革命之路，章太炎和依旧不愿放弃君主立宪道路的梁启超之间的分歧却越来越大。1900年，梁启超发表了《中国积弱溯源论》一文，从“积弱之源于理想者”“积弱之源于风俗者”“积弱之源于政术者”“积弱之源于近事者”四个方面来探讨中国当时国势日窘的原因。虽然他在“积弱之源于近事者”这一节中历数了清代以来的各种暴政、苛政，但是仍旧强调“今上皇帝以天纵之资，抱如伤之念，借殷忧以启圣，惟多难以兴邦。天之生我皇也，天心之仁爱中国而欲拯其祸也”。
对此，章太炎在1901年发表了《正仇满论》一文以反驳梁氏。他强调：“今日之满人，则固制汉不足亡汉有余。”梁启超在《中国积弱溯源论》中将乾隆比作宣称“朕即国家”的法皇路易十四，以此来突显前者的专制，但是却又不主张民众起来进行革命，原因在于不能忘却心中的“圣主”光绪。但是在章太炎看来，光绪的种种举动，非为国家，而是借维新之名来夺慈禧之权，“其迹则公，而其心则只以保吾权位”，因为彼等深知“满、汉二族，固莫能两大也”。即便他有心改革，也由于能力有限，难以成功。反观亿万汉人，“其轻视鞑靼以为异种贱族者，此其种性根于二百年之遗传，是固至今未去者也”。就算是迫不得已而出仕清廷为官者，他们不与清廷合作之心也未尝少衰。总之，在章太炎看来，不反清，中国则终究难以摆脱危局，欲清政府施行立宪，无异于与虎谋皮。
章太炎提到汉人不愿出仕清廷为官，从清代政治史上看，很可能只是他的一种推想。但据章士钊回忆，章太炎在当时认为“鼓吹种族革命，非先振起世人之历史观念不可”。1902年4月，章太炎与秦力山等人计划在日本东京举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，因被日本警察制止，改至横滨举行。章太炎为此活动写了一篇“宣言书”，其中提到：“愿吾滇人，无忘李定国；愿吾闽人，无忘郑成功；愿吾越人，无忘张煌言；愿吾桂人，无忘瞿式耜；愿吾楚人，无忘何腾蛟；愿吾辽人，无忘李成梁。”通过那些明清之际抗清将领的名字，来唤起人们的反清之志，“庶几陆沈之痛，不远而复，王道清夷，威及无外”。他希望通过这些明清之际历史人物的事迹，激发人们对清朝统治的不满。在当时的背景下，包括章太炎在内的革命者鼓吹革命的主要理论工具其实是由日本学者译介的政治学理论，特别是近代民族主义理论。民族主义理论赋予那些主张革命的士人论述近代政治组织的原理，尤其是民族国家之内涵的能力。但在宣传策略上，传统的“夷夏之辨”与明清之际史事却更容易面向国内大量未受西学熏陶的人，让他们借助中国历史上的相关史迹来理解反清革命的内涵。比如当时身在湖北的朱峙三，便主要通过阅读《扬州十日记》《嘉定屠城记》，以及革命党人编撰的记载明清之际历史的读物，而心生反清之念，日渐同情革命。正是在这个意义上，章太炎极为重视明清之际的历史。在他眼中，晚清的革命党人需要将这股数百年间未尝一日消
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