，于是他又给康普顿写了一句附言向他保证：“我对奥本海默非常放心。”
奥本海默出席了10月21日在斯克内克塔迪举行的会议，他提出了制造有效的武器所需的铀235的总量，这是提交给华盛顿的最终会议报告的核心内容。根据他的计算，100千克铀235就足以产生爆炸性的链式反应。这次由科南特、康普顿、劳伦斯和另外几位与会者参加的会议对奥本海默产生了深远的影响。当时纳粹正在向莫斯科挺进，这样的战争新闻让奥本海默感到沮丧，他急于帮助美国为即将到来的战争做好准备，所以他很羡慕那些去研制雷达的同事。后来，他作证时说：“直到我第一次接触到刚萌芽的原子能事业，我才发现了自己的用武之地。”
一个月后，奥本海默给劳伦斯写了一张便条，向他保证自己不再参与任何工会活动：“……工会的事情绝不会再惹麻烦了……我还没和相关人员一一谈过，但是我交流过的人都和我们意见一致，所以你不用再把这件事放在心上。”
尽管奥本海默停止了他的工会活动，但是就在同年秋天，他还是忍不住在一项公民自由问题上公开表明了自己强硬的立场。当时在美国东海岸，纽约政界人士、州参议员小F.R.库代尔利用自己的身份策划了一场高调的政治迫害，他针对的是纽约市公立大学里那些所谓的颠覆分子，那时库代尔是调查纽约公共教育系统的联合立法委员会的联席主席。截至1941年9月，仅纽约城市学院就解雇了28名工作人员，其中一些人是教师工会纽约分会的成员，奥本海默在伯克利也是教师工会的会员。奥本海默所在的美国民主与知识分子自由委员会发表了一份声明谴责解雇事件。作为反击，参议员库代尔指控该组织与共产党有联系，《纽约时报》还发表社论支持库代尔的指控。
奥本海默搅进了这场政治纷争，他发表了措辞强烈的抗议。在1941年10月13日的公开信中，他的语气时而彬彬有礼，时而诙谐幽默，时而讽刺挖苦，最后变成了尖锐的嘲讽。奥本海默提醒这位参议员，《权利法案》不仅保障人们信仰自由的权利，无论这种信仰多么激进，还保障人们以“匿名”方式用言论或文字表达这种信仰的权利。奥本海默写道：“那些身为共产党员或共产党同情者的教师，他们无非就是在集会中表达了自己的意见，印发了（经常是匿名的）他们的观点，这些恰恰是受到《权利法案》保护的行为。”最后，他以一种挑衅的口吻说：“直到看到您的陈述及其中道貌岸然的含糊其词和红色迫害，我才相信原来那些传言是真的，您担任主席的那个委员会确实充斥着哄骗、恐吓和傲慢。”
20世纪30年代末，罗伯特·奥本海默发现自己成了核心人物，这正是他梦寐以求的。卡门说：“无论发生了什么事，只要你找到奥本海默，告诉他情况，他想一下就能说出个所以然。他总能给出内幕人士的解读。”但是从1941年开始，奥本海默发现有很多事情他也成了局外人。“突然间，”卡门说，“没人再告诉他什么内幕消息，他被排除在外。明明有大事正在发生，他却一无所知。所以他越来越沮丧，劳伦斯也很发愁，他觉得奥本海默肯定能猜出来究竟发生了什么，仅仅因为安全考虑就把他排除在外实在荒唐，劳伦斯认为最好能让他加入进来。我猜最终他们认为比起把他排除在项目外，让他加入更便于监视。”
1941年12月6日，周六晚上，奥本海默参加了为西班牙内战老兵举办的募捐活动。他后来作证时说，第二天听到日本偷袭珍珠港的消息后，他觉得“我已经不想再参与西班牙共和国的事情了，这世界上还有其他更紧迫的危机”。