而不久前曼利就在那里，芝加哥是一座大城市，拥有一所著名的大学、世界级的图书馆，以及一大批经验丰富的机械师、玻璃吹制工人、工程师和其他技术人员，洛斯阿拉莫斯则一无所有。曼利写道：“我们试图在新墨西哥州的荒野上建立一个全新的实验室，这里没有任何基础设施，只有骑马用的装备和一个图书馆，图书馆里尽是牧场学校的孩子读的书，比如霍雷肖·阿尔杰的作品，所有这些对我们制造产生中子的加速器都没什么用处。”曼利认为，如果奥本海默是一名实验物理学家，他就会明白“实验物理学九成靠的是设施”，他也绝不会同意在这样的环境中建造一个实验室。
这里的后勤工作极其庞杂。奥本海默和首批科学家计划于1943年3月中旬抵达洛斯阿拉莫斯。奥本海默向汉斯·贝特保证，到那时这里将是一个由市政工程师管理的宜居社区，会有单身宿舍和为已婚人士准备的住宅，这种住宅从一居到三居不等。这些配备家具的住所都有电力供应，但出于安全原因将不会安装电话。厨房将配备燃木炉灶和热水器，房间里有壁炉和冰箱。家务劳动繁重时还有帮佣。这里将建设一所幼儿学校、一座图书馆、一间洗衣房、一所医院和一个垃圾站。陆军营地商店将作为社区的杂货店和邮购站。娱乐活动主管会定期安排播放电影和在附近山区的徒步旅行。奥本海默还承诺会有一个提供啤酒、可乐和简单午餐的小酒馆，以及一个为单身人士准备的食堂、一个“高档”咖啡馆，已婚夫妇可以在那里约会就餐。
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出于试验所需，他们从密歇根大学订购了两台范德格拉夫起电机，从哈佛大学订购了一台回旋加速器，从伊利诺伊大学订购了一台高压倍加器。这些都是必不可少的设备：范德格拉夫起电机将用于基本的物理测量；作为首台粒子加速器，高压倍加器可用于人工核蜕变实验，即将一种元素的原子蜕变成另一种元素的原子。
建设洛斯阿拉莫斯、招募科学家以及为世界首个核武器实验室配齐设备，这些都需要一位耐心细致的管理者。1943年年初，还看不出奥本海默是这样的人，他的管理经验至多也就是组织他门下研究生的学术讨论会。1938年，他手下有15名研究生，而现在他指挥着数百名科学家和技术人员的工作，而且人数很快就会达到数千人。他身边的人也认为他的个性不适合这份工作。“我在1940年之前就认识他了，那时他就有些古怪，或者说简直就是个怪人，他绝不是你想象中的那种管理者的材料。”罗伯特·威尔逊回忆道。当时威尔逊还是一位年轻的实验物理学家，正在欧内斯特·劳伦斯手下学习。直到1942年12月，詹姆斯·科南特还在给格罗夫斯的信中写道，他和万尼瓦尔·布什“都在怀疑我们是否找对了负责人”。
虽然约翰·曼利是奥本海默的副手，但是这份工作总让他觉得心里没底。曼利回忆说：“无论是他广博的学识还是他对日常事务的漠不关心都让我感到害怕。”曼利特别发愁实验室的组织架构问题。“我一直在烦奥比，因为我不知道他要花多少个月才能搞出一张组织架构图，也就是责任分工。”奥本海默对曼利的恳求置之不理，直到1943年3月的一天，曼利终于爬上了勒孔特厅的顶层，推开了奥本海默办公室的门。当奥本海默抬头看到曼利站在那里时，他对曼利想要什么心知肚明，他抓起一张纸，扔在桌子上说：“这是你要的那张该死的组织架构图。”在奥本海默的设想中，实验室分四大部分：实验物理学、理论物理学、化学和冶金学，最后是军械。每个部门的小组长都要向部门主管汇报，部门主管则向奥本海默汇报。这只是初步计划。
1943年年初，奥本海默派28岁的罗伯特·威尔逊到哈佛大学，由他安排把哈佛的回旋加速器安全运到洛斯阿拉莫斯。3月4日，威尔逊来到洛斯阿拉莫斯视察安装回旋加速器的地点。他发现这里一片混乱，似乎根本就没有时间表，也没有规划和责任划分。威尔逊向曼利抱怨此事，两人都认为他们应该与奥本海默对质。他们在伯克利的会面是一场灾难：奥本海默怒不可遏，对他们恶语相向。威尔逊和曼利都惊呆了，他们怀疑他是否有能力应付眼前的挑战。
威尔逊祖上就是贵格会教徒，欧洲战争爆发时，他还是一个和平主义者，他说：“所以，当我发现自己真的参与了这个可怕的项目时，我知道我有了很大变化。”但是，就像他在洛斯阿拉莫斯认识的那些人一样，威尔逊最担心的还是纳粹可能会用原子武器赢得战争。因此，虽然私底下他仍寄希望于有一天他们能证明原子弹是行不通的，但是如果真能制造出来，他也迫切地想要把它变成现实。威尔逊是个勤奋认真的人，最初他对奥本海默的傲慢举止感到颇为恼火。“我不太喜欢他，”他后来说，“他总喜欢自作聪明，绝不容忍愚蠢之人，也许对他来说，我就是其中之一。”
话说回来，无论之前奥本海默看上去多么不负责任，在移居洛斯阿拉莫斯之后他很快就令人刮目相看。在洛斯阿拉莫斯工作几个月后，威尔逊惊讶地发现，他的上司蜕变成了一位富有魅力又高效的管理者。这位曾经性情古怪的
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