理论物理学家，一度留着长发的左翼知识分子，现在正变成一位一流的、有条不紊的领导者。威尔逊说：“他有自己的风格和风度。他非常聪明，不管我们觉得他有什么不足，他在几个月内就能纠正过来，显然他对行政管理的了解远胜于我们。无论我们有哪些疑虑，也不管它们是因何而起，他都能很快处理好。”到1943年夏，威尔逊发觉：“当我和他在一起的时候，我感觉自己也更高大了……我变成了奥本海默的崇拜者，视他为偶像……我的看法彻底改变了。”
即便如此，在项目早期的规划中，奥本海默经常天真得令人难以置信。在他给曼利的组织架构图上，他把自己列为实验室主任和理论物理学部门的负责人。但他的同事们很快就发现，他根本无暇同时完成这两项工作，最后奥本海默自己也发现了这一点，于是他任命汉斯·贝特负责理论物理学部门。奥本海默还曾告诉格罗夫斯将军，他只需要几位科学家。达德利少校说，他们第一次勘查此地时，奥本海默说他认为6名科学家加上一些工程师和技术人员可以完成这项工作。虽然这一说法有夸张之嫌，但是有一点是显而易见的：一开始奥本海默大大低估了这项工作的规模。最初的建设合同预算为30万美元，但不到一年时间就花掉了750万美元。
到1943年3月洛斯阿拉莫斯开放时，这个新社区集中了100名科学家、工程师和后勤人员；不到6个月，这个数字就变成了1 000人；一年之后，在这块台地上生活着3 500人。到1945年夏，奥本海默选择的这片荒野已经发展为一座小镇，至少有4 000名平民和2 000名军人住在这里，他们分别生活在300幢公寓、52座宿舍和大约200辆拖车里。仅封闭管理的“技术区”就有37栋建筑，包括一个钚提纯工厂、一个铸造厂、一座图书馆、一个礼堂，还有几十间实验室、仓库和办公室。
让几乎所有同事都感到诧异的是，起初奥本海默竟然接受了格罗夫斯将军的一项建议，即新实验室的所有科学家都应该入伍成为受委任的陆军军官。1943年1月中旬，奥本海默访问了位于旧金山的普雷西迪奥陆军基地，他此行是为了接受中校的委任。实际上，他还参加了军队体检，但没有通过。陆军军医报告说，奥本海默体重128磅，比最低体重要求轻了11磅，比他这个年龄和身高的理想体重低了27磅。他们注意到他有“慢性咳嗽”，这种情况可以追溯到1927年，当时他的胸部X光片证实了他患有肺结核。他还报告了“腰骶部劳损”的病史：他说，大约每隔10天，他就会感到左下肢的轻微阵痛。鉴于上述原因，军医认为他“终身丧失了服役能力”。但是格罗夫斯已经吩咐医生奥本海默必须获准履职，所以奥本海默需要签署一份文件，在文件中承认自己存在“上述身体缺陷”，并仍然要求长期服役。
体检结束后，奥本海默请人为自己量身定做了一套军官制服。此举背后的动机很复杂，也许，穿上中校制服等于告诉所有人自己得到了社会的认可，作为一个对自己的犹太人血统不自信的人，这一点很重要。不过，在1942年穿军装也是一种爱国行为。在全美各地，人们都穿着军装，这是一种原始的、有象征意义的仪式性行为，它代表着保卫同族和保卫国家，制服就是这种决心的公开声明。此时奥本海默心里充满爱国情怀。罗伯特·威尔逊回忆说：“奥比会凝视着远方，然后对我说，这场战争不同于以往任何战争，它为自由原则而战……他确信这场战争是一次推翻纳粹和击败法西斯主义的群众斗争，他谈到了这是一支人民组成的军队，也是一场人民的战争……他的措辞没有什么变化，仍然是过去那套政治表述，只不过以前洋溢着激进主义的气息，现在有了爱国主义的味道。”
然而，就在奥本海默开始为洛斯阿拉莫斯招募物理学家后不久，他发现他的同行们坚决抵制在军纪管制下工作的想法。1943年2月，他的老朋友伊西多·拉比和其他几位物理学家终于说服他“实验室必须去军事化”。在奥本海默的朋友中，拉比是屈指可数的几个会在他做傻事时提醒他的人。拉比说：“他认为穿军队制服挺好的，因为我们正在打仗，它会让我们更接近美国人民，诸如此类的废话。我知道他很想赢得战争，但我们不能以这种方式制造炸弹。”他“睿智过人，又愚不可及”。
到了2月底，格罗夫斯同意了一个折中方案：在实验室工作期间，科学家们将保持平民身份，但到了测试武器的时候，每个人都需要穿上军队制服。洛斯阿拉莫斯将会被栅栏封闭起来，并由一个陆军哨所把守，在实验室所处的“技术区”内，科学家们需向担任“科学主任”的奥本海默汇报，陆军将会对社区进出进行管制，但不会干涉科学家之间的交流，这是奥本海默的责任。汉斯·贝特祝贺奥本海默在与军队的谈判中取得胜利，他在信中说：“我认为你现在已经获得高级外交学位。”
不只在这个问题上，拉比在其他组织管理问题上也发挥了至关重要的作用。贝特后来说：“如果没有拉比，就会一团糟，因为奥比不想要任何组织体系。拉比和李·杜布里奇（时任麻省理工
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