“保密过度”
这种政策会让人举步维艰，工作本身已经困难重重，更何况还要束手束脚……
——爱德华·康登写给奥本海默的信
在实验室建成后的第一年早春，作为实验室主任的奥本海默在管理中遇到了第一次真正的危机。经格罗夫斯将军批准，奥本海默任命他以前在哥廷根大学的同学爱德华·康登为实验室副主任。康登的工作主要是减轻奥本海默的行政负担，同时担任实验室与洛斯阿拉莫斯陆军指挥官的联络员。康登比奥本海默大两岁，他既是杰出的物理学家，又是经验丰富的实验室主管。1926年在加州大学伯克利分校获得博士学位后，康登在哥廷根大学和慕尼黑大学从事博士后研究工作。在接下来的10年里，他在包括普林斯顿大学在内的几所大学任教，并出版了第一本关于量子力学的英文教科书。1937年，他离开普林斯顿大学后担任了西屋电气的研究副主任，他任职的是一个大型的工业研究中心。在接下来的几年里，康登负责指导公司在核物理和微波雷达方面的研究。1940年秋，他在麻省理工学院的辐射实验室全职从事与战争有关的项目，主要是研制雷达。简而言之，至少就经验而言，康登显然比奥本海默更有资格领导洛斯阿拉莫斯新建的实验室。
20世纪30年代，康登在政治上并不像奥本海默那样活跃，当然他和共产党也没有什么牵连。他认为自己是一个“自由派”的新政支持者，一名投票支持罗斯福的忠诚的民主党人。作为贵格会教徒，康登曾告诉一位友人：“我加入任何组织都是因为它们有崇高的目标，我不管其中有没有共产党员。”康登是一个有强烈民权自由意识的理想主义者，他相信没有自由的思想交流，科学就无法发展。他大力游说，希望洛斯阿拉莫斯的物理学家与全国各地的实验室定期联系。当然，康登很快就引起了格罗夫斯将军的不满，驻洛斯阿拉莫斯的军事代表屡次向格罗夫斯将军汇报这里有人违反安全规定。格罗夫斯坚称：“对我来说，信息封锁正是安保的核心。”
1943年4月下旬，格罗夫斯得知奥本海默去了芝加哥大学，他在那里与曼哈顿计划的冶金实验室主任、物理学家阿瑟·康普顿讨论了钚的生产计划。这让格罗夫斯大为恼火。他把这种所谓的违反安全规定的行为归咎于康登。格罗夫斯来到洛斯阿拉莫斯，冲进奥本海默的办公室与两人对峙。面对这位将军，康登据理力争，但令他意外的是，他发现奥本海默并没有站在他这一边。不到一周，康登就决定递交辞呈，他本打算在项目进行期间留在这里，但只坚持了6周。
在给奥本海默的辞职信中，康登写道：“最让我不满的是过于严密的安保政策。我觉得自己没有资格质疑这种做法是否明智，因为我完全不了解敌方的间谍和破坏活动究竟到了何种程度。我只想说，对我而言，对安全的极度关注让人特别压抑，特别是对邮件和电话的审查。”康登说：“当格罗夫斯将军指责我们时，我非常震惊，以至于不敢相信自己的耳朵……我非常强烈地感觉到，这种政策会让人举步维艰，工作本身已经困难重重，更何况还要束手束脚……”康登还表示，如果他和奥本海默真的无法在不违反安全规定的情况下与康普顿等科学家会面，那么“我想说，这个项目的科研工作只有死路一条”。
康登总结道，如果他回到西屋电气继续从事雷达技术研究，他可以更好地为战争做贡献。奥本海默显然不愿违抗格罗夫斯，这让康登难过又困惑。此时，康登并不知道奥本海默自己也仍未获得安全许可，陆军安全部门仍在从中作梗。奥本海默明白如果他想保住自己的工作，就不能因安全问题向格罗夫斯施压。
奥本海默在与格罗夫斯的关系上投入了大量的精力。去年秋天，这两个人都曾认真地掂量过对方，而且都自大地认为自己可以主宰彼此之间的关系。格罗夫斯认为，这位极具感召力的物理学家对项目的成功至关重要。正是因为奥本海默带着左翼政治包袱，格罗夫斯认为他可以利用奥本海默的过去来控制他。奥本海默心里也盘算得明明白白，他知道只有格罗夫斯继续认为他是无出其右的最佳人选，他才能保住这份工作。他也明白自己和共产党的关系让格罗夫斯有了把柄，不过他依然相信，通过展现自己不凡的工作能力，他会说服这位将军允许他按照自己认为合适的方式管理实验室。奥本海默并不反对康登的观点，他也认为烦琐的安保法规会成为限制科学家的桎梏。但随着时间的推移，他有信心取得最终的胜利。毕竟，说到底，就像奥本海默需要格罗夫斯的认可一样，格罗夫斯也需要奥本海默的才能。
事后看来，要想在制造核武器的竞赛中击败德国人，他们两人可以算是完美的项目搭档。如果说作为魅力型领导者，奥本海默倾向于在协商中达成共识，那么格罗夫斯则是通过恐吓来展现其权威。哈佛大学的化学家乔治·基斯佳科夫斯基说：“基本上，他管理项目的方式就是吓唬他的下属，让他们唯命是从。”罗伯特·瑟伯尔认为，对格罗夫斯来说，“尽可能粗暴地对待下属是一种策略”。奥本海默的秘书普丽西拉·格林·达菲尔德一直记得这位将
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