们“清醒地意识到这个项目正在浪费时间。军队依然在用例行的指挥方式……”现在速度就是一切。然而，陆军并没有听取“那几位在这个新领域有发言权的科学领袖的意见。这样的行事方式正在危及我们国家的生存”。
3周后，也就是1943年8月21日，汉斯·贝特和爱德华·泰勒在给奥本海默的信中诉说了他们对项目进度的不满。“最近报纸的报道和情报机构的报告都表明，德国可能拥有一种强大的新型武器，预计将在11月到次年1月之间准备就绪。”他们警告说，这种新武器很可能就是“合金管”——英国人给原子弹的代号。他们写道：“如果真是如此，那么后果无须多言。”他们随后抱怨说负责生产核弹级铀原料的私营公司拖了后腿，他们认为解决办法就是“为额外的项目提供足够的资金，由那些对整个生产流程最有经验的科学家直接管理”。
奥本海默和他们一样担心项目进度。他也发愁他们可能会落后于德国人，所以他只能更卖力地工作，并敦促他手下的人也加倍努力。
作为科学主任，奥本海默在洛斯阿拉莫斯近乎拥有绝对的权威。尽管表面上他与一位军事指挥官共同管理这里，但他直接向格罗夫斯将军报告。第一任驻地指挥官约翰·M.哈蒙中校与科学家们争执不断，结果他在任职仅4个月后，就于1943年4月被撤换。他的继任者惠特尼·阿什布里奇中校明白自己的工作就是尽量减少双方的摩擦，让科学家们满意。阿什布里奇恰巧是洛斯阿拉莫斯牧场学校的毕业生，他一直任职到1944年秋，当时因为劳累过度，精疲力竭，他犯了轻微的心脏病。取代他的是杰拉尔德·R.泰勒上校。所以，奥本海默在任期内经历了三位陆军指挥官。
安保措施一直是个令人头疼的问题。陆军安全部门一度在奥本海默居住的“浴缸排”外面部署了武装警卫，卫兵要检查所有人的通行证后才能允许他们进入房子，姬蒂也不例外。但是她出门时经常忘带通行证，每次被拦住时，她都大吵大闹。不过，她发现这种安排也并非一无是处，作为一个总能抓住机会的人，姬蒂偶尔会让卫兵们帮忙照看彼得。后来具体负责此事的中士意识到了这一点，他就撤走了卫兵。
作为与格罗夫斯将军达成的协议的一部分，奥本海默同意任命一个三人委员会负责内部安全事务。他任命他的助手戴维·霍金斯、约翰·曼利及化学家乔·肯尼迪为委员会成员，他们负责实验室（T区）内部的安全事务，这里被第二道铁丝网包围起来，禁止卫兵和士兵进入。内部安全委员会负责的都是些日常琐事，比如检查科学家离开办公室时是否锁好了文件柜。一旦有科学家被发现把秘密文件留在桌子上过夜，第二天晚上他就得负责巡视实验室，抓住另一个违反规定的人。一天，瑟伯尔看到霍金斯和埃米利奥·塞格雷正在争吵。霍金斯说：“塞格雷，你昨晚把一份秘密文件落在外面了，今晚你必须去巡视。”塞格雷反驳道：“那篇论文全是错误，它只会迷惑敌人。”
奥本海默一直在努力不让他手下的人受到“山上”安全部门的骚扰。为了让一些人“免遭”解雇，他和瑟伯尔花了大量时间商量对策。瑟伯尔谈到安全部门时说：“如果他们得逞了，这里就没人了。”事实上，1943年10月，军方安全调查人员曾建议将瑟伯尔夫妇遣离洛斯阿拉莫斯。联邦调查局以其典型的夸大其词指控瑟伯尔夫妇“满脑子都是共产主义思想，他们的同伙都是众所周知的激进分子”。
虽然罗伯特·瑟伯尔毫无疑问属于左派，但他在政治上从未像他妻子那样活跃。20世纪30年代末，夏洛特·瑟伯尔投身于为西班牙共和军筹款之类的活动。不过，奥本海默在政治上比夏洛特更为活跃。从文献记录来看，尚不清楚军方对瑟伯尔夫妇的裁定是如何被推翻的，但奥本海默可能亲自出面为他们的忠诚做了担保。一天，首席驻地安全官皮尔·德席尔瓦上尉向奥本海默询问瑟伯尔的政治背景，结果奥本海默认为这无关紧要：“奥本海默主动提及他知道瑟伯尔曾积极参与共产党的活动，还说实际上这是瑟伯尔亲口告诉他的。”奥本海默解释说，在把瑟伯尔带到洛斯阿拉莫斯之前，他已经告诉过他必须终止自己的政治活动。奥本海默说：“瑟伯尔答应过我他会照办，所以我相信他。”德席尔瓦对此感到难以置信，他认为这说明奥本海默太天真，或者他有更严重的问题。
像“山上”的许多太太一样，夏洛特·瑟伯尔也在技术区工作。尽管陆军参谋部二部在瑟伯尔夫妇的安全档案中提到了她家世中的左翼背景，但是作为科技图书管理员，这份工作让她成了“山上”重要秘密的守门人。奥本海默对她寄予了极大的信任。夏洛特穿着随意，不是牛仔裤就是休闲裤，她负责的图书馆成了一个社交场所和“八卦中心”。
一天，奥本海默把夏洛特叫进他的办公室，他说关于台地上秘密设施的流言已经开始在圣菲流传。他曾向格罗夫斯建议，最好是由他们自己散布谣言，这样可以转移人们的注意力。奥本海默说：“因此，为了在圣菲散布消息，我们可以说正在制造一枚电力火箭。”然后他说他想让瑟伯尔夫妇和
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