了格罗夫斯的新任安全助理约翰·兰斯代尔中校，31岁的约翰·兰斯代尔来自克利夫兰，是一名精明能干的律师。帕什告诉兰斯代尔，如果不能立即开除奥本海默，就应该把他叫到华盛顿，并用“反间谍法及违法的后果”当面进行威慑，还应该告诉他，军事情报部门知悉他和共产党的所有联系，政府不会允许他以任何形式泄密给他在共产党内的朋友。和格罗夫斯将军一样，帕什认为可以用奥本海默的野心和骄傲来牵制他，帕什写道：“本办公室的意见是，此人想保护自己的前途和声誉，而且一旦他现在的工作取得成功，他将获得极大的荣誉。据此，我们认为，为了能继续负责此项工作，他会尽一切努力与政府合作。”
不过，那时兰斯代尔已经见过奥本海默，而且与帕什不同，他喜欢并信任奥本海默。但兰斯代尔也明白，奥本海默虽然是这个项目的关键人物，他的政治背景却令人不安。在收到帕什的建议后不久，兰斯代尔给格罗夫斯写了一份言简意赅的备忘录，这份两页纸的备忘录总结了现有的证据，兰斯代尔列出了奥本海默多年来参加过的所有“共产党外围”组织（根据联邦调查局的划定）——从美国公民自由联盟到美国民主与知识分子自由委员会。他还列出了那些与奥本海默有关的已知或疑似是共产党员的人，其中包括威廉·施奈德曼、史蒂夫·纳尔逊、汉娜·彼得斯医生（她被兰斯代尔认定为“加州阿拉梅达县共产党专业人士分部医生支部的组织者”）和艾萨克·福科夫，这份名单里还有一些私人关系，比如琼·塔特洛克（奥本海默被指控与她有不正当关系），还有和哈康·希瓦利埃（据信是共产党员）等。其中最具破坏力的是，兰斯代尔指出，史蒂夫·纳尔逊的助手贝尔纳黛特·多伊尔“曾经提到奥本海默和他的弟弟弗兰克都是定期注册的党内人士，这一消息的来源非常可靠（电话监听记录）”。
然而，兰斯代尔并不建议解除奥本海默的职务。相反，他在1943年7月建议格罗夫斯，“您应该大致告诉奥本海默，我们已经获悉共产党……正企图获取一些情报”，这些情报与曼哈顿计划有关，还要告诉他“我们已经搞清了几位参与此事的叛徒”。兰斯代尔还指出，还有一些叛徒仍未被发现，为此陆军将有条不紊地把那些追随共产党路线的人清除出该项目，但不会大批解雇人员，只会根据确凿的证据先进行详细的调查。出于这个目的，兰斯代尔想利用奥本海默：“应该告诉他，在这件事上，我们一直犹豫要不要信任他……因为众所周知他对共产党感兴趣，而且他同某些共产党员有来往，甚至还是朋友。”兰斯代尔似乎认为，这种方法会促使奥本海默指认别人。简而言之，兰斯代尔是在告诉格罗夫斯，如果他想让奥本海默继续担任他的科学主管，他应该迫使奥本海默成为一名线人。
实际上，在接下来的数月甚至数年里，只要奥本海默还在为政府工作，他就会被形形色色的帕什和兰斯代尔式的伎俩所困扰。在洛斯阿拉莫斯，他被指派的助手实际上是“经过特殊训练的陆军反情报团特工，他们不仅是保镖，还是卧底”。他的司机兼保镖安德鲁·沃克就是一名陆军反情报团特工，他直接向帕什汇报。奥本海默的邮件被监控，电话被窃听，办公室被监听，即使在二战结束后，他仍受到严密的人身监视和电子监控。国会的委员会和联邦调查局一再提起他过去与共产党的联系，他不得不一次又一次地意识到，就连他自己也被怀疑是一名共产党员。