哥哥发生了争执。作为ALAS的一名积极分子，弗兰克认为是时候把情况公之于众了，应该向全社会宣传国际管制的必要性。弗兰克回忆说：“他说现在没时间干这个。他在华盛顿的圈子里待过，他看到形势瞬息万变，觉得要想改变什么必须从内部入手。”也许奥本海默是在进行一场精心策划的赌博，他赌自己可以利用他的声望和人脉说服杜鲁门政府向国际管制迈出一大步，只要能做到这一点，他真的不在乎是由文官还是军方管理原子能。或者，他也许会认为，如果继续因为这项政策施压的话，他将被当局视为局外人，甚至是“闹事者”，而这是他不愿意看到的。在原子时代的第一幕，他想坐在舞台中央。
这一切让罗伯特·威尔逊忍无可忍，他重写了一份被扣留的《声明文件》，寄给了《纽约时报》，《纽约时报》立即在头版刊登了这份声明。“寄出这份声明是严重违反安全条例的行为，”威尔逊后来写道，“对我来说，这是一份独立宣言，从此不再依赖洛斯阿拉莫斯的那些领袖人物，这并不是说我不再钦佩和珍视他们。但我们之前得到的教训是，那些出类拔萃的佼佼者一旦成为当权者，经常会身不由己，未见得可以指望。”
在洛斯阿拉莫斯之外反对“梅-约翰逊法案”的科学家越来越多，这也让ALAS的成员们开始重新考量此事。维克托·魏斯科普夫告诉他在ALAS执行委员会的同事们：“应该更审慎地研判奥比的建议。”不到一个月，ALAS就与奥本海默决裂了，他们开始动员起来反对这项立法。威利·希金博特姆被派往华盛顿，奉命发起一场反对该法案的运动。西拉德和其他科学家也出面作证反对这项立法，这种非同寻常的游说活动很快占据了国内各家报纸杂志的头版头条。这是一次起义，而且获得了成功。
令华盛顿的很多人感到意外的是，科学家们的积极游说居然挫败了“梅-约翰逊法案”。为了替代这项法案，康涅狄格州的新任参议员布赖恩·麦克马洪提出了一项新法案，他提议将核能政策的决策权交给非军方的原子能委员会（AEC）。但是，当1946年8月1日杜鲁门总统签署《原子能法》时，该法案已经变得面目全非，许多参与“原子科学家”游说活动的人甚至开始怀疑他们的胜利是否得不偿失。比如，该法案规定核物理领域的科学家必须遵守严格的安全制度，比他们在洛斯阿拉莫斯的安保规定还要严苛得多。因此，尽管包括他弟弟在内的许多同行都对奥本海默最初支持“梅-约翰逊法案”感到不解，但是没过多久大家就不再怨恨他。他对整件事的矛盾态度其实情有可原。即便他没有挑战五角大楼的计划，但他依然认定真正重要的其实是对制造原子弹进行有效的国际管制。
在这场国会辩论期间，奥本海默正式辞去了洛斯阿拉莫斯的领导职务。1945年10月16日，台地上专门为此举办了一个颁奖典礼，人们几乎悉数到场，成千上万人聚在一起向他们41岁的领导道别。就在奥本海默起身致辞之前，多萝西·麦基宾简短地和他打了个招呼。他没有事先准备发言，麦基宾说：“当时他眼神呆滞，就像他陷入沉思时的样子。后来，我才意识到，在那几分钟里，奥本海默一直在准备他的获奖感言。”几分钟后，在新墨西哥州的烈日下，坐在讲台上的奥本海默起身接受格罗夫斯将军送来的嘉许状。他用低沉、平静的声音表达了自己的希望，他希望在未来的岁月里，参与实验室工作的每个人在回忆自己的成就时都能感到骄傲。但是他又严肃地警告说：“今天，还不能太骄傲，有些事情让人深感担忧。如果原子弹被一个好战的世界用于扩充军备，或者被一个备战的国家用来武装自己，那么洛斯阿拉莫斯和广岛的名字将会受到世人的诅咒。”
他接着说：“世界各国人民必须团结起来，否则就会走向灭亡。这场让世界饱受蹂躏的战争告诉了我们这一点。原子弹已经向世人讲明了这些道理。在别的时代、别的战争中使用其他武器的时候，也有人这样说过，但是这些话并未引起注意。有些人被错误的历史观误导，至今仍不愿承认这是事实。我们不该作如是观。在这个共同的危险面前，我们决心通过自己的努力，让全世界在法律监督和人道关怀上更加团结一心。”
他的话让“山上”的许多人感到安心，尽管他曾出人意料地支持“梅-约翰逊法案”，但他仍然是他们中的一员。“那天他就是我们，”一位洛斯阿拉莫斯的居民写道，“他在对我们讲话，也在替我们讲话。”
那天早上和他一起坐在讲台上的是加州大学伯克利分校校长罗伯特·戈登·斯普劳尔。斯普劳尔被奥本海默直白的讲话震惊了，在致辞间隙，他们私下的谈话更让他感到不安。斯普劳尔此行的目的是让奥本海默回心转意，回到伯克利。他知道奥本海默心中有不满情绪。9月29日，奥本海默给他写信说，他对自己的未来犹豫不决。其他几所大学也向他提供了终身教职，薪水是他在伯克利的两三倍。而且，尽管他在伯克利已经待了很长时间，但他还是觉察到“校方对我信心不足，这肯定是因为我过去的不当行为”。奥本海默所说的“不当行为”指的是他代表教师工会参加的政
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