“奥本海默出过红疹子，现在他已经免疫了”
他（奥本海默）觉得自己就是上帝。
——菲利普·莫里森
奥本海默开始在加州理工学院教授物理课，但他其实心不在焉。“我确实开了一门课，”他后来说道，“但我现在已经记不清当时是怎么上课的了……经历了战争中的巨变，教学也不再那么有吸引力了……我总被打扰，而且老是分心，因为我在琢磨别的事情。”实际上，他和姬蒂一直未在帕萨迪纳定居。姬蒂依然住在伊格尔希尔的房子里，奥本海默来回通勤，他每周有一两个晚上住在老朋友理查德和露丝·托尔曼家后院的客房里。但从华盛顿打来的电话一直没断过，随着时间的流逝，事实证明这样的安排有诸多不便。1946年春末，奥本海默正忙着在华盛顿、纽约和洛斯阿拉莫斯之间奔走协商，就在这个时候他宣布自己打算秋季恢复在加州大学伯克利分校的教职。
尽管“巴鲁克计划”在道义和策略上的惨败让奥本海默和利连索尔感到泄气，但是他们两人仍在一起努力。10月23日，联邦调查局无意中听到两人在讨论原子能委员会的人选。该委员会是根据8月1日通过的《麦克马洪法案》设立的。奥本海默对他的这位新朋友说：“我得告诉你一件事，在今晚之前我一直没找到合适的机会，我想说自从上次见到你，在这个令人沮丧的世界上，我并没有变成一个意志消沉的人。利连索尔，我简直无法形容我多么钦佩你正在做的一切，以及它对我产生了多大的影响。”
利连索尔向他表示了感谢，然后说：“我想我们会控制住这个该死的东西的。”
那年秋天，杜鲁门总统任命利连索尔为原子能委员会主席，根据国会的要求，为了协助原子能委员会的委员们工作，他成立了一个总顾问委员会（GAC）。尽管杜鲁门不喜欢奥本海默，但是这样一个委员会很难将这位“原子弹之父”拒之门外。因此，在听取了众多顾问的建议后，杜鲁门任命了奥本海默、伊西多·拉比、格伦·西博格、恩里科·费米、詹姆斯·科南特、西里尔·史密斯、哈特利·罗（洛斯阿拉莫斯的一位顾问）、胡德·沃辛顿（杜邦公司负责人）及最近被任命为加州理工学院校长的李·杜布里奇。杜鲁门让这些人自行选出总顾问委员会主席。但是，当一篇新闻报道错误地暗示科南特将担任总顾问委员会主席时，姬蒂怒气冲冲地问奥本海默，为什么他没有被任命为总顾问委员会主席。奥本海默向妻子保证：“这件事无关紧要。”事实上，杜布里奇和拉比正在幕后悄悄地为奥本海默游说。到1947年1月初总顾问委员会召开第一次正式会议时，人选问题已经解决。会议当天，奥本海默受暴风雪的影响姗姗来迟，他到达现场后才得知委员们一致推选他为主席。
至此，奥本海默对苏联和美国的立场都不再抱有幻想。两国似乎都不准备采取必要的措施来避免核军备竞赛。一方面幻想逐一破灭，另一方面他又肩负了新的使命，在这种情况下奥本海默的看法也开始转变。那年1月，汉斯·贝特来伯克利看望他，奥本海默在几次长谈中承认，他已经“对苏联人同意核管制方案不抱任何希望了”。苏联的态度似乎没有回旋的余地，他们禁止使用核弹的提议似乎只有一个目的，那就是“立即剥夺美国唯一可以阻止苏联人进入西欧的武器”。贝特对此表示同意。
那年春天晚些时候，作为总顾问委员会主席，奥本海默利用自己的影响力让美国的谈判立场变得更加强硬。1947年3月，他飞到华盛顿，艾奇逊向他介绍了即将公布的杜鲁门主义。奥本海默后来作证时说：“他想让我清醒地认识到，我们与苏联的关系正转入敌对状态，无论我们在核谈判中做什么，都应该谨记这一点。”奥本海默几乎毫不犹豫地采纳了这个建议。不久之后，他会见了弗雷德里克·奥斯本，他是联合国原子能谈判中美方代表伯纳德·巴鲁克的继任者。令奥斯本惊讶的是，奥本海默告诉他，美国应该退出联合国谈判。奥本海默说，苏联人永远不会同意任何可行的方案。
随着冷战的兴起，奥本海默对苏联的态度也随之发生变化。根据他自己的说法，在二战期间，他的左翼国际主义热情已经日渐消退。斯大林在1946年2月9日的一次演讲也让他感到担忧，和大多数西方观察家一样，奥本海默认为这次演讲反映出苏联担心自己被“被包围，以及他们想时刻保持警惕和重新武装起来”。此外，他还了解到苏联在二战时的间谍活动情况，这也让他感到沮丧。据联邦调查局的一名线人透露，奥本海默1946年在华盛顿听取了一份简报，他回来后“情绪非常低落”。这名线人被称为“T-1”，是加州大学伯克利分校的一名行政人员。T-1还报告说，某位政府官员“向奥本海默提供了有关共产党阴谋活动的‘真实情况’，结果奥本海默对共产主义彻底失望了”。
奥本海默听取的简报事关一桩加拿大间谍丑闻，起因是苏联驻加拿大大使馆的译电员伊戈尔·古琴科叛逃，由此导致英国物理学家艾伦·纳恩·梅被捕，他在蒙特利尔为苏联从事间谍活动。这位科学家确凿的“变节行为”让奥本海默彻底
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