无稽之谈，但这是成为一个完整的人的必经之路。如果没有这姗姗来迟又不可或缺的一课，我根本不可能完成洛斯阿拉莫斯的任务。”
在《时代》杂志的报道发表后不久，奥本海默的好友兼律师赫伯特·马克斯写信向他表示祝贺，他认为这篇文章“相当不错”。马克斯在信中评论道：“你那段‘预审辩护’实在太棒了！”他很可能指的是文中奥本海默解释自己左翼过去的那段话。奥本海默回信说：“我唯一喜欢的地方就是你挑出来的那一点，我抓住了一个我一直在寻找的机会，但之前都没有这样合适的时机。”马克斯的妻子安妮·威尔逊（奥本海默的前任秘书）担心《时代》杂志的报道会招致批评。奥本海默自己也不太确定这件事是好是坏。“在最初的一两周，”他写道，“我忐忑极了，不过后来我自嘲地说没准这是一件好事呢，于是我不再纠结。”
奥本海默或许曾以为自己能免遭国会的调查，但在1949年春，非美活动调查委员会对加州大学伯克利分校的辐射实验室启动了一项关于核间谍活动的重大调查。不仅弗兰克，奥本海默本人也是潜在的被调查对象。奥本海默教过的四名学生——戴维·玻姆、乔瓦尼·洛马尼茨、马克斯·弗里德曼和约瑟夫·温伯格——都收到了出面作证的传票。调查委员会的调查人员获悉，温伯格曾在1943年被窃听到与史蒂夫·纳尔逊谈论过原子弹。尽管这些证据表明温伯格参与了核间谍活动，但调查委员会的律师明白，未经许可的窃听记录在法庭上是站不住脚的。1949年4月26日，非美活动调查委员会让温伯格与史蒂夫·纳尔逊当面对质。温伯格断然否认曾见过纳尔逊，调查委员会的律师们知道温伯格做了伪证，但要证明这一点并不容易。他们希望借助玻姆、弗里德曼和洛马尼茨的证词来立案。
玻姆不确定他是否应该作证，而且即便作证的话，他也不知道是否应提供涉及他朋友的证词。爱因斯坦竭力主张拒绝作证，哪怕这样做会面临牢狱之灾。“你可能得在里面待上一阵子。”这位科学家告诉他。玻姆不想引用《宪法第五修正案》来拒绝作证。他的理由是，身为一名共产党员并不是违法行为，所以他不会因此受到牵连。他想的是只同意为自己的政治活动作证，拒绝为他人作证。得知洛马尼茨也收到了类似的传票后，玻姆联系了这位正在纳什维尔教书的老友。战后，洛马尼茨的日子过得很艰难：每次他找到一份不错的工作，联邦调查局就会通知他的雇主，说他是共产党员，然后他就会被解雇。虽然他的前途看似尤为不妙，但他还是筹措了路费去普林斯顿与玻姆见面。
洛马尼茨到普林斯顿后不久，他正和玻姆走在拿骚街上时，奥本海默从一家理发店里走了出来。虽然奥本海默多年未见洛马尼茨，但他们一直保持着联系。1945年秋，他写信给洛马尼茨：“亲爱的洛马尼茨：我很高兴收到你的长信，但信的内容让人非常难过。如果你回美国，有空的时候请来找我……这是一段艰难的时期，对你来说尤为如此，但请坚持住——不会一直这样下去的。致以温暖、美好的祝愿，奥比。”在与奥本海默寒暄之后，玻姆和洛马尼茨解释了他们的困境。据洛马尼茨说，奥本海默变得激动起来，突然喊道：“哦，我的老天，这下全完了。非美活动调查委员会里有联邦调查局的人。”洛马尼茨认为这简直是“妄想症”。
但是奥本海默的担心并非多余，他也收到了在非美活动调查委员会作证的传票，他还碰巧知道该委员会的一名成员——伊利诺伊州国会议员哈罗德·维尔德确实是联邦调查局前特工，二战时他曾在伯克利调查过辐射实验室。
后来谈到这次与自己学生的邂逅时，奥本海默说他们不过就聊了两分钟而已。他说他只是建议他们“说实话”，而他们的回应是“我们不会撒谎”。最终，玻姆先后于1949年5月和6月两次在非美活动调查委员会作证。他的律师是赫赫有名的公民自由律师克利福德·杜尔，在杜尔的建议下，玻姆引用了《宪法第一修正案》和《宪法第五修正案》，表示拒绝合作。当时，他任教的普林斯顿大学发表了一份声明支持玻姆。
1949年6月7日，奥本海默出席了非美活动调查委员会的闭门会议，共有6名国会议员对他进行了质询，其中包括众议员理查德·M.尼克松（当时他是加州的共和党众议员）。表面上，奥本海默是以原子能委员会总顾问委员会主席的身份出席会议，但这些冷酷的国会议员对核武器政策并不感兴趣，他们只关心核间谍问题。尽管奥本海默有些担心自己的处境，但他不想表现得心存戒备，于是他决定不带私人律师出席。相反，他带来了约瑟夫·沃尔普，还专门提到沃尔普的身份是原子能委员会的总法律顾问。在接下来的两个小时里，奥本海默表现得既配合又坦率。
非美活动调查委员会的律师首先声明，委员会并不是想要他难堪。可是他们的第一个问题就是：“你知道辐射实验室的一些科学家组成了一个共产党小组，对吗？”奥本海默说自己对此一无所知。然后他们要奥本海默谈谈他那些学生的政治活动和立场。他否认在战前就知道温伯格是共产党员。“战争
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