从没对奥本海默博士或任何人说过我曾是共产党员，因为我的确不是，但我确实说过我非常钦佩他们抵抗纳粹的英勇斗争……我也敬佩那些死在达豪集中营的英雄。”彼得斯承认，即使到现在，他也是“非正统的”的政治立场，他强烈反对种族歧视，认为“社会主义令人向往”，但他并不是共产党员。
当天，彼得斯给奥本海默写了一封信并附上了报纸的剪报，他问奥本海默是否确实在非美活动调查委员会面前说过这些话。“你说得对，我确实主张对法西斯独裁者采取‘直接行动’。但是你凭什么说我支持在一个自由的民选国家里采取这样的行动？”他还问道：“你从哪里得知我参加过巷战这么富有戏剧性的故事？我倒是希望我参加过。”彼得斯非常愤怒，他问自己的律师是否有充分的理由“以诽谤罪起诉奥本海默”。
5天后，也就是6月20日，奥本海默给彼得斯的律师索尔·利诺维茨打了个电话，还让他给汉娜·彼得斯传口信说：他想让伯纳德·彼得斯知道，报纸的报道让他“非常不安”，他坚持认为这篇报道歪曲了他对调查委员会所说的话。奥本海默说他急切盼望着和伯纳德·彼得斯谈谈。
很快，奥本海默就收到了他弟弟弗兰克还有汉斯·贝特和维克托·魏斯科普夫的来信，他们都对奥本海默竟以这种方式攻击朋友表示难过和震惊。魏斯科普夫和贝特都在信中说，他们不明白他怎能这样污蔑彼得斯。正如魏斯科普夫所说，他们都敦促他“澄清事实并尽其所能阻止彼得斯被解雇……”贝特在信中写道：“我记得你跟我谈起彼得斯夫妇时口气非常友好，他们当然也把你当作自己的朋友。你怎么能把他逃离达豪集中营说成他有可能采取‘直接行动’的证据，这难道不是他在性命攸关时为了保命吗？”
爱德华·康登也对此事感到愤怒和“难以言喻的震惊”，奥本海默在哥廷根大学求学时他们就是朋友，他还在洛斯阿拉莫斯短暂地担任过奥本海默的副手。彼时，康登是美国国家标准局局长，他时不时也会成为国会右翼势力的攻击对象。1949年6月23日，他在给妻子埃米莉的信中说：“我确信罗伯特·奥本海默正逐渐失去理智……如果奥比真的昏了头，考虑到他的位置，这可能会导致非常复杂的后果，况且他还是《艾奇逊-利连索尔报告》的发起人……如果他当真崩溃了，那肯定是个大悲剧。我只希望他不要拖累太多人。彼得斯说奥比关于他的证词是彻头彻尾的谎言，而奥比明明知道事实真相。”
康登告诉他的妻子，他从普林斯顿的人那里听说：“奥比在过去几周一直处于非常紧张的状态……他似乎精神压力很大，因为他害怕自己会受到攻击。当然，他知道自己有很多参与左翼活动的记录，而且针对伯克利那些人翻出的陈年旧事也牵连到他……看来他是想通过告发别人来换取自己安然无事……”
心灰意冷的康登随后给奥本海默写了一封措辞严厉的信：“我一直失眠，因为我弄不明白你怎么能这样诋毁一位老相识，你对他的情况一清二楚，你知道他是一位多么优秀的物理学家和好公民。别人会觉得你太傻了，以为通过告密就能换来豁免权。我多希望这一切不是真的。你很清楚，一旦这些人决定调查你的档案并将其公之于众，那会让迄今为止‘曝光的事情’都显得微不足道。”
几天后，弗兰克·奥本海默带着彼得斯去看望他正在伯克利访问的哥哥。后来彼得斯在给魏斯科普夫的信中描述了这次会面：“我与奥本海默的谈话令人绝望。起初，他拒绝告诉我报纸上的报道是否属实。”当彼得斯坚持要知道真相时，奥本海默证实了报纸对他证词的报道。“他说这是一个可怕的错误。”彼得斯写道。奥本海默试图解释说，他当时还没有准备好回答这些问题，直到现在，看到自己的话被印成白纸黑字，他才意识到他所说的话有多么大的破坏力。彼得斯问奥本海默为什么在普林斯顿见面时说了谎，奥本海默“满脸通红”地说他自己也没法解释。彼得斯坚持认为奥本海默之前误解了他说的话。虽然彼得斯说他确实在德国参加过共产党的露天集会，但他发誓自己从未真正加入过共产党。
奥本海默同意给罗切斯特那份报纸的编辑写一封信，更正他在非美活动调查委员会的证词。在这封发表于1949年7月6日的信中，奥本海默解释说，彼得斯博士近期向我“有力地反驳了”他曾是共产党员或曾主张以暴力推翻美国政府的说法。“我相信他的声明。”奥本海默说。他接着为言论自由进行了热情的辩护：“无论持有多么激进的政见，也无论如何表达这些政见，都不能剥夺一位科学家在科学事业中的远大前程……”
彼得斯认为这封信是“一堆没什么用的外交辞令”。尽管如此，它还是成功挽救了他在罗切斯特大学的工作。不过，他很快就意识到，如果没有机会接触到那些保密的研究和政府的研究项目，他在美国的职业生涯就是死路一条。1949年年底，当他表示打算前往印度时，美国国务院拒绝发放护照给他。第二年，美国国务院的态度有所缓和，彼得斯接受了孟买的塔塔基础科学研究所的一个教职。1955年当美国国务院又拒绝给他换
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