月29日飞回纽约时，联邦调查局探员上前与他搭话，要求他和他们去机场航站楼的一个房间。奥本海默同意了，但坚持要他的妻子也在场。奥本海默夫妇进入房间后，探员们直截了当地问他，在维尔京群岛是否有苏联特工接近他们并让他们叛逃。奥本海默说，苏联人“就算都是该死的白痴”，他也不认为他们“会白痴到跑来向他提出这样的建议”。他还主动说，如果发生这种事，他会立即通知联邦调查局。经历短暂的审问后，奥本海默一家离开了机场。探员们一直跟踪他们的车到了普林斯顿，第二天联邦调查局又给他们家的电话装上了监听器。
令人难以置信的是，1955年3月，也就是奥本海默离开圣约翰岛6个月后，联邦调查局派出了另一组探员前往该岛，他们四处询问当地居民，奥本海默在岛上时都与谁交谈过。
国外的舆论质疑这次审判，欧洲的知识分子认为这进一步证明失去理智的恐惧正笼罩着美国。“那些拥有独立的创新思维的人如何在这样的氛围中生存？”英国主要的自由主义周刊《新政治家与国家》的R.H.S.克罗斯曼问道。在巴黎，当希瓦利埃收到奥本海默亲自寄给他的听证会记录副本时，他向安德烈·马尔罗大声朗读了部分内容。两人对奥本海默面对审讯者时令人费解的被动顺从感到震惊。让马尔罗尤其感到不安的是，奥本海默毫无顾忌地回答了那些有关他朋友和同事政治立场的提问。听证会把他变成了告密者。马尔罗告诉希瓦利埃：“问题是他从一开始就接受了指控者提出的条件……他应该一开始就告诉他们：‘我就是原子弹！’他应该坚持自己的身份是原子弹的制造者，他是科学家，不是告密者。”
起初，奥本海默似乎注定要成为一颗弃子，至少在主流圈子里他找不到容身之地。近10年来，他不仅是一位著名的科学家，还曾是一个无处不在、举足轻重的公众人物，现在他却突然消失了，他还活着但销声匿迹。罗伯特·科赫兰后来在《生活》杂志上写道：“1954年的安全听证会之后，这个公众人物就不复存在了……他曾是全世界最著名的人物之一，人们无比钦佩他，他的话被到处引用，他的照片随处可见，人们喜欢向他请教，给他戴上光环，几乎把他奉若神明，因为他代表了一种全新的、光彩照人的英雄，是科学和智慧的英雄，是崭新的原子时代的缔造者和形象代言人。然后，突然间，所有的光环都不见了，他也消失了……”在新闻媒体上，泰勒取代了奥本海默，成了科学家参与政治的代表人物。杰里米·贡德尔写道：“20世纪50年代，对泰勒的赞美或许不可避免地伴随着对他的主要对手——罗伯特·奥本海默——的污蔑。”
虽然奥本海默被逐出了政界，但他很快就被自由派视为一种象征，他象征着共和党所有的过失。那年夏天，《华盛顿邮报》刊登了由该报助理执行主编艾尔弗雷德·弗兰德利撰写的一系列文章，联邦调查局认为这些文章“偏袒奥本海默”。在一篇题为“不可思议的奥本海默听证会处处是戏”的文章中，弗兰德利称听证会是“亚里士多德式的经典戏剧”，“丰富多彩堪比莎士比亚的作品”，“就像埃里克·安布勒的间谍小说”，“情节比《乱世佳人》还要错综复杂”，而且“出场人物有《战争与和平》的一半之多”。
许多美国人开始把奥本海默视为科学家中的殉道者、麦卡锡主义泛滥时期的受害者。1954年年底，哥伦比亚大学邀请他在校庆200周年之际发表演讲，这次演说向全国听众进行了广播，他在其中传达的信息既凄凉又悲观。早些时候，他在英国广播公司的“里斯讲座”中赞扬了科学对人类社群发展的价值，现在他却在谈论知识分子孤立无援的境况，民众激烈的情绪风暴让他们举步维艰。他说：“在这个世界上，我们每个人都要知道自己的局限，知道肤浅的罪恶，每个人都必须紧紧抓住身边的一切——他的所知、他的所能、他的朋友、他的传统和他之所爱，以免在普遍的混乱中失去自己，无所知，也无所爱……如果有人告诉我们，他与我们看法不同，或者他发现的美却是我们眼中的丑，我们也许会转身就走，仅仅因为不想劳神或嫌麻烦……”
几天后，数百万美国人观看了爱德华·R.默罗在《现在请看》中对奥本海默的采访，这是一档向全国播出的电视节目。奥本海默本来并不想上这个节目，在最后一刻他还打了退堂鼓。默罗所在电视台也对这次采访满怀疑虑，但是这位著名的主持人还是说服了奥本海默在普林斯顿高等研究院他的办公室里接受了录像采访。
默罗将他与奥本海默两个半小时的谈话剪辑成了25分钟的片段，并在1955年1月4日的节目中播出。奥本海默借这个机会谈保密政策的不利影响，他说：“保密的问题在于它让政府将整个社会的智慧和资源拒之门外……”默罗从未直接提到安全听证会，毫无疑问，这是因为奥本海默强调了在节目里不要涉及此事。取而代之的是，他委婉地问奥本海默，科学家们是否已经与政府渐行渐远。奥本海默拐弯抹角地回答说：“他们乐于被叫来提供意见，每个人都希望别人尊重他们的学识。我想，当政府在你的专业领域胡作
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