炸。爆炸后，一支由大小不一的废弃海军船只组成的舰队有的被炸沉，有的暴露在致命的核辐射中。来自包括苏联在内的许多国家的国会议员、记者和外交官目睹了这次核爆演示。奥本海默和许多科学家都接到了现场观摩的邀请，但是他引人注目地缺席了这次活动。
就在两个月前，奥本海默的挫败感与日俱增，他那时就已决定不参加比基尼的核试验。1946年5月3日，他给杜鲁门总统写了一封信，表面上他是在解释自己的决定，然而他真实意图是挑战杜鲁门进行该项实验的全部理由。他首先简述了自己的“疑虑”，并声称在科学家中这些担心哪怕“不是人人都有也极其普遍”。其次，他以令人震惊的推理过程彻底推翻了整个比基尼核试验计划。他认为，如果像所说的那样，试验的目的是确定核武器在海战中的威力，那么答案显而易见：“如果一颗原子弹离一艘船足够近，哪怕是一艘主力舰，它也能将其击沉。”只要确定炸弹需要离船多近就可以了，这完全可以从数学计算中推导出来。计划中的核试验随随便便就可能花掉1亿美元，奥本海默解释说：“花不到百分之一的费用就可以获得更多有价值的信息。”
同理，如果这项试验是想获得核辐射对海军装备、补给和动物的影响的科学数据，那么通过“简单的实验室方法”可以更便宜、更准确地获得这些信息。奥本海默写道，该项核试验的支持者认为：“我们必须为可能发生的核战争做好准备。”但是，如果这是该试验背后的真正目的，那么肯定每个人都明白“轰炸城市才能体现出核武器的巨大威力”。相比之下，“详细测定核武器对海军舰艇的破坏力似乎无关紧要”。信中最后提到的一点无疑是奥本海默表示反对的最主要原因，他质疑“在我们积极消除国家核军备的计划刚刚起步时，进行纯粹的军事核试验是否合适”。（比基尼核试验几乎是与巴鲁克在联合国的演讲同时进行的。）
奥本海默最后说，他本可以接受总统委托，实地考察比基尼核试验，但或许总统会认为“我在试验结束后提交一份批评整个试验的报告是非常不合时宜的”。他写道，在这种情况下，也许他能在其他地方更好地为总统效劳。
如果奥本海默认为他的信可以说服杜鲁门推迟或取消比基尼核试验，那他就错了。总统并没有关注奥本海默信中的异议，而是想起了他与奥本海默的第一次会面。这封信冒犯了杜鲁门，他把它转交给代理国务卿迪安·艾奇逊时还附上了一份短笺，他称奥本海默就是那个“哭哭啼啼的科学家”，之前他还声称自己的双手沾满了鲜血。他还写道：“我认为他在这封信中为自己编造了一个托词。”杜鲁门误会了。奥本海默的信实际上是一份个人的独立宣言，通过这封信，他进一步与美国总统划清了界限。