危机持续不断，在我看来，很难找到一个所谓更合适的时间。”拉比刚刚被授予诺贝尔物理学奖，以表彰他“用共振法记录了原子核的磁特性”。奥本海默向他表示祝贺：“这个奖颁给一个已经度过青春期而不是刚进青春期的人，真是太好了。”
虽然行政事务缠身，奥本海默仍偶尔抽出时间写些私人信件。1944年春，他给一个德国难民家庭写了一封信，这个家庭能逃离欧洲离不开奥本海默的帮助。1940年，奥本海默给了迈耶斯一家（一个母亲和四个女儿）一笔钱用来支付他们到美国的费用，那时对他来说，他们都只是陌生人。4年后，迈耶斯夫妇把钱还给了奥本海默，并自豪地告诉他，他们已经成为美国公民。奥本海默回信说，他理解他们所说的“骄傲感”，并感谢他们还钱：“我希望这没给你们造成压力……”然后他提出，如果他们以后需要，他还会把钱还给他们。（多年后，迈耶斯家的一个女儿写信表示感谢说：“1940年，你把我们一家带到这里，我们这才能活下来。”）对奥本海默来说，把迈耶斯一家从纳粹的魔掌中解救出来有重要的意义。首先，此举延续了他之前的反法西斯活动，而且在政治上毫无争议，这让他感觉良好。其次，这个小小的慷慨之举是一种意义深远又令人欣慰的提醒，提醒着他为什么要争取在这场制造杀人武器的竞赛中取得胜利。
奥本海默本身就是一个争强好胜的人。躁动不安是其性格的一部分，至少弗里曼·戴森是这么认为的，他在二战后结识了奥本海默并对他钦佩有加，当时戴森还是一位年轻的物理学家。他认为躁动不安也导致了奥本海默的人生悲剧：“那种不安分驱使他取得了伟大成就，让他完成了在洛斯阿拉莫斯的使命，但也令他无法停下来歇息或反思。”
“只有一个人停了下来，”戴森写道，“那个人是来自利物浦的约瑟夫·罗特布拉特……”罗特布拉特是波兰物理学家，战争爆发时，他被困在英国。詹姆斯·查德威克把他招募进英国的核弹计划，他于1944年年初到了洛斯阿拉莫斯。1944年3月的一个晚上，罗特布拉特经历了一次“令人不快的冲击”。格罗夫斯将军到查德威克家吃晚饭，在饭桌上随便开玩笑的时候，他说：“你们肯定知道，这个计划的主要目的是制服苏联人。”当时，罗特布拉特惊呆了。他对斯大林没抱任何幻想，毕竟苏联入侵了他深爱的波兰。但是每天都有成千上万的苏联人死在东线战场上，罗特布拉特有一种遭到背叛的感觉。“在那之前，我一直以为我们的工作是阻止纳粹获胜，”他后来写道，“但现在我被告知，我们制造的武器是用来对付那些为实现这个目标而做出巨大牺牲的人。”1944年年底，盟军在诺曼底海滩登陆6个月后，欧洲的战争显然很快就会结束。罗特布拉特认为没有必要继续研制用来打败德国人的武器。1944年12月8日，在欢送派对上与奥本海默道别后，他离开了洛斯阿拉莫斯。
1944年秋，苏联人收到了第一份直接来自洛斯阿拉莫斯的情报报告。有两名间谍躲过了陆军反间谍机构的监视，他们分别是拥有英国国籍的德国物理学家克劳斯·福克斯，以及19岁的青年特德·霍尔，早慧的他当时已经获得哈佛大学物理学学士学位。霍尔于1944年1月下旬来到了洛斯阿拉莫斯，福克斯则是8月鲁道夫·佩尔斯率领的英国团队中的一员。
福克斯出生于1911年，在一个德国贵格会教徒家庭长大。他勤奋好学，充满理想主义，1931年在莱比锡大学学习期间，他加入了德国社会民主党，同年，他的母亲自杀身亡。1932年，由于对纳粹日益增长的政治实力感到担忧，福克斯与社会主义者分道扬镳，加入了更加积极抵制希特勒的共产党。1933年7月，他逃离了希特勒统治下的德国，到英国政治避难。在接下来的几年间，他的许多家人都被纳粹政府杀害。他的兄弟逃到了瑞士，但妻儿都留在了德国，后来死在了集中营里。他的父亲因“煽动反政府罪”被送进监狱。1936年，他的妹妹伊丽莎白在丈夫被捕并被送进集中营后自杀。因此，福克斯完全有理由仇视纳粹。
1937年，在布里斯托尔大学获得物理学博士学位后，福克斯获得了研究生奖学金，与奥本海默以前的导师马克斯·玻恩教授一起工作，玻恩当时正在爱丁堡教书。战争开始后，福克斯被当作敌国侨民关押在加拿大，为了帮助他获释，玻恩教授作证说“年轻一代物理学家中，像他这样有才华的不过两三个”。他和其他数千名反纳粹的德国难民于1940年年底被释放，福克斯获准回到英国继续之前的工作。尽管英国内政部对他与共产党的过往了如指掌，但是到1941年春，福克斯已经在与佩尔斯和其他英国科学家一起从事高度机密的“合金管工程”。1942年6月，福克斯获得了英国公民身份，那时，他已经在向苏联传递有关英国核弹计划的情报。
当福克斯抵达洛斯阿拉莫斯时，奥本海默和其他人都没有怀疑过他是苏联间谍。1950年福克斯被捕后，奥本海默告诉联邦调查局，他认为福克斯是基督教民主联盟的成员，肯定不是“政治狂热分子”。贝特认为福
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