纷点头的时候，一直保持沉默的马歇尔将军突然警告说，不要过分相信任何核查机制的有效性。苏联显然“最令人担心”。
马歇尔的声望很高，没什么人会质疑他的判断。但奥本海默有一个想法，那也是玻尔的想法，现在他要平和地力劝这位受人尊敬的将军接受他的想法。他承认没人知道苏联人究竟在核武器领域走到了哪一步，但他仍然“希望科学家之间因共同兴趣而结成的友好关系有助于解决这个问题”。他指出：“苏联对科学的态度一直很友好。”奥本海默建议，或许我们应该开始和他们进行试探性的讨论，并说明我们取得的进展，但“无须向他们透露我们工作的细节”。
他说：“我们可以说，美国为这个项目付出了巨大的努力，我们希望与他们在这个领域进行合作。”奥本海默最后说，他“强烈认为，我们不应该在这个问题上对苏联的态度有先入之见”。
有些令人意外的是，奥本海默的声明反而激起了马歇尔为苏联人辩护的热情。他说，长期以来莫斯科和华盛顿之间的关系就是一部指控和反指控的历史，但是“大多数指控都被证明是毫无根据的”。在原子弹问题上，马歇尔说，他“确信，我们不必担心如果苏联人得知这个项目会把消息泄露给日本人”。马歇尔并没想对苏联人隐瞒核弹的秘密，而是“提出了一个问题——是否有必要邀请两位著名的苏联科学家到试爆现场观摩”。
听到这个国家的最高军事官员说出这样的话，奥本海默当时一定很高兴。但是他很快就又沮丧起来，因为杜鲁门在临时委员会的代表詹姆斯·伯恩斯强烈抗议说，如果真这样做了，他担心斯大林会进一步要求参与原子弹计划。在这份干巴巴、冷冰冰的官方会议记录里，细心的读者仍从字里行间看出双方发生了争论。万尼瓦尔·布什指出，就连英国人“也没有一张我们工厂的图纸”，所以即使不给苏联人核弹的工程设计图，我们也可以告诉他们很多关于这个项目的信息。事实上，奥本海默和在场的所有科学家都明白，这样的信息不可能保密太久。许多物理学家很快就会知道核弹的物理学知识，这是必然的。
但是伯恩斯已经开始将核弹视为美国的外交武器。这位即将上任的国务卿对奥本海默和马歇尔的观点置若罔闻，他坚称他们必须“尽快推进（原子弹）生产和研究，以确保我们的领先地位，与此同时，还要尽一切努力改善我们与苏联的政治关系”。会议记录显示，伯恩斯的观点“得到了在场所有人的普遍认同”。然而，奥本海默（当然也包括在座的许多人）都明白，如果他们急于在核武器方面“保持领先地位”，就肯定会推动苏联与美国展开军备竞赛。伯恩斯这种自相矛盾的观点简直令人目瞪口呆，但是阿瑟·康普顿还企图粉饰太平，他强调通过“不受限制的研究”保持美国领先地位及同时和苏联达成“合作谅解”都很重要。得出这个模棱两可的结论后，委员会于下午1点15分休会，之后是一小时的午餐时间。
午餐时，有人提出了对日本使用原子弹的问题。虽然没有任何书面记录，但是当正式会议复会时，大家仍在讨论即将进行的轰炸可能造成的影响。史汀生一贯对各种决策的政治影响非常谨慎，为了让讨论可以继续，他调整了会议议程。有人说，比起那年春天对几座日本城市发动的大规模轰炸，一颗原子弹的威力大不到哪里去。奥本海默似乎同意这一说法，但他补充说：“原子弹爆炸时将看起来极为惊人，随之而来的是一片耀眼的光亮，它的高度可达10 000~20 000英尺。爆炸中释放的中子至少对离它三分之二英里内的生命会构成威胁。”
在讨论了“各种类型的爆炸目标及其后果”后，史汀生部长进行了总结，他的总结似乎代表了与会者的普遍共识：“……我们不能给日本人任何预警，我们也不会把平民区作为目标，但是我们应该尽可能让更多的当地居民留下深刻的心理印象。”史汀生说，他同意詹姆斯·科南特的建议，“最理想的目标是一个有许多工人的重要军工厂，而且紧邻工人住宅”。于是，作为哈佛大学校长，詹姆斯·科南特用这种委婉的说法选择将平民作为世界上第一颗原子弹的目标。
奥本海默对轰炸目标的选择没有表示异议，相反，他似乎还提出是否可以同时发动多处袭击，他认为多点核弹轰炸“是可行的”。格罗夫斯将军否决了这个想法，接着抱怨说，这个项目“从一开始就受到某些科学家的干扰，这些科学家的判断力和忠诚度都值得怀疑”。格罗夫斯想到了利奥·西拉德，他刚刚得知西拉德曾试图与杜鲁门会面，并劝说总统不要使用原子弹。在格罗夫斯发表评论之后，会议记录表明，与会者“同意”在原子弹投入使用后采取措施把这些科学家剔除出该项目。奥本海默似乎默许了这种清洗行动。
最后，有人问科学家可以向自己的同事透露哪些临时委员会讨论的内容，提问的人可能就是在场的科学家之一。委员会同意出席会议的4名科学家“可以自由地”告诉他们的同仁，他们与一个由战争部长主持的委员会进行了磋商，他们享有“充分的自由，可以就该议题的方方面面发表自己的看法”。讨论到此为止
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