，会议于下午4点15分休会。
在这场关键的讨论中，奥本海默的态度显得暧昧不明。他不遗余力地宣传玻尔的观点，认为应该及时告知苏联人即将出现的新武器。他甚至说服了马歇尔将军，但是伯恩斯成功地阻挠了这一提议。另外，当格罗夫斯将军明确表示要解雇西拉德这样持不同意见的科学家时，他显然觉得保持沉默是明智之举。而且，当科南特委婉地提出他所谓的“军事目标”——“一个有许多工人的重要军工厂，而且紧邻工人住宅”时，奥本海默既没提出其他选择，更没有进行抨击。尽管他明确支持玻尔关于“开放世界”的想法，但最终他在讨论中一无所获，只是默许了一切。没有人知会苏联人曼哈顿计划的具体情况，以及原子弹将在日本的一座城市无预警爆炸。
与此同时，在西拉德的鼓励下，芝加哥的一群科学家组织了一个关于原子弹的社会和政治影响的非正式委员会。1945年6月初，该委员会的几位成员起草了一份12页的文件，后来这份文件被命名为“弗兰克报告”，因为诺贝尔物理学奖得主詹姆斯·弗兰克是该委员会的主席。报告的结论是，无论从何种角度来看，用原子弹对日本发动突然袭击都是不可取的：“如果一个国家能秘密制造并突然使用像（德国）火箭弹那样滥杀滥伤且破坏力还要大百万倍的武器，那么全世界都会怀疑它是否如其所说的那样希望通过国际条约来消除此类武器。”这份文件的签署者建议在联合国代表面前展示这种新武器，地点可以选在沙漠或荒岛。弗兰克带着报告去了华盛顿，但是那里有人骗他史汀生不在华盛顿。杜鲁门从未看到过《弗兰克报告》，它被军方没收并列为机密。
洛斯阿拉莫斯的科学家们与芝加哥的那些人形成了鲜明的对比，他们正心急火燎地争取尽快测试内爆式钚弹，几乎无暇考虑如何或该不该在日本使用他们的“小装置”，而且他们也觉得可以信赖奥本海默的判断。作为《弗兰克报告》的七个签字人之一，冶金实验室的生物物理学家尤金·拉比诺维茨注意到洛斯阿拉莫斯的科学家普遍认为“我们可以相信奥本海默会做出正确的选择”。
有一天，奥本海默把罗伯特·威尔逊叫到办公室，他告诉威尔逊自己是临时委员会的顾问，这个委员会向史汀生提供原子弹使用方面的建议。他还询问了威尔逊的看法。“他给了我一些时间思考……后来我回来找他时说，我觉得不应使用原子弹，而且应该以某种方式提醒日本人。”威尔逊指出，几周后他们将进行原子弹试验，为什么不邀请日本派遣一个观察员代表团来见证这次试验呢？
“那么，”奥本海默回答说，“如果实验失败了呢？”
“我转身看着他，”威尔逊回忆道，“然后冷冷地说：‘嗯，那我们可以把他们都干掉。’”没过几秒，身为和平主义者的威尔逊就开始后悔自己说出了“如此杀气腾腾的话”。
对于奥本海默向自己征求意见，威尔逊受宠若惊，但是他的看法没能改变奥本海默的想法，这又让他倍感失望。威尔逊说：“他一开始就不该和我谈这件事，但显然他又需要别人的建议，而且他喜欢我，我也非常喜欢他。”
奥本海默还和他以前的学生菲利普·莫里森讨论过此事，自从莫里森从芝加哥的冶金实验室调到洛斯阿拉莫斯，他一直是奥本海默最亲密的朋友之一。莫里森记得1945年春他参加了格罗夫斯将军的“轰炸目标咨委会”的一次会议。5月10日和11日在奥本海默的办公室举行过两次这样的会议，官方会议纪要记录了与会者的一致意见，即应该在“直径超过3英里的城市区域”投放炸弹。他们甚至讨论过把东京市中心的天皇皇宫当作目标。莫里森以技术专家的身份出席了会议，他记得自己曾发言说，如果无法提前向日本人展示核弹，那么他支持以某种形式向他们发出正式警告：“我认为就算散发传单也行。”但是当他提出这个建议时，一位身份不明的军官马上对此予以反驳，这位军官轻蔑地说：“如果我们发出警告，他们就会跟踪我们，然后把我们击落。你说得倒简单，我可不敢苟同。”莫里森的立场也没有得到奥本海默的支持。
很久以后，莫里森回忆道：“实际上，我的处境很尴尬。凡是重要的议题我都插不上话……离开的时候我意识到，我们对即将发生的事情几乎没有发言权。”当时戴维·霍金斯也在场，他证实了莫里森的回忆。“莫里森表达了我们许多人的担忧，”霍金斯写道，“他说他建议向日本人发出警告……让他们有机会撤离。坐在他对面的军官激烈地反对这一提议，他说：‘他们会把所有火力都对准我们，而我将会坐在那架飞机上。’”
* * *
6月中旬，奥本海默在洛斯阿拉莫斯召集了科学顾问小组的会议，他本人、劳伦斯、阿瑟·康普顿和恩里科·费米托讨论了他们向临时委员会提出的最终建议。康普顿为他们简要介绍了《弗兰克报告》，4名科学家对此各抒己见。特别值得关注的是，这份报告呼吁对原子弹的威力进行一次演示，这种演示不应造成人员伤亡但要令人印象深刻。奥本海默的内心很矛盾，他后来说：“我只是陈述了我的担心
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