和意见……我反对投掷（核弹）……但我并没有为自己的观点辩护。”
1945年6月16日，奥本海默签署了一份简短的备忘录，其中总结了科学顾问小组对“是否应立即使用核武器问题”的建议。这份寄给史汀生部长的文件显得有些信心不足。首先，小组成员建议，在使用原子弹之前，华盛顿应将存在核武器的事实告知英国、苏联、法国和中国，并“就如何通过合作使这一成果有助于改善国际关系集思广益”。其次，顾问小组汇报说，在这些武器的初次使用问题上，他们的科学家同仁们并没有达成一致意见。该武器的一些研制者提议，对这个“小装置”进行技术演示可以作为一种备选方案。“那些主张进行纯技术演示的人希望禁止使用原子武器，他们担心如果我们现在使用这些武器，在未来谈判中，我们将处于不利位置。”奥本海默肯定意识到他在洛斯阿拉莫斯和芝加哥冶金实验室的大多数同事都支持这样的演示，但是他现在和另外一些人站在了一起，这些人觉得“必须抓住这个机会，立即将其投入战场以减少美国人的死伤”。
他为什么会这么做呢？说来奇怪，他的逻辑基本上和那些赞成演示的人一样，都源自玻尔的想法。他对一点深信不疑，那就是在这场战争中使用原子弹可以避免未来所有的战争。奥本海默解释说，他的一些同事的确认为在这场战争中使用原子弹可能会“改善未来的国际局势，比起禁止这种武器，他们更关心的是如何防止战争。我们发现自己更倾向于后一种观点，因为任何技术性演示都无法杜绝战争隐患，我们认为除了直接在战争中使用核弹，别无他法”。
科学顾问小组虽然立场鲜明地支持“军事使用”，但是他们无法明确地指出到底什么才是“军事使用”。正如康普顿后来告诉格罗夫斯的那样：“对于如何或在何种条件下使用这种武器，小组成员之间没有达成足够的共识，无法形成最终的结论。”在备忘录的结尾，奥本海默写了一段奇怪的免责声明：“很明显，作为科学家，在解决原子能带来的政治、社会和军事问题上，我们既没有所谓的专属权，也谈不上比别人更擅长。”这是一个奇怪的结论，而且奥本海默很快就摈弃了这种观点。
奥本海默对当时的很多事情都不知情。他后来回忆说：“我们对日本的战局一无所知。我们不知道能否通过其他手段迫使他们投降，也不知道军事入侵是否真的不可避免。但在内心深处，我们认为军事进攻已成定局，因为这就是我们接到的通知。”此外，他也不知道华盛顿的军事情报机构截获并破译了来自日本的信息，这些信息表明日本政府明白败局已定，他们正在谋求可以接受的投降条件。
比如，5月28日，美国战争部助理部长约翰·J.麦克洛伊敦促史汀生建议美国在对日本的要求中放弃“无条件投降”一词。根据他们对截获的日本往来电报的解读（该项目代号为“魔术”），麦克洛伊和许多高级官员都看出来，日本政府要员正在琢磨如何根据华盛顿提出的条件以恰当的方式停战。同一天，代理国务卿约瑟夫·C.格鲁与杜鲁门总统进行了一次长谈，并告诉了他同样的信息。战略情报局驻瑞士特工艾伦·杜勒斯向麦克洛伊汇报说，在日本政府官员提出的条件中，他们始终坚持的一条是：“他们希望能保留他们的天皇和宪法，他们担心如果不这样的话，军事投降就意味着所有社会秩序和规范土崩瓦解。”
6月18日，杜鲁门的参谋长威廉·D.莱希在日记中写道：“我目前的看法是，可以按照日本能接受的条件安排日本投降事宜……”同一天，麦克洛伊告诉杜鲁门总统，他认为日本的军事状况非常糟糕，他甚至提出了“是否还需要让苏联帮助我们打败日本的问题”。他继续告诉杜鲁门，在最终决定入侵日本本土岛屿或使用原子弹之前，应该先采取能让日本彻底投降的政治手段。他说，应该告诉日本人，他们“将被允许保留天皇和他们自己选择的政体”。此外，他还说：“而且应该告诉日本人，如果他们不投降，我们将不得不使用另一种破坏力巨大的武器。”
据麦克洛伊说，杜鲁门似乎接受了这些建议。到7月17日，美国的军事优势已经如此明显，以致麦克洛伊在日记中写道：“如果现在发出警告，他们马上就会受到致命一击。这很可能会得到我们想要的结果——成功地结束战争。”
根据艾森豪威尔将军的说法，7月，当他在波茨坦会议上得知核弹的消息时，他告诉史汀生，他认为没有必要使用原子弹轰炸，因为“日本人已经准备投降，没有必要用那个可怕的玩意儿袭击他们”。最后，杜鲁门总统似乎也认为日本人快要投降了。1945年7月18日，在他的私人日记中，总统提到了最近截获的一份电报，其中引用了天皇给日本驻莫斯科使节的原话，称其为“日本天皇请求和平的电报”。电报上说：“无条件投降是和平的唯一障碍……”杜鲁门从斯大林那里得到了苏联将在8月15日对日宣战的承诺，杜鲁门及其很多军事幕僚都认为这一事件将有决定性意义。杜鲁门在7月17日的日记中写道：“他（斯大林）将在8月15日参加对日战争。到时候日本人就完蛋了。
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