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1949年，玻尔访问了普林斯顿高等研究院，他同意在爱因斯坦70岁生日之际撰写一篇文章，这篇文章将被收录在一本庆祝他生日的文集中。他和爱因斯坦相处得很融洽，但是，就像奥本海默一样，玻尔也不明白为什么对爱因斯坦来说量子理论就像一个恶魔。看到纪念文集的手稿时，爱因斯坦注意到这些文章中的批评之词和赞誉之辞不相上下。“对我来说，这不是一本庆祝七十岁大寿的书，”他说，“而是一项弹劾令。”3月14日，在他的生日当天，250名杰出的学者聚集在普林斯顿的礼堂，聆听奥本海默、伊西多·拉比、尤金·维格纳和赫尔曼·外尔表达他们的敬佩之情。无论同道们与这位老人有多大的分歧，当爱因斯坦走进大厅时，空气中仍充满了期待。一阵突然的沉默之后，所有人都起身为这位公认的20世纪最伟大的物理学家鼓掌。
作为物理学家，奥本海默和爱因斯坦意见相左。但作为人道主义者，他们志同道合。在这个历史时期，作为冷战中国家安全网络的组成部分，武器实验室雇用了大量科学家，大学也越来越依赖来自军方的合约，但是奥本海默选择了另外一条道路。尽管在科学军事化伊始奥本海默就“置身其中”，但他最终选择了离开洛斯阿拉莫斯，他还试图利用自己的影响力来制止军备竞赛，这一点让爱因斯坦感到敬佩。与此同时，爱因斯坦也注意到奥本海默在运用自己的影响力时颇为谨慎。1947年春，新成立的原子科学家紧急委员会邀请奥本海默在一次公开的晚宴活动上发言，奥本海默拒绝了这次邀请，这让爱因斯坦大惑不解。奥本海默解释说，他觉得“没有准备好在这个时候就原子能问题发表公开讲话，他担心结果未必会朝我们所希望的方向发展”。
这位老人显然不明白奥本海默为何看上去如此在意维护与华盛顿当局的关系，爱因斯坦从不参与这种游戏，他做梦也不会想到要政府给他颁发安全许可。爱因斯坦天生不喜欢接近政治家、军事将领或当权人物，正如奥本海默所观察到的那样，“他从不会与那些政治家和有权有势的人谈笑风生”。奥本海默好像很享受自己的光环及与权势人物交往的机会，爱因斯坦却总是对谄谀奉承感到不自在。1950年3月的一个晚上，在爱因斯坦71岁生日那天，奥本海默送他回默瑟街的住所。“你知道，”爱因斯坦说，“一旦人们受命做某件明智之事，之后的人生对他而言就异乎寻常。”奥本海默比大多数人都更懂得他的意思。
与在洛斯阿拉莫斯时一样，奥本海默仍有着异乎寻常的说服力。派斯记得碰到过一位刚从奥本海默的办公室出来的高级学者，那位教授说：“我刚刚遇到了一件怪事，我去找奥本海默谈事时已经打定主意，可是当我离开的时候，我发现自己的观点竟然与之前的完全相左。”
奥本海默想对普林斯顿高等研究院的董事会如法炮制，结果并不理想。20世纪40年代末，因为自由派和保守派之间的斗争，董事会经常陷入僵局。董事会副主席刘易斯·斯特劳斯把持着董事会，其他董事会成员都倾向于对他言听计从，部分原因是他是董事会中唯一拥有巨额财富的人。与此同时，他的极端保守主义让一些偏自由派的董事会成员很反感。一位董事抱怨说，董事会不需要“20世纪胡佛式的共和党思维”。尽管奥本海默在到普林斯顿之前只与斯特劳斯有过短暂的会面，但他非常清楚斯特劳斯的政见，还私下明确表示过他不欢迎斯特劳斯升任董事会主席。
一开始，奥本海默与斯特劳斯没有什么不和，他们的关系也算友好。然而，正是在最初的这几年里，两人之间埋下了怨恨的种子。斯特劳斯到普林斯顿时，经常会在奥尔登庄园受到款待，有一次晚宴结束之后，他送给奥本海默和姬蒂一箱上好的葡萄酒。但所有人都清楚，这两个人不仅都热衷权力，还想一决高下。一天，亚伯拉罕·派斯正站在富尔德楼外面，一架直升机降落在奥尔登庄园与高等研究院之间宽阔的草坪上，从直升机里走出来的是斯特劳斯。“我对他的外表印象深刻，”派斯后来写道，“他看起来温文尔雅，但那也可能是精明圆滑，我本能的反应是：小心这副派头后面藏着什么。”
奥本海默很快意识到，斯特劳斯的野心是想实现某种程度上的“共同管理”。1948年，他告诉奥本海默，他正在考虑买下一位前任教员的房子，这幢房子就建在高等研究院的土地上。但奥本海默抢先一步，他让高等研究院马上买下了斯特劳斯提到的房子，然后又把它租给了另一位学者。这是一个明确的信号，斯特劳斯显然对此心领神会。正如未公开的高等研究院官方记录指出的那样：“这一事件标志着斯特劳斯先生想协助管理研究院的希望暂告破灭。”此事之后，无论在研究院内还是院外，他们之间的关系一直都充满了紧张和不信任。尽管受此挫折，斯特劳斯仍通过与董事会主席赫伯特·马斯和唯一一位教授董事——数学家奥斯瓦尔德·维布伦联手，继续对高等研究院施加影响。
奥本海默有时没有事先征得董事会的批准就做出一些政治上很敏感的决定，这一点经常让斯特劳斯感到恼火。1950年年底，奥本海默想聘
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